PDB-8ywp: Crystal structure of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ywp

タイトル

Crystal structure of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H

要素

Heavy chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
Light chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H

キーワード

IMMUNE SYSTEM / interleukin / dimer / swap

機能・相同性

TRIETHYLENE GLYCOL

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Yudenko, A. / Bukhdruker, S. / Eliseev, I. / Rodin, S. / Burtseva, A. / Petrov, A. / Zlobina, O. / Ischenko, A. / Borshchevskiy, V.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural basis of signaling complex inhibition by IL-6 domain-swapped dimers.
著者: Yudenko, A. / Bukhdruker, S. / Shishkin, P. / Rodin, S. / Burtseva, A. / Petrov, A. / Pigareva, N. / Sokolov, A. / Zinovev, E. / Eliseev, I. / Remeeva, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Gordeliy, ...

履歴

登録	2024年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2025年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ywp.cif.gz	217.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ywp.ent.gz	144.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ywp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ywp_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ywp_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	8ywp_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	8ywp_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/8ywp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/8ywp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ywqC 8ywrC 4yk4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Heavy chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H

L: Light chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.360, 126.360, 143.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22
Space group name Hall	P6₂2(x,y,z+1/3)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/3 #3: y,-x+y,z+2/3 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+2/3 #11: -x+y,y,-z #12: x,x-y,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-353- HOH

#1: 抗体	Heavy chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H 分子量: 24912.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 株 (発現宿主): CHO-IL69hum
#2: 抗体	Light chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H 分子量: 23396.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 株 (発現宿主): CHO-IL69hum
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.03 % / 解説: bipyramid
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 20% PEG 20000 / PH範囲: 8.6 - 8.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→47.8 Å / Num. obs: 23296 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 23.8 % / B_iso Wilson estimate: 42.4 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1423 / CC_1/2: 0.131 / R_pim(I) all: 1.766 / % possible all: 84.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20190315	データ削減
XSCALE	20190315	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.18_3855	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YK4

4yk4

解像度: 2.5→47.79 Å / SU ML: 0.4158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.2285
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2847	1965	8.57 %
R_work	0.258	20962	-
obs	0.2603	22927	95.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3338	0	19	136	3493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	3445
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.587	4694
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0419	534
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	595
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0061	1224

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.56	0.376	107	0.3638	1118	X-RAY DIFFRACTION	72.87
2.56-2.63	0.4106	121	0.3511	1318	X-RAY DIFFRACTION	85.6
2.63-2.71	0.3658	140	0.3456	1502	X-RAY DIFFRACTION	98.5
2.71-2.8	0.3591	145	0.3197	1533	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.8-2.9	0.3261	145	0.2921	1541	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.9-3.01	0.3344	144	0.2772	1542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.15	0.3339	144	0.2885	1532	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.15-3.32	0.3069	146	0.279	1556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.52	0.3234	146	0.281	1543	X-RAY DIFFRACTION	98.95
3.52-3.8	0.332	128	0.3372	1363	X-RAY DIFFRACTION	87.45
3.8-4.18	0.2691	140	0.2578	1488	X-RAY DIFFRACTION	94.87
4.18-4.78	0.1877	148	0.1803	1597	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.78-6.02	0.2411	152	0.1866	1606	X-RAY DIFFRACTION	99.83
6.02-47.79	0.2295	159	0.2127	1723	X-RAY DIFFRACTION	99.21

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.891157083435	-0.835560955968	0.354182916623	1.98087864347	-0.105575200289	1.45707239148	-0.0203896552836	-0.203456996752	-0.0641567206939	0.012765026663	0.0131098199428	0.1954022377	-0.0996599871162	-0.256094743605	0.00261097523272	0.176348751919	0.0133523083126	0.00584516139801	0.458709495631	-0.000633808314935	0.339317372187	11.7415012899	46.9193518835	82.1093993607
2	0.83864148479	0.54058951955	-0.570576776533	1.71294983156	0.403967326482	0.815637027614	0.0248850989696	0.0927125241104	0.0140329077608	-0.167288185424	-0.0857636542195	0.00237325255224	0.0853126140314	-0.129962575181	-1.72847818742E-5	0.298203001956	0.000277153516637	-0.0142597779847	0.337849315545	-0.00319442469824	0.302554929717	34.314872632	29.6317416035	64.9008932182
3	1.39917072929	-0.0414051372283	0.385284719548	0.778862135569	-0.363343663497	0.99774024799	0.0491614838326	-0.0651251466236	-0.000844731955371	0.116708012256	-0.00439776033419	0.016514020434	-0.0832838876936	-0.210001750083	-1.21627313617E-5	0.365215092219	0.0407501169595	0.0256540893036	0.47391838798	0.000453463235222	0.323593759433	24.6297923864	39.8757898326	98.147796227
4	0.998918280488	0.146090792488	-0.977905917253	0.0947369521841	0.119965105648	1.46286023816	0.0663746882232	0.111106431834	0.0991826372723	-0.0913624046288	-0.00500131026656	-0.0773222660904	0.23094842082	0.108901358308	2.76283446965E-5	0.33275696234	0.0653278703538	0.0192315873791	0.379930995792	0.0512416152176	0.361478910009	48.8353944896	33.1371956521	70.2865348039

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain H and resid 1:124)	H	A	1 - 124	1 - 124
2	2	(chain H and resid 125:231)	H	A	125 - 231	125 - 226
3	3	(chain L and resid 1:107)	L	E	1 - 107	1 - 108
4	4	(chain L and resid 108:214)	L	E	108 - 214	109 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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