PDB-8z8u: Crystal structure of LINE-1 ribozyme mutant - C39U

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z8u

タイトル

Crystal structure of LINE-1 ribozyme mutant - C39U

要素

RNA (41-MER)

キーワード

RNA / ribozyme / LINE-1

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Homo (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Ren, Y. / Huang, L. / Lin, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: A general strategy for engineering GU base pairs to facilitate RNA crystallization.
著者: Ren, Y. / Lin, X. / Liao, W. / Peng, X. / Deng, J. / Zhang, Z. / Zhan, J. / Zhou, Y. / Westhof, E. / Lilley, D.M.J. / Wang, J. / Huang, L.

履歴

登録	2024年4月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z8u.cif.gz	107.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z8u.ent.gz	84.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z8u_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z8u_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8z8u_validation.xml.gz	6 KB	表示
CIF形式データ	8z8u_validation.cif.gz	7.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8k7wC 8kebC 8z8qC 8z9kC 8za0C 8za4C 8zauC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
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転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
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アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
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テロメラーゼ (Telomerase)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (41-MER)

B: RNA (41-MER)

ヘテロ分子

26.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: RNA (41-MER)

B: RNA (41-MER)

ヘテロ分子

A: RNA (41-MER)

B: RNA (41-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.9 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.871, 94.871, 261.635
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-102- SO4

#1: RNA鎖	RNA (41-MER) 分子量: 13256.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo (哺乳類)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.01 M Magnesium Chloride 0.05 M MES pH 5.6 2.0 M Lithium Sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979137 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979137 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.71→50 Å / Num. obs: 19754 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2.72→2.87 Å / Num. unique obs: 2792 / CC_1/2: 0.464

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.71→44.59 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	955	4.88 %
R_work	0.219	-	-
obs	0.2203	19571	99.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→44.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1762	22	20	1804

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1984
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.915	3091
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.039	978
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	410
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	82

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.71-2.86	0.3996	125	0.4013	2590	X-RAY DIFFRACTION	99
2.86-3.03	0.3782	121	0.3466	2589	X-RAY DIFFRACTION	99
3.03-3.27	0.2783	137	0.2817	2606	X-RAY DIFFRACTION	99
3.27-3.6	0.247	145	0.2231	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6-4.12	0.2401	141	0.195	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
4.12-5.19	0.1939	140	0.1797	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
5.19-44.59	0.2178	146	0.1757	2890	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6162	-0.6532	0.4212	1.1941	-0.159	0.4626	0.4133	0.9606	-0.0989	-0.0065	-0.2325	0.6146	-0.7521	-0.3687	-0.0818	0.637	0.2032	-0.1052	0.7584	0.1304	0.6863	-43.0197	17.9502	-37.2353
2	0.383	0.8833	-1.2255	2.0001	-2.8223	3.9336	-0.1667	0.4091	0.0545	-0.2684	0.3848	0.0145	0.0191	-0.0274	-0.469	0.5619	-0.0843	-0.0818	0.7272	0.0603	0.5556	-28.11	16.2171	-49.1031
3	0.7766	0.8351	-1.2468	0.7957	-1.1273	3.2838	0.0005	0.2352	0.1626	-0.1005	0.328	0.0572	0.2478	0.0269	-0.3711	0.5913	-0.1494	-0.0451	0.6347	0.0805	0.4669	-26.5528	19.6689	-50.4057
4	6.0161	-3.5072	-0.1926	6.8971	-0.3853	4.8713	-0.2259	0.1709	0.1661	-0.4158	0.1404	0.8769	-0.6188	-1.2077	0.0928	0.6044	0.0719	-0.2135	0.7202	0.0175	0.6744	-50.2926	13.7138	-39.3915
5	2.4326	-0.0354	-0.316	1.3883	-0.6051	1.6659	0.0807	0.0405	-0.2882	0.1011	0.0026	0.2199	0.3315	0.1123	0.0063	0.5509	-0.0426	-0.0586	0.336	0.0246	0.4349	-36.1524	1.7539	-23.2529
6	3.2836	-0.8493	0.0004	6.7514	3.6069	1.9974	0.1359	0.5519	-0.4916	0.0506	-0.0277	0.3648	0.8024	-0.2495	-0.0131	0.7668	-0.0798	-0.0303	0.583	-0.0356	0.5663	-38.7165	-6.9724	-38.5734

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 20 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 21 through 30 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 31 through 41 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 30 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 31 through 41 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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