PDB-8yq0: Crystal structure of human phosphoribosyl pyrophosphate synthetas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yq0

タイトル

Crystal structure of human phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 1(PRPS1) chimera swapped with three residues from PRPS2

要素

Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Purine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

5-Phosphoribose 1-diphosphate biosynthesis / hypoxanthine biosynthetic process / ribose phosphate diphosphokinase complex / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / urate biosynthetic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Zhang, L. / Zhang, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: PRPS2 enhances RNA m 6 A methylation by stimulating SAM synthesis through enzyme-dependent and independent mechanisms.
著者: Zhang, L. / Zhao, X. / Hu, J. / Li, T. / Chen, H.Z. / Zhang, A. / Wang, H. / Yu, J. / Zhang, L.

履歴

登録	2024年3月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2026年3月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yq0.cif.gz	1005.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yq0.ent.gz	842.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yq0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/8yq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/8yq0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ypyC 8ypzC 2h06S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

C: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

D: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

E: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

F: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

G: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

H: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

I: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

J: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

K: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

L: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

M: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

N: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

O: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

P: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

Q: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

R: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

ヘテロ分子

633 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

C: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

D: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

E: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

F: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
211 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

H: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

I: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

J: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

K: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

L: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
211 kDa, 6 ポリマー
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3

M: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

N: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

O: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

P: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

Q: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

R: Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
211 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.083, 108.083, 659.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質

Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1 / PPRibP / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase I / PRS-I

分子量: 35120.418 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: human phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 1(PRPS1) chimera swapped with three residues (VGE) from PRPS2_HUMAN.
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRPS1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60891, ribose-phosphate diphosphokinase

#2: 糖

ChemComp-HSX / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Lithium sulfate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→50.01 Å / Num. obs: 135705 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.538 / R_pim(I) all: 0.153 / R_rim(I) all: 0.559 / Χ²: 1.048 / Net I/σ(I): 2.2
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / Num. unique obs: 13496 / CC_1/2: 0.645

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2H06

2h06

解像度: 3.1→50.01 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	6684	4.99 %
R_work	0.196	-	-
obs	0.199	133985	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	42181	0	42	0	42223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	42793
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.711	57885
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.73	26817
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	6904
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	7421

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	4	D	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	5	E	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	6	F	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	7	G	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	8	H	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	9	I	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	10	J	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	11	K	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	12	L	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	13	M	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	14	N	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	15	O	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	16	P	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	17	Q	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	18	R	24435	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1014-3.1366	0.3548	183	0.306	3788	X-RAY DIFFRACTION	88
3.1366-3.1735	0.3316	245	0.305	4091	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1735-3.2122	0.3551	238	0.304	4072	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2122-3.2529	0.3549	247	0.2959	4247	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2529-3.2957	0.4035	207	0.288	4212	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2957-3.3408	0.3391	229	0.2992	4201	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3408-3.3885	0.3792	217	0.2892	4362	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3885-3.4391	0.3675	227	0.2758	4173	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4391-3.4928	0.3259	241	0.2653	4314	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4928-3.5501	0.3538	222	0.2547	4221	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5501-3.6113	0.2672	217	0.2359	4322	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6113-3.6769	0.2905	203	0.2304	4265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6769-3.7476	0.2785	242	0.2302	4268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7476-3.8241	0.2743	267	0.2227	4234	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8241-3.9072	0.2902	219	0.2119	4266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9072-3.9981	0.2621	196	0.2118	4315	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9981-4.098	0.2701	220	0.1921	4258	X-RAY DIFFRACTION	100
4.098-4.2087	0.2211	243	0.1753	4245	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2087-4.3325	0.2217	208	0.1681	4349	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3325-4.4723	0.2197	200	0.1546	4311	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4723-4.632	0.2133	251	0.1597	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
4.632-4.8173	0.216	243	0.1537	4239	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8173-5.0364	0.1985	221	0.152	4271	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0364-5.3016	0.2332	201	0.1569	4322	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3016-5.6334	0.2366	187	0.1793	4351	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6334-6.0677	0.2574	221	0.185	4263	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0677-6.677	0.2314	189	0.1837	4339	X-RAY DIFFRACTION	100
6.677-7.6402	0.2294	244	0.1716	4301	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6402-9.6147	0.1516	238	0.1229	4267	X-RAY DIFFRACTION	100
9.6147-50.009	0.1761	218	0.1641	4193	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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