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- PDB-8ywp: Crystal structure of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ywp
タイトルCrystal structure of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
要素
  • Heavy chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
  • Light chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
キーワードIMMUNE SYSTEM / interleukin / dimer / swap
機能・相同性TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yudenko, A. / Bukhdruker, S. / Eliseev, I. / Rodin, S. / Burtseva, A. / Petrov, A. / Zlobina, O. / Ischenko, A. / Borshchevskiy, V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education and Science of the Russian Federation075-15-2021-1354 ロシア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural basis of signaling complex inhibition by IL-6 domain-swapped dimers.
著者: Yudenko, A. / Bukhdruker, S. / Shishkin, P. / Rodin, S. / Burtseva, A. / Petrov, A. / Pigareva, N. / Sokolov, A. / Zinovev, E. / Eliseev, I. / Remeeva, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Gordeliy, ...著者: Yudenko, A. / Bukhdruker, S. / Shishkin, P. / Rodin, S. / Burtseva, A. / Petrov, A. / Pigareva, N. / Sokolov, A. / Zinovev, E. / Eliseev, I. / Remeeva, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Gordeliy, V. / Gushchin, I. / Ischenko, A. / Borshchevskiy, V.
履歴
登録2024年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
L: Light chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6435
ポリマ－48,3092
非ポリマー3343
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.360, 126.360, 143.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-353-

HOH

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H


分子量: 24912.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-IL69hum
#2: 抗体 Light chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H


分子量: 23396.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-IL69hum
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.03 % / 解説: bipyramid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 20% PEG 20000 / PH範囲: 8.6 - 8.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.8 Å / Num. obs: 23296 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 23.8 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1423 / CC1/2: 0.131 / Rpim(I) all: 1.766 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20190315データ削減
XSCALE20190315データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.18_3855精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YK4

4yk4


解像度: 2.5→47.79 Å / SU ML: 0.4158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.2285
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2847 1965 8.57 %
Rwork0.258 20962 -
obs0.2603 22927 95.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3338 0 19 136 3493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5874694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0419534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042595
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.00611224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.560.3761070.36381118X-RAY DIFFRACTION72.87
2.56-2.630.41061210.35111318X-RAY DIFFRACTION85.6
2.63-2.710.36581400.34561502X-RAY DIFFRACTION98.5
2.71-2.80.35911450.31971533X-RAY DIFFRACTION99.76
2.8-2.90.32611450.29211541X-RAY DIFFRACTION99.94
2.9-3.010.33441440.27721542X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.150.33391440.28851532X-RAY DIFFRACTION99.94
3.15-3.320.30691460.2791556X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.520.32341460.2811543X-RAY DIFFRACTION98.95
3.52-3.80.3321280.33721363X-RAY DIFFRACTION87.45
3.8-4.180.26911400.25781488X-RAY DIFFRACTION94.87
4.18-4.780.18771480.18031597X-RAY DIFFRACTION99.89
4.78-6.020.24111520.18661606X-RAY DIFFRACTION99.83
6.02-47.790.22951590.21271723X-RAY DIFFRACTION99.21
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.891157083435-0.8355609559680.3541829166231.98087864347-0.1055752002891.45707239148-0.0203896552836-0.203456996752-0.06415672069390.0127650266630.01310981994280.1954022377-0.0996599871162-0.2560947436050.002610975232720.1763487519190.01335230831260.005845161398010.458709495631-0.0006338083149350.33931737218711.741501289946.919351883582.1093993607
20.838641484790.54058951955-0.5705767765331.712949831560.4039673264820.8156370276140.02488509896960.09271252411040.0140329077608-0.167288185424-0.08576365421950.002373252552240.0853126140314-0.129962575181-1.72847818742E-50.2982030019560.000277153516637-0.01425977798470.337849315545-0.003194424698240.30255492971734.31487263229.631741603564.9008932182
31.39917072929-0.04140513722830.3852847195480.778862135569-0.3633436634970.997740247990.0491614838326-0.0651251466236-0.0008447319553710.116708012256-0.004397760334190.016514020434-0.0832838876936-0.210001750083-1.21627313617E-50.3652150922190.04075011695950.02565408930360.473918387980.0004534632352220.32359375943324.629792386439.875789832698.147796227
40.9989182804880.146090792488-0.9779059172530.09473695218410.1199651056481.462860238160.06637468822320.1111064318340.0991826372723-0.0913624046288-0.00500131026656-0.07732226609040.230948420820.1089013583082.76283446965E-50.332756962340.06532787035380.01923158737910.3799309957920.05124161521760.36147891000948.835394489633.137195652170.2865348039
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain H and resid 1:124)HA1 - 1241 - 124
22(chain H and resid 125:231)HA125 - 231125 - 226
33(chain L and resid 1:107)LE1 - 1071 - 108
44(chain L and resid 108:214)LE108 - 214109 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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