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万見
- PDB-8yp1: Crystal structure of HARS WHEP domain fused with Fc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yp1
タイトルCrystal structure of HARS WHEP domain fused with Fc
要素Immunoglobulin heavy constant gamma 1,Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードSPLICING-IMMUNE SYSTEM / His-tRNA Synthetase / Splice Variant
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / mitochondrial translation ...histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / mitochondrial translation / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidyl-anticodon-binding / Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS ...Histidyl-anticodon-binding / Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / S15/NS1, RNA-binding / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Geng, Y. / Zhai, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2025
タイトル: A human histidyl-tRNA synthetase splice variant therapeutic targets NRP2 to resolve lung inflammation and fibrosis.
著者: Nangle, L.A. / Xu, Z. / Siefker, D. / Burkart, C. / Chong, Y.E. / Zhai, L. / Geng, Y. / Polizzi, C. / Guy, L. / Eide, L. / Tong, Y. / Klopp-Savino, S. / Ferrer, M. / Rauch, K. / Wang, A. / ...著者: Nangle, L.A. / Xu, Z. / Siefker, D. / Burkart, C. / Chong, Y.E. / Zhai, L. / Geng, Y. / Polizzi, C. / Guy, L. / Eide, L. / Tong, Y. / Klopp-Savino, S. / Ferrer, M. / Rauch, K. / Wang, A. / Hamel, K. / Crampton, S. / Paz, S. / Chiang, K.P. / Do, M.H. / Burman, L. / Lee, D. / Zhang, M. / Ogilvie, K. / King, D. / Adams, R.A. / Schimmel, P.
履歴
登録2024年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin heavy constant gamma 1,Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
B: Immunoglobulin heavy constant gamma 1,Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
C: Immunoglobulin heavy constant gamma 1,Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
D: Immunoglobulin heavy constant gamma 1,Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,2804
ポリマ－129,2804
非ポリマー00
水00
1
A: Immunoglobulin heavy constant gamma 1,Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
B: Immunoglobulin heavy constant gamma 1,Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6402
ポリマ－64,6402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area28350 Å2
手法PISA
2
C: Immunoglobulin heavy constant gamma 1,Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
D: Immunoglobulin heavy constant gamma 1,Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6402
ポリマ－64,6402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area27850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.943, 112.984, 110.211
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

-
要素

#1: タンパク質
Immunoglobulin heavy constant gamma 1,Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic / Ig gamma-1 chain C region / Ig gamma-1 chain C region EU / Ig gamma-1 chain C region KOL / Ig gamma- ...Ig gamma-1 chain C region / Ig gamma-1 chain C region EU / Ig gamma-1 chain C region KOL / Ig gamma-1 chain C region NIE / Histidyl-tRNA synthetase / HisRS


分子量: 32319.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1, HARS1, HARS, HRS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P01857, UniProt: P12081, histidine-tRNA ligase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 / 詳細: 100mM BIS-TRIS pH 5.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月4日
放射モノクロメーター: Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 36360 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 1.107 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.855.81.78518420.6390.8830.7881.9540.472100
2.85-2.95.91.45917940.7010.9080.6391.5950.474100
2.9-2.9661.23917850.7150.9130.5361.3520.51100
2.96-3.026.21.0318260.8360.9540.4421.1220.502100
3.02-3.086.10.78218020.8860.9690.3380.8530.52899.9
3.08-3.1560.58818360.9330.9830.2590.6430.56999.9
3.15-3.235.70.44918000.9490.9870.2030.4930.632100
3.23-3.325.80.36518210.9550.9880.1640.4010.73199.9
3.32-3.426.20.29317720.980.9950.1260.320.667100
3.42-3.536.30.24418460.9810.9950.1040.2660.74799.9
3.53-3.656.20.22418040.980.9950.0970.2450.87199.9
3.65-3.86.10.18618100.9850.9960.080.2030.92699.9
3.8-3.9760.1518130.9890.9970.0670.1651.1199.9
3.97-4.185.60.1218020.990.9970.0550.1321.39799.7
4.18-4.446.20.10118200.9940.9990.0440.111.527100
4.44-4.796.20.0918230.9940.9980.040.0991.76799.8
4.79-5.2760.08618260.9950.9990.0380.0941.98699.9
5.27-6.035.70.08518520.9940.9990.0390.0941.938100
6.03-7.596.10.08118230.9950.9990.0350.0882.155100
7.59-505.20.05718630.9960.9990.0270.0642.85499.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VH5

5vh5


解像度: 2.79→49.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 17.976 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.253 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25634 1706 4.8 %RANDOM
Rwork0.21683 ---
obs0.21869 33853 97.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.981 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20.68 Å2
2--4.73 Å2-0 Å2
3----4.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.79→49.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7973 0 0 0 7973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0138167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.65111087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1551.57817821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6365996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.45823.878392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.948151467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3451534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028916
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3386.9514002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.3396.9514001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.32210.4254992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.32110.4264993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9477.5484165
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.9477.5484166
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.708116096
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.303132.26931057
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.302132.26831058
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A71900.12
12B71900.12
21A68580.07
22C68580.07
31A3170.18
32C3170.18
41A72030.12
42D72030.12
51B65460.12
52C65460.12
61B3510.19
62C3510.19
71B78170.03
72D78170.03
81C65570.12
82D65570.12
91C3500.18
92D3500.18
LS精密化 シェル解像度: 2.794→2.866 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 126 -
Rwork0.373 2419 -
obs--93.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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