PDB-8z8p: norbelladine 4'-O-methyltransferase S52M variant complexed with M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z8p

タイトル

norbelladine 4'-O-methyltransferase S52M variant complexed with Mg and SAH

要素

Norbelladine 4'-O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / NpN4OMT

機能・相同性

機能・相同性情報

norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases
著者: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H.

履歴

登録	2024年4月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z8p.cif.gz	506.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z8p.ent.gz	343.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8z8p_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z8p_full_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示
XML形式データ	8z8p_validation.xml.gz	47.7 KB	表示
CIF形式データ	8z8p_validation.cif.gz	70.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8xdoC 8xdpC 8xdqC 8xdrC 8xdsC 8xdtC 8xduC 8xdvC 8xdyC 8xe0C 8xe2C 8xe3C 8xe4C 8xe5C 8z8oC 8z8rC 8z8sC 8zfwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

B: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

C: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

D: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

D: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
56.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

C: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.494, 79.948, 91.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.725, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Norbelladine 4'-O-methyltransferase / NpN4OMT 分子量: 27441.201 Da / 分子数: 4 / 変異: S52M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物) 遺伝子: N4OMT / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A077EWA5, norbelladine O-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1024 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 26% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.035 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.035 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→45.72 Å / Num. obs: 105592 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.88 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5229 / CC_1/2: 0.735 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→45.72 Å / SU ML: 0.151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.3571
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.179	2000	1.89 %
R_work	0.1564	103570	-
obs	0.1569	105570	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→45.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7753	0	42	1024	8819

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	8182
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9272	11145
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0562	1241
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	1429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.7399	3053

