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- PDB-8z8q: Crystal structure of 2'-dG riboswitch -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z8q
タイトルCrystal structure of 2'-dG riboswitch
要素RNA (71-MER)
キーワードRNA / riboswitch / 2'-dG
機能・相同性2'-DEOXY-GUANOSINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Paenibacillus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Liao, W. / Ren, Y. / Huang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171191 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: A general strategy for engineering GU base pairs to facilitate RNA crystallization.
著者: Ren, Y. / Lin, X. / Liao, W. / Peng, X. / Deng, J. / Zhang, Z. / Zhan, J. / Zhou, Y. / Westhof, E. / Lilley, D.M.J. / Wang, J. / Huang, L.
履歴
登録2024年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (71-MER)
B: RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9394
ポリマ－45,4052
非ポリマー5342
水00
1
A: RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9702
ポリマ－22,7021
非ポリマー2671
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9702
ポリマ－22,7021
非ポリマー2671
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.730, 51.275, 52.484
Angle α, β, γ (deg.)113.830, 114.990, 90.050
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GGUUAA2 - 42 - 4
d_12GNGGNGGNGGNGAC101
d_21GGUUBB2 - 42 - 4
d_22GNGGNGGNGGNGBD101

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999981131805, -0.00364334776324, -0.00494591253515), (-0.00364771000612, -0.999992965794, -0.000873255482255), (-0.00494269617117, 0.000891280260145, -0.999987387607) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999981131805, -0.00364334776324, -0.00494591253515), (-0.00364771000612, -0.999992965794, -0.000873255482255), (-0.00494269617117, 0.000891280260145, -0.999987387607)
ベクター: -22.3249994734, -4.40520835245, 15.5690392202)

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要素

#1: RNA鎖 RNA (71-MER)


分子量: 22702.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Paenibacillus (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-GNG / 2'-DEOXY-GUANOSINE / デオキシグアノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.04 M Lithium chloride, 0.08 M Strontium chloride hexahydrate, 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol 0.012 M ...詳細: 0.04 M Lithium chloride, 0.08 M Strontium chloride hexahydrate, 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol 0.012 M Spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→33.61 Å / Num. obs: 7298 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 70.75 Å2 / CC1/2: 0.957 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 3.01→3.09 Å / Num. unique obs: 538 / CC1/2: 0.779

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.01→27.34 Å / SU ML: 0.5723 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 52.0932
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3271 362 5.15 %
Rwork0.3172 6661 -
obs0.3177 7023 93.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 110.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→27.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2922 38 0 2960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00273308
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73365140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0328696
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.34321650
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.315558276085 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.01-3.440.51331180.48172192X-RAY DIFFRACTION92.25
3.44-4.330.37411250.35192167X-RAY DIFFRACTION91.42
4.33-27.340.26261190.25292302X-RAY DIFFRACTION97.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63191253941-0.290337147453-0.6114027266271.250289836861.168613661631.15360444980.0619660282431-0.1545433575910.0856661467475-0.368108303419-0.01712330328530.03673166229410.106646375061-0.08434868552916.4090989177E-70.9686517168930.00591952035642-0.2802880823920.930781253968-0.05025191278821.7335989984811.6286481988-11.90990039246.07299804186
20.9077732158240.1747460862850.6489230119311.455301705421.234097692841.270579699530.1954670922470.1627558639080.6777826260520.09769084132770.1224748017040.5820599991460.0611243944125-0.01335690155990.001381953678420.844705425875-0.02935298391210.1886473073320.9419214116940.05285909411160.889860344024-10.68284737777.459495576239.43501827787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 2:70)AA2 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 2:70)BB2 - 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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