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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ywp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / interleukin / dimer / swap | ||||||
機能・相同性 | TRIETHYLENE GLYCOL![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yudenko, A. / Bukhdruker, S. / Eliseev, I. / Rodin, S. / Burtseva, A. / Petrov, A. / Zlobina, O. / Ischenko, A. / Borshchevskiy, V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of signaling complex inhibition by IL-6 domain-swapped dimers. 著者: Yudenko, A. / Bukhdruker, S. / Shishkin, P. / Rodin, S. / Burtseva, A. / Petrov, A. / Pigareva, N. / Sokolov, A. / Zinovev, E. / Eliseev, I. / Remeeva, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Gordeliy, ...著者: Yudenko, A. / Bukhdruker, S. / Shishkin, P. / Rodin, S. / Burtseva, A. / Petrov, A. / Pigareva, N. / Sokolov, A. / Zinovev, E. / Eliseev, I. / Remeeva, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Gordeliy, V. / Gushchin, I. / Ischenko, A. / Borshchevskiy, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 217.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ywqC ![]() 8ywrC ![]() 4yk4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 24912.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): CHO-IL69hum | ||||||||
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#2: 抗体 | 分子量: 23396.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): CHO-IL69hum | ||||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PGE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.03 % / 解説: bipyramid |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 20% PEG 20000 / PH範囲: 8.6 - 8.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.542 Å |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→47.8 Å / Num. obs: 23296 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 23.8 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1423 / CC1/2: 0.131 / Rpim(I) all: 1.766 / % possible all: 84.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4YK4 解像度: 2.5→47.79 Å / SU ML: 0.4158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.2285 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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