PDB-8y7f: Crystal structure of CARF domain-truncated Csx1-Crn2 from Marinit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y7f

タイトル

Crystal structure of CARF domain-truncated Csx1-Crn2 from Marinitoga sp.

要素

CRISPR-associated protein

キーワード

HYDROLASE / type III CRISPR / self-limiting ribonuclease / ring nuclease / Csx1 / Crn2

機能・相同性

STIV B116-like / STIV B116-like superfamily / STIV B116-like / CRISPR-associated protein DxTHG, conserved site / CRISPR-associated protein

機能・相同性情報

生物種

Marinitoga sp. 1155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Zhang, D. / Yuan, C. / Lin, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural insight into the Csx1-Crn2 fusion self-limiting ribonuclease of type III CRISPR system.
著者: Zhang, D. / Du, L. / Gao, H. / Yuan, C. / Lin, Z.

履歴

登録	2024年2月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y7f.cif.gz	307.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y7f.ent.gz	252.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y7f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/8y7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/8y7f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8y6zC 8y75C 8y7gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CRISPR-associated protein

B: CRISPR-associated protein

90.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CRISPR-associated protein

B: CRISPR-associated protein

A: CRISPR-associated protein

B: CRISPR-associated protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
181 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	210.580, 210.580, 210.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	212
Space group name H-M	P4₃32

#1: タンパク質	CRISPR-associated protein 分子量: 45157.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinitoga sp. 1155 (バクテリア) 遺伝子: X274_06335 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2SHM8
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Calcium acetate,0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 40% PEG 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→40.53 Å / Num. obs: 34091 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 2.95→3.06 Å / Num. unique obs: 34091 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PHENIX		モデル構築
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.95→40.53 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2302	1658	4.86 %
R_work	0.2	-	-
obs	0.2014	34089	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→40.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6023	0	0	0	6023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.301
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.552	781
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	933
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1017

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-3.04	0.3081	116	0.2615	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.13	0.2816	123	0.2489	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.25	0.2893	170	0.2574	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.38	0.3015	125	0.2484	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.53	0.2735	136	0.2185	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.72	0.2394	129	0.2067	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-3.95	0.2294	144	0.1977	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.25	0.2139	130	0.1828	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.68	0.2261	145	0.161	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.36	0.1924	151	0.171	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
5.36-6.74	0.2159	123	0.2278	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
6.75-40.53	0.1937	166	0.1782	2919	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4369	-0.4472	0.3031	1.1156	0.189	1.5706	0.1475	0.2656	-0.0472	-0.1192	-0.2246	0.1913	0.0669	-0.0287	0.0003	0.3186	0.0562	0.0126	0.4014	-0.0425	0.2322	31.7912	22.2182	-33.7566
2	1.1731	-0.4134	-0.3734	0.3423	0.0488	0.8423	0.0631	-0.0862	0.3579	0.0222	-0.0854	-0.0054	-0.313	-0.1776	-0.0004	0.3778	0.0583	0.0096	0.3648	0.0155	0.3878	26.5644	47.6702	-17.3995
3	0.8538	0.2082	0.2528	0.7827	-0.6414	0.7135	-0.0788	0.0561	0.0292	-0.0366	0.0511	-0.2625	0.0184	0.1247	-0.0018	0.3226	-0.043	0.1078	0.3154	0.0125	0.3595	59.0396	45.5963	-14.6142
4	-0.0147	0.2461	-0.2222	1.248	-0.4365	0.8705	-0.1923	0.2834	-0.205	-0.0959	0.047	0.2463	0.139	-0.1488	-0.073	0.2272	-0.0178	-0.0043	0.5921	-0.1718	0.3394	1.4137	22.9692	-21.3899
5	1.0546	0.1626	-0.5699	0.6548	-0.2186	0.5706	-0.1759	-0.1923	-0.0391	0.0806	0.1453	-0.0548	-0.0708	0.1583	0.0001	0.2353	0.0608	0.0322	0.4387	-0.0197	0.2859	18.5378	31.5111	0.3378
6	0.9466	0.1783	-0.9562	1.1554	-0.4111	0.8289	-0.0035	-0.1134	-0.0225	0.1174	0.033	0.1305	-0.0504	-0.0519	-0	0.2201	0.1005	0.0012	0.2623	0.0455	0.258	-10.7989	43.4987	9.0019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 185 through 336 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 337 through 438 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 439 through 563 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 185 through 336 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 337 through 437 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 438 through 563 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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