PDB-8y7g: Crystal structure of the Marinitoga sp. Csx1-Crn2 H495A mutant in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8y7g

タイトル

Crystal structure of the Marinitoga sp. Csx1-Crn2 H495A mutant in complex with cyclic-tetraadenylate (cA4)

要素

CRISPR-associated protein
RNA (5'-R(P*AP*A)-3')
RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')

キーワード

HYDROLASE / type III CRISPR / self-limiting ribonuclease / ring nuclease / Csx1 / Crn2

機能・相同性

STIV B116-like / STIV B116-like superfamily / STIV B116-like / CRISPR-associated protein DxTHG, conserved site / ACETATE ION / RNA / CRISPR-associated protein

機能・相同性情報

生物種

Marinitoga sp. 1155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Zhang, D. / Yuan, C. / Lin, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural insight into the Csx1-Crn2 fusion self-limiting ribonuclease of type III CRISPR system.
著者: Zhang, D. / Du, L. / Gao, H. / Yuan, C. / Lin, Z.

履歴

登録	2024年2月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8y7g.cif.gz	458.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8y7g.ent.gz	380 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8y7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8y7g_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8y7g_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8y7g_validation.xml.gz	45.3 KB	表示
CIF形式データ	8y7g_validation.cif.gz	62 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/8y7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/8y7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8y6zC 8y75C 8y7fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CRISPR-associated protein

B: CRISPR-associated protein

C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')

D: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')

E: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')

ヘテロ分子

136 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CRISPR-associated protein

B: CRISPR-associated protein

C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')

D: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')

E: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')

ヘテロ分子

A: CRISPR-associated protein

B: CRISPR-associated protein

C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')

D: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')

E: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
271 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.496, 119.564, 196.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-601- ACT

#1: タンパク質	CRISPR-associated protein 分子量: 66461.359 Da / 分子数: 2 / 変異: H495A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinitoga sp. 1155 (バクテリア) 遺伝子: X274_06335 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2SHM8
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PAPAPAPA)-3') 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Marinitoga sp. 1155 (バクテリア)
#3: RNA鎖	RNA (5'-R(PAPA)-3') 分子量: 613.454 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Marinitoga sp. 1155 (バクテリア)
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.0, 10% w/v Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→52.79 Å / Num. obs: 30656 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.88
反射シェル	解像度: 3.15→3.27 Å / Num. unique obs: 30656 / CC_1/2: 0.999

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PHENIX		モデル構築
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定
autoPROC		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.15→52.79 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2804	1997	6.51 %
R_work	0.2124	-	-
obs	0.2168	30656	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→52.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8691	176	8	0	8875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.377
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.559	1235
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1405
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1498

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.15-3.23	0.4021	139	0.3162	2018	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.32	0.3589	141	0.273	2020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.42	0.31	140	0.2514	2004	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.53	0.3481	140	0.2512	2018	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.65	0.314	142	0.2571	2021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.8	0.3171	140	0.2263	2005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-3.97	0.3444	141	0.2171	2030	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.18	0.2574	142	0.2094	2037	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.44	0.2754	141	0.1866	2023	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-4.78	0.2361	144	0.1688	2054	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-5.27	0.1938	143	0.1777	2069	X-RAY DIFFRACTION	100
5.27-6.03	0.3082	144	0.221	2068	X-RAY DIFFRACTION	100
6.03-7.59	0.3182	147	0.2442	2103	X-RAY DIFFRACTION	100
7.59-52.79	0.2286	153	0.1778	2189	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0635	-0.3158	-0.0028	0.1427	-0.117	0.2357	0.5151	0.6599	-0.0603	-1.0036	-0.3051	0.1411	0.1161	-0.314	-0.1823	3.1335	-0.2303	-0.1617	1.0302	-0.0576	0.92	-46.4052	60.7834	-78.0863
2	0.8909	0.8911	-0.3141	1.908	-0.398	0.8539	-0.2955	0.2258	-0.2375	-0.8956	0.2982	-0.1296	-0.0931	0.3741	0.0844	0.7432	-0.3487	0.0598	0.3558	-0.0623	0.9389	-43.116	37.4076	-27.8224
3	1.2383	0.0876	0.697	1.6742	-0.0311	3.8863	-0.0783	-0.7946	-0.3411	1.2228	0.1137	0.0484	0.7413	0.0335	-0.0952	1.1052	0.3201	0.0518	0.7204	0.1237	0.8717	-37.2772	50.392	47.242
4	0.6121	0.9384	0.9568	2.3442	1.455	1.4482	-0.0721	-0.0889	0.1495	-0.0405	-0.2692	0.6138	-0.0447	-0.4798	0.233	0.3617	-0.0326	-0.0271	0.2241	-0.1017	1.1432	-58.481	49.831	-1.3311
5	6.9947	-4.0919	0.3338	5.3188	0.3783	6.5713	-1.1439	2.2238	-0.3455	-0.7566	-0.4899	0.8077	1.247	0.315	1.6262	3.2561	-0.3997	-0.0054	1.9624	-0.2675	1.0273	-38.9146	63.7287	-97.0111
6	2.5263	0.8667	1.9784	1.5931	1.5916	2.2766	0.1174	-1.5476	-0.1234	0.7951	-0.7707	0.0553	0.787	-0.6977	0.6079	2.8784	0.4014	0.121	2.2047	-0.0317	0.8058	-33.2903	59.1783	70.4351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 298 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 299 through 563 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 336 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 337 through 563 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 1 through 2 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 1 through 2 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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