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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ypy
タイトルCrystal strcuture of human phosphoribosyl pyrophosphate synthetase2 (PRPS2) in complex with ligands
要素Isoform 2 of Ribose-phosphate pyrophosphokinase 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / purine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


5-Phosphoribose 1-diphosphate biosynthesis / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / pentose-phosphate shunt / purine nucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / kinase activity / magnesium ion binding ...5-Phosphoribose 1-diphosphate biosynthesis / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / pentose-phosphate shunt / purine nucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / kinase activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase, conserved site / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase signature. / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, bacterial-type / Phosphoribosyl synthetase-associated domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / : / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / PHOSPHATE ION / Ribose-phosphate pyrophosphokinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Zhang, L. / Zhang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077081 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal strcuture of human phosphoribosyl pyrophosphate synthetase2 (PRPS2) in complex with ligands
著者: Zhang, L. / Zhang, L.
履歴
登録2024年3月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Ribose-phosphate pyrophosphokinase 2
B: Isoform 2 of Ribose-phosphate pyrophosphokinase 2
C: Isoform 2 of Ribose-phosphate pyrophosphokinase 2
D: Isoform 2 of Ribose-phosphate pyrophosphokinase 2
E: Isoform 2 of Ribose-phosphate pyrophosphokinase 2
F: Isoform 2 of Ribose-phosphate pyrophosphokinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,88129
ポリマ－210,3206
非ポリマー5,56123
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29180 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area64150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.701, 73.598, 170.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Isoform 2 of Ribose-phosphate pyrophosphokinase 2 / PPRibP / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase II / PRS-II


分子量: 35053.277 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRPS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11908, ribose-phosphate diphosphokinase
#3: 糖
ChemComp-HSX / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose / α-D-リボフラノ-ス5-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
a-D-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 208分子

#2: 化合物
ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 35% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→46.91 Å / Num. obs: 54437 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.689 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / Num. unique obs: 2202 / CC1/2: 0.687

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H06

2h06


解像度: 2.74→46.91 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 2789 5.12 %
Rwork0.272 --
obs0.273 54437 88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→46.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13730 0 301 191 14222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02514217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.34519297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.855499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1712332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0132427
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7413-2.78850.3542820.32271355X-RAY DIFFRACTION47
2.7885-2.83920.4154800.31371639X-RAY DIFFRACTION56
2.8392-2.89380.3549960.32571824X-RAY DIFFRACTION63
2.8938-2.95290.33091110.29622050X-RAY DIFFRACTION70
2.9529-3.01710.30041120.30042187X-RAY DIFFRACTION75
3.0171-3.08720.31531190.30072383X-RAY DIFFRACTION81
3.0872-3.16440.30241340.30242533X-RAY DIFFRACTION87
3.1644-3.250.36051320.31012695X-RAY DIFFRACTION92
3.25-3.34560.32961590.30122760X-RAY DIFFRACTION95
3.3456-3.45350.33181250.29382870X-RAY DIFFRACTION98
3.4535-3.57690.29581760.28512880X-RAY DIFFRACTION99
3.5769-3.72010.30821540.27522957X-RAY DIFFRACTION100
3.7201-3.88930.2831700.27142918X-RAY DIFFRACTION100
3.8893-4.09430.3011690.24792933X-RAY DIFFRACTION100
4.0943-4.35060.24961670.24922884X-RAY DIFFRACTION100
4.3506-4.68620.24381860.242912X-RAY DIFFRACTION100
4.6862-5.15730.26861470.23492966X-RAY DIFFRACTION100
5.1573-5.90230.27521540.28282953X-RAY DIFFRACTION100
5.9023-7.43150.31490.28743001X-RAY DIFFRACTION100
7.4315-46.9070.241670.2472948X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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