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- PDB-8ywq: Crystal structure of the Fab fragment of the anti-IL-6 antibody I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ywq
タイトルCrystal structure of the Fab fragment of the anti-IL-6 antibody I9H in complex with a domain-swapped IL-6 dimer
要素
  • Heavy chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
  • Interleukin-6
  • Light chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
キーワードIMMUNE SYSTEM / interleukin / dimer / swap
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of primary miRNA processing / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of microglial cell activation / interleukin-6 receptor complex ...regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of primary miRNA processing / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of microglial cell activation / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / hepatocyte proliferation / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / neutrophil apoptotic process / germinal center B cell differentiation / positive regulation of extracellular matrix disassembly / response to peptidoglycan / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of B cell activation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / T-helper 17 cell lineage commitment / inflammatory response to wounding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / endocrine pancreas development / negative regulation of collagen biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of acute inflammatory response / vascular endothelial growth factor production / negative regulation of chemokine production / T follicular helper cell differentiation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of platelet aggregation / neutrophil mediated immunity / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / negative regulation of bone resorption / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immunoglobulin production / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / MAPK3 (ERK1) activation / maintenance of blood-brain barrier / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / monocyte chemotaxis / humoral immune response / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of glial cell proliferation / negative regulation of lipid storage / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of angiogenesis / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / : / positive regulation of chemokine production / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / liver regeneration / regulation of insulin secretion / response to glucocorticoid / positive regulation of translation / cytokine activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / acute-phase response / response to activity / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / neuron cellular homeostasis / cellular response to virus / platelet activation / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of miRNA transcription / cellular response to hydrogen peroxide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cytokine-mediated signaling pathway / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / glucose homeostasis / cellular response to lipopolysaccharide / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum lumen / inflammatory response
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Bukhdruker, S. / Yudenko, A. / Marin, E. / Remeeva, A. / Rodin, S. / Burtseva, A. / Petrov, A. / Ischenko, A. / Borshchevskiy, V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education and Science of the Russian Federation075-15-2021-1354 ロシア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural basis of signaling complex inhibition by IL-6 domain-swapped dimers.
著者: Yudenko, A. / Bukhdruker, S. / Shishkin, P. / Rodin, S. / Burtseva, A. / Petrov, A. / Pigareva, N. / Sokolov, A. / Zinovev, E. / Eliseev, I. / Remeeva, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Gordeliy, ...著者: Yudenko, A. / Bukhdruker, S. / Shishkin, P. / Rodin, S. / Burtseva, A. / Petrov, A. / Pigareva, N. / Sokolov, A. / Zinovev, E. / Eliseev, I. / Remeeva, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Gordeliy, V. / Gushchin, I. / Ischenko, A. / Borshchevskiy, V.
履歴
登録2024年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
L: Light chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
A: Interleukin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3394
ポリマ－69,3153
非ポリマー241
水543
1
H: Heavy chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
L: Light chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
A: Interleukin-6
ヘテロ分子

H: Heavy chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
L: Light chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H
A: Interleukin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,6798
ポリマ－138,6306
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.621, 151.875, 76.053
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

MG

21A-602-

HOH

31A-603-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Heavy chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H


分子量: 24912.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-IL69hum
#2: 抗体 Light chain of the Fab fragment of anti-IL-6 antibody I9H


分子量: 23396.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-IL69hum
#3: タンパク質 Interleukin-6 / IL-6 / B-cell stimulatory factor 2 / BSF-2 / CTL differentiation factor / CDF / Hybridoma growth ...IL-6 / B-cell stimulatory factor 2 / BSF-2 / CTL differentiation factor / CDF / Hybridoma growth factor / Interferon beta-2 / IFN-beta-2


分子量: 21005.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6, IFNB2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05231
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 40% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol, 100 mM CAPS (seed stock crystallization conditions: 14-16% PEG 8000, 100 mM magnesium acetate, 100 mM MES pH 6.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.85 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→40.97 Å / Num. obs: 14890 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 89.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.51→2.82 Å / 冗長度: 12.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 744 / CC1/2: 0.098 / Rpim(I) all: 1.411 / % possible all: 69.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20190315データ削減
STARANISO2.3.15データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ALU,8YWP

1alu

8ywp


解像度: 2.51→40.97 Å / SU ML: 0.3274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.8304
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2774 1476 9.95 %
Rwork0.2394 13357 -
obs0.2432 14833 58.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→40.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4267 0 1 3 4271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00184358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50835964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0396709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.43011488
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.590.581970.478466X-RAY DIFFRACTION3.22
2.59-2.680.5314250.4848188X-RAY DIFFRACTION9.45
2.68-2.790.4928370.4927300X-RAY DIFFRACTION14.8
2.79-2.920.3445460.3986474X-RAY DIFFRACTION22.73
2.92-3.070.3713780.3807732X-RAY DIFFRACTION35.22
3.07-3.260.43781260.37861195X-RAY DIFFRACTION57.86
3.26-3.520.38812160.34511941X-RAY DIFFRACTION93.26
3.52-3.870.30212290.27392052X-RAY DIFFRACTION99.09
3.87-4.430.28772370.22472090X-RAY DIFFRACTION99.96
4.43-5.580.23862320.20632116X-RAY DIFFRACTION99.96
5.58-40.970.23812430.20382203X-RAY DIFFRACTION99.15
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.062012057870.4877016250830.5883319529681.099751320560.9417013450842.19498917260.3843298238030.549722195222-0.403456778654-0.3527753205180.386430285456-0.316762450535-0.05135564312440.1889996136662.100260181210.363500864802-0.153683674677-0.286914570110.157426276793-0.2307464065630.258940975725-26.3534020568-20.666676001329.7318912311
20.8175513693250.161853616020.04828931153191.032207753510.07691273787640.3676460558680.173797097566-0.32015970918-0.166640779374-0.0256223101336-0.1405239452140.143029137536-0.0375608126131-0.855979141939-4.81735788323E-50.449597315974-0.0567398089341-0.09209712940910.8685143134120.009355039326920.460088489264-43.581003264-19.840104661936.7376925256
31.485482038010.236302297120.4846799011940.748496821365-0.1543764927892.059302356830.4872149904850.181828520009-0.2037410117040.2434244146810.200758650030.004953617519320.171125182712-0.1159310142790.9071475069440.3376633902530.0489904332561-0.00898518337880.213477146353-0.03560815685790.366643760953-1.82236941127-1.2168791146463.1008095693
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'H' and resid 1 through 225)HA1 - 2251 - 218
22(chain 'L' and resid 1 through 213)LB1 - 2131 - 213
33(chain 'A' and resid 19 through 184)AC19 - 1841 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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