PDB-8xy1: Crystal structure of MPXV P1 protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xy1

タイトル

Crystal structure of MPXV P1 protein

要素

Protein OPG035

キーワード

VIRAL PROTEIN / MPXV / P1

機能・相同性

Orthopoxvirus, Protein N1 / Poxvirus Bcl-2-like / Poxvirus domain superfamily / Poxvirus Bcl-2-like proteins / symbiont-mediated perturbation of host defense response / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / Protein OPG035

機能・相同性情報

生物種

Monkeypox virus (サル痘ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.575 Å

データ登録者

Ni, X.C. / Lei, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2025
タイトル: Structural insights into MPXV P1 protein and its orthologs reveal conformational dynamics and a conserved antiviral pocket.
著者: Ni, X. / Wang, Y. / Fan, X. / Yu, J. / Lei, J.

履歴

登録	2024年1月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xy1.cif.gz	161.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xy1.ent.gz	124.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xy1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xy1_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xy1_full_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示
XML形式データ	8xy1_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	8xy1_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/8xy1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/8xy1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xy2C 8xy3C 8xy4C 2i39S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein OPG035

B: Protein OPG035

F: Protein OPG035

E: Protein OPG035

C: Protein OPG035

D: Protein OPG035

97 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Protein OPG035

B: Protein OPG035

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, cross-linking
32.3 kDa, 2 ポリマー
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2

F: Protein OPG035

E: Protein OPG035

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.3 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Protein OPG035

D: Protein OPG035

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	114.417, 114.417, 126.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	Protein OPG035 / Protein N1 分子量: 16165.386 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: OPG035, P1L, MPXVgp023 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTN4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.8 M Succinic acid, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979152 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979152 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.57→99.09 Å / Num. obs: 30914 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.57→2.71 Å / Num. unique obs: 4468 / CC_1/2: 0.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2I39

2i39

解像度: 2.575→99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 11.247 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.542 / ESU R Free: 0.286 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2418	1489	4.84 %
R_work	0.1961	29274	-
all	0.198	-	-
obs	-	30763	99.46 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.587 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.752 Å²	0.376 Å²	0 Å²
2-	-	0.752 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.575→99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5840	0	0	113	5953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	5961
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.597	1.643	8042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.371	1.594	13049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.346	5	705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.408	21.123	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.255	15	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.195	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6605
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	5023
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	2963
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.188	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.045	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.712	4.902	2814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.709	4.901	2813
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.775	7.352	3509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.775	7.354	3510
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.604	5.721	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.603	5.723	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.009	8.246	4529
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.008	8.248	4530
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.994	55.537	6701
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.998	55.544	6695
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.072	0.05	3753
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.059	0.05	3864
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.095	0.05	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.064	0.05	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.088	0.05	3735
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.083	0.05	3789
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.087	0.05	3796
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.081	0.05	3747
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.076	0.05	3852
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.088	0.05	3808
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.067	0.05	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.085	0.05	3799
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.091	0.05	3769
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.081	0.05	3808
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.091	0.05	3735

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.575-2.642	0.323	89	0.275	2178	X-RAY DIFFRACTION	99.9559
2.642-2.714	0.36	117	0.266	2080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.714-2.793	0.249	93	0.264	2045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.793-2.879	0.299	101	0.253	1987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.879-2.973	0.27	93	0.216	1894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.973-3.077	0.279	107	0.219	1861	X-RAY DIFFRACTION	100
3.077-3.193	0.286	96	0.218	1789	X-RAY DIFFRACTION	100
3.193-3.324	0.297	85	0.204	1725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.324-3.471	0.264	89	0.191	1668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.471-3.641	0.241	77	0.209	1521	X-RAY DIFFRACTION	95.976
3.641-3.837	0.29	87	0.267	1431	X-RAY DIFFRACTION	94.9937
3.837-4.07	0.234	75	0.178	1442	X-RAY DIFFRACTION	99.9341
4.07-4.35	0.163	83	0.151	1332	X-RAY DIFFRACTION	99.9294
4.35-4.699	0.183	51	0.146	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
4.699-5.146	0.197	57	0.154	1185	X-RAY DIFFRACTION	99.9195
5.146-5.753	0.288	52	0.159	1059	X-RAY DIFFRACTION	100
5.753-6.64	0.19	54	0.174	946	X-RAY DIFFRACTION	100
6.64-8.127	0.205	40	0.157	820	X-RAY DIFFRACTION	100
8.127-11.47	0.194	26	0.129	650	X-RAY DIFFRACTION	99.8523
11.47-99	0.142	17	0.26	379	X-RAY DIFFRACTION	96.3504

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関連情報:EMDBヘッダ

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