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- PDB-8yd1: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yd1
タイトルCryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bortezomib, conformation 1
要素
  • (ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ...) x 2
  • ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
  • Beta-casein
キーワードHYDROLASE / Mycobacterium tuberculosis / Caseinolytic protease system / Activation
機能・相同性
機能・相同性情報


response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / negative regulation of lactation / potassium channel inhibitor activity / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / antioxidant activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity ...response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / negative regulation of lactation / potassium channel inhibitor activity / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / antioxidant activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / response to progesterone / regulation of blood pressure / Golgi lumen / negative regulation of inflammatory response / response to estradiol / ATPase binding / response to heat / serine-type endopeptidase activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / extracellular space / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein, beta / Casein, alpha/beta / Casein / Casein alpha/beta, conserved site / Caseins alpha/beta signature. / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpP, Ser active site ...Casein, beta / Casein, alpha/beta / Casein / Casein alpha/beta, conserved site / Caseins alpha/beta signature. / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / : / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp, N-terminal domain superfamily / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ClpP/crotonase-like domain superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-BO2 / Beta-casein / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
Bos grunniens (ヤク)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Zhou, B. / Zhao, H. / Gao, Y. / Chen, X. / Zhang, T. / He, J. / Xiong, X.
資金援助 中国, 9件
組織認可番号国
Other government2021YFA1300903
Other government2021YFA1300904
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32300152 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81973372 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170189 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32241021 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82341085 中国
Other government2022A1515110505
Other government2022M723164
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Activation mechanism of caseinolytic chaperone-protease system in Mycobacterium tuberculosis by the anti-cancer drug bortezomib
著者: Zhou, B. / Zhao, H. / Gao, Y. / Chen, X. / Zhang, T. / He, J. / Xiong, X.
履歴
登録2024年2月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
C: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
D: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
E: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
F: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
a: Beta-casein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)727,39752
ポリマ－717,01621
非ポリマー10,38131
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ... , 2種, 14分子 GHIJKLMNOPQRST

#2: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / Endopeptidase Clp 2


分子量: 19869.652 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: clpP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPC3, endopeptidase Clp
#3: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 / Endopeptidase Clp 1


分子量: 19383.111 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: clpP1, clpP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPC5, endopeptidase Clp

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 7分子 ABCDEFa

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1


分子量: 73270.336 Da / 分子数: 6 / 変異: E288A, F444S, E626A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: clpC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPC9
#4: タンパク質・ペプチド Beta-casein


分子量: 2624.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos grunniens (ヤク) / 参照: UniProt: P02666

-
非ポリマー , 4種, 31分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物
ChemComp-BO2 / N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE / BORTEZOMIB / ボルテゾミブ


分子量: 384.237 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25BN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bortezomib, conformation 1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95184 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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