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.72	0.2489	138	0.2189	7361	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.72-1.77	0.2058	139	0.2106	7352	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.77-1.82	0.2306	139	0.2066	7320	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.82-1.88	0.2266	141	0.1981	7373	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.88-1.95	0.214	147	0.1779	7403	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.95-2.02	0.231	148	0.17	7348	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.02-2.12	0.1788	134	0.1616	7360	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.12-2.23	0.2268	141	0.1564	7428	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.23-2.37	0.1781	149	0.1516	7393	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.37-2.55	0.1846	142	0.1565	7393	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.55-2.81	0.1724	147	0.1533	7398	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.81-3.21	0.1705	148	0.1533	7464	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.21-4.05	0.1525	140	0.1314	7433	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.05-45.72	0.143	147	0.141	7544	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0150242972897	0.0343740200554	-0.030101399065	0.0665188932348	-0.0198921439674	0.0393531089087	-0.14679973928	-0.0909207787797	0.0749646439248	0.20754382207	0.0734498122609	-0.0322673644126	0.0387001216652	0.130463414308	-6.19260312593E-5	0.214797305299	-0.00893707423719	-0.0378277902412	0.198714452088	-0.0246623368365	0.285979980079	7.3700036682	3.48620632845	47.114022382
2	0.144518244342	-0.00576358049248	0.00771512344845	0.0479912093798	-0.0302707887999	0.0333664147704	-0.0728295003403	-0.0741140009592	0.0198407112442	0.257435057771	-0.0111020059289	0.0649321592418	-0.0391113087583	-0.0170850099231	-0.00861126343652	0.132231333154	0.0066082062203	-0.0242984747271	0.117978089653	-0.00729471396144	0.10902127075	-4.61639402932	-9.9722823274	50.926334933
3	0.738091844575	-0.1023529907	-0.201856380399	0.166993374835	-0.154129034654	0.130739619114	-0.000686575774325	-0.0621345544444	-0.0155336945561	0.039397611404	0.0202172478464	-0.0649143234927	0.0116948287152	0.0154911656151	0.000888666713825	0.11461693706	0.0011214361869	-0.0134725565068	0.105490705189	-0.0041304490952	0.115871310451	7.80053902527	-16.135838625	45.164864394
4	0.176166966724	-0.164679867251	-0.00255864141752	0.165185056662	0.0603885252819	0.00749960166201	-0.122245333616	-0.0538322632955	-0.066995495034	0.0807286054539	0.10090476858	-0.0781745833375	0.0557530265844	0.0514957930421	-0.0119559711761	0.146175534306	0.00762292310793	-0.0212985610841	0.14006392503	0.00440634771763	0.150482726485	16.1768332063	-21.6784090719	46.9057133765
5	0.119687229657	-0.0392394209296	0.0113492514177	0.0696072636632	0.0328255840079	0.0984886303288	0.00179198049026	0.0943294581009	-0.116927368022	0.092291898592	0.00620987487903	-0.0922133451617	0.0753547203949	0.135539853922	0.00173722115183	0.114326967222	0.00396828938466	-0.00204150088734	0.153350775772	-0.000526146805937	0.160668882155	21.245787079	-21.625997232	37.1034783938
6	0.491025607871	-0.208483103113	0.292202956809	0.0947908538473	-0.123933860549	0.239701643947	0.00839956302936	0.291908495746	-0.063871347041	-0.0622611027703	-0.104666232353	-0.110162567674	0.0365554237321	0.188980619196	-0.00918815070739	0.104677599264	-0.00720682127782	0.0103868740467	0.181034544261	0.0150478204671	0.148270072491	15.751253196	-15.8906536701	29.6361788714
7	0.639848837793	-0.454009804108	-0.0454225670483	0.32493549498	-0.0575947134456	0.301275586724	0.00494826375066	0.128469318982	0.144447045502	-0.0209934662412	-0.0255961723416	-0.0995741001951	-0.0517963994276	0.0483579655526	-0.0350791015183	0.0967969112585	-0.0202916158651	0.00167258771042	0.110847690106	0.0238908872568	0.107332575378	8.52581556385	-4.40586219426	30.5825029367
8	0.0744298669393	0.0520097145253	0.0681617495023	0.1467340882	-0.0428860467315	0.0543151252243	-0.179093755129	0.252336404249	0.0658892866876	-0.0308908927881	0.150700390942	-0.232331526867	0.110393901751	0.00111295444957	0.000434725508976	0.26328867491	-0.0301070934973	0.0305200776525	0.217087362132	0.00181046402856	0.276355041428	37.4760061263	-1.51043871205	83.0950558877
9	0.186939586533	-0.0411130725421	-0.0944213721599	0.129050454782	0.233559577943	0.187929849301	-0.00568678636717	-0.0792706582836	0.0351274958495	0.0135842814541	0.108627290456	-0.0948654018002	-0.0500383951163	0.122209249402	0.011838899625	0.14276421722	-0.00309309479004	0.0152695441165	0.127908539166	-0.0269762380463	0.14033258663	35.1517950797	-14.4630850172	92.2058169574
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11	0.0832191332012	-0.0859636682768	-0.0608558435318	0.115140164358	0.036130120235	0.218660236569	-0.0989201608826	0.025551358466	-0.0739411716533	-0.0390093016709	0.128256977165	-0.135189158202	0.106112637186	0.0736826836743	0.0289494400231	0.144888053809	-0.00887265410271	0.0283548420618	0.109556468665	-0.0374724854905	0.170110353285	39.734929646	-24.3844216538	80.6263646982
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21	0.549814135035	-0.106445468443	0.317472300275	0.114671171807	-0.0768663507101	-0.126524805547	-0.0241002915611	0.0212020350594	0.0260240003144	-0.0468845387112	-0.00617218885608	-0.0297069551475	0.001449306292	0.0244614787698	-6.23873285363E-5	0.116033275924	-0.00734450570879	0.0101244118831	0.0824499979348	-0.00117025132681	0.108057834701	9.04842740443	-51.8916793033	47.9813977959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 35 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 92 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 93 through 118 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 119 through 142 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 143 through 171 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 172 through 239 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -2 through 18 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 19 through 56 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 57 through 78 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 79 through 118 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 119 through 142 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 143 through 157 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 158 through 184 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 185 through 217 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 218 through 239 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid -2 through 154 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 155 through 239 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid -2 through 29 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 30 through 171 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 172 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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