PDB-8z8o: norbelladine 4'-O-methyltransferase Y186F complexed with Mg and SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z8o

タイトル

norbelladine 4'-O-methyltransferase Y186F complexed with Mg and SAH

要素

Norbelladine 4'-O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / NpN4OMT

機能・相同性

機能・相同性情報

norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases
著者: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H.

履歴

登録	2024年4月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z8o.cif.gz	502.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z8o.ent.gz	341.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z8o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8z8o_validation.pdf.gz	4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z8o_full_validation.pdf.gz	4 MB	表示
XML形式データ	8z8o_validation.xml.gz	46.2 KB	表示
CIF形式データ	8z8o_validation.cif.gz	68.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/8z8o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8xdoC 8xdpC 8xdqC 8xdrC 8xdsC 8xdtC 8xduC 8xdvC 8xdyC 8xe0C 8xe2C 8xe3C 8xe4C 8xe5C 8z8pC 8z8rC 8z8sC 8zfwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

B: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

C: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

D: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

D: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
55.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

C: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

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55.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.416, 79.806, 91.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.954, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Norbelladine 4'-O-methyltransferase / NpN4OMT 分子量: 27381.084 Da / 分子数: 4 / 変異: Y186F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物) 遺伝子: N4OMT / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A077EWA5, norbelladine O-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 7.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.035 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.035 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→45.7 Å / Num. obs: 99875 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.54 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4980 / CC_1/2: 0.769 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.71→45.7 Å / SU ML: 0.177 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.5983
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1863	2002	2.01 %
R_work	0.1568	97842	-
obs	0.1574	99844	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→45.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7730	0	24	949	8703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	8183
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.889	11164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1239
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	1444
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.996	3039

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.75	0.2375	128	0.2207	6966	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.75-1.8	0.2553	162	0.2078	6956	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.8-1.85	0.2334	137	0.198	6957	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.85-1.91	0.2454	145	0.1832	6963	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.91-1.98	0.196	141	0.164	6968	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.98-2.06	0.2028	147	0.162	6976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.15	0.1895	132	0.1611	7003	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.15-2.27	0.1597	147	0.1532	6980	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.27-2.41	0.2013	148	0.156	6972	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.41-2.6	0.1936	145	0.163	6958	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.6-2.86	0.2009	136	0.1608	6999	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.86-3.27	0.1857	144	0.1556	6993	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.27-4.12	0.1451	144	0.1306	7020	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.12-45.7	0.1639	146	0.142	7131	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.215816227354	0.0268960147364	0.0422633485581	0.0691636500225	0.000930655263173	0.000676252513115	-0.0195601258956	-0.0992279648002	0.110453418107	0.0868781697178	-0.0142919316443	-0.0868947865585	-0.0126553316522	0.0333624401769	-9.67344902471E-5	0.119852421561	0.00319897918986	-0.0154913860342	0.113943810533	-0.00811718733132	0.166844998229	-0.143831655495	-4.7610692108	49.0571141082
2	0.799194843354	-0.025462052717	-0.424740423034	0.0614699316932	-0.0288685825681	0.205021185756	-0.0166726577495	-0.101465469187	0.0142742933115	0.024836457201	0.0477977510498	-0.0228671864992	-0.0379232541179	0.051139263396	0.0345355555473	0.090188758565	0.00207507500892	-0.00897142573446	0.0831903707528	-0.00851956018061	0.0897035214717	7.37633531659	-16.6191782061	45.4016787105
3	1.08915145908	-0.279621256268	-0.0037995918036	0.131491783252	0.15044598172	0.281073777449	-0.0539535000446	0.120290594537	-0.0356525067255	0.0298875346929	0.0202101235863	-0.104703060733	0.0502404023432	0.138206320572	-0.00185175331761	0.0961912191514	-0.00497737194241	0.000397788266116	0.131103902097	-0.00204215517503	0.115852397579	17.3008610484	-19.4845855056	36.9069193864
4	0.769838178354	-0.349417086457	-0.263374241112	0.219085500029	0.0636298161292	0.205146743998	0.0278086973276	0.10677810593	0.165449407905	-0.00218830661511	0.0181794667108	-0.11324854798	-0.00134448704612	0.0326564716142	0.0190867603133	0.101877960784	-0.0156010163115	0.00259606287239	0.103972032017	0.0120851192774	0.114367637039	8.24524813712	-4.44627982585	30.5344427609
5	0.0991137077563	0.131858393174	0.120258905353	0.273934086717	0.0218050527246	0.0960965760569	-0.039120498936	0.0214667937356	0.0527426004949	-0.053135075527	0.00435312352461	-0.108768072459	-0.0673344647563	0.0389195740545	-5.34058399561E-5	0.144251101041	-0.00754762278373	0.0252065443821	0.104942248237	0.0100696840891	0.141726522511	32.778758397	-7.46237305272	89.6119939768
6	0.270225308255	0.0215916875711	-0.363276991698	0.310181719938	0.0123814744702	0.458434514718	-0.0172266036706	-0.0310332122435	0.0233332017053	0.00372366241528	0.0605552088226	-0.028311999001	-0.0641106979822	0.0349299559702	0.061765963562	0.115362634276	-0.00845325065325	0.00894838831128	0.0750751240074	-0.0148520094241	0.094302249271	33.595345584	-19.9572289827	84.1735232496
7	0.795493820199	-0.116139032915	-0.244064174215	0.386391143989	0.153459197854	0.439360370712	-0.0130981436596	0.217938332575	-0.0585101444778	-0.0563569156315	0.0503811736614	-0.100025227465	0.0755120363708	0.0273659080235	0.110961700735	0.137875832309	-0.0275808226599	0.0197269766512	0.135051326315	-0.0215115538482	0.112615357836	35.8266537573	-23.1527617037	71.6633698576
8	0.341336742133	-0.0507076847276	-0.11731386114	0.189759855487	0.0850376687913	0.358699495149	-0.00103415583069	0.126837358162	0.0523043441102	-0.0746476580854	0.0265411638399	-0.0279980640068	-0.053369323387	-0.0250195789071	0.0325684647493	0.13755633863	-0.0241222329769	-0.00779265971919	0.117255495557	0.0131245633696	0.0913222184605	25.0206482959	-7.99735080801	72.5483012065
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 92 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 171 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 172 through 239 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -2 through 35 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 36 through 92 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 93 through 171 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 172 through 239 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid -2 through 18 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 19 through 45 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 46 through 78 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 79 through 154 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 155 through 184 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 185 through 217 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 218 through 239 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid -2 through 29 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 30 through 56 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 57 through 78 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 79 through 105 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 106 through 119 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 120 through 142 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 143 through 184 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 185 through 198 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 199 through 217 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 218 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)