PDB-8xy3: Crystal structure of VARV P1 protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xy3

タイトル

Crystal structure of VARV P1 protein

要素

P1L

キーワード

VIRAL PROTEIN / VARV / P1

機能・相同性

Orthopoxvirus, Protein N1 / Poxvirus Bcl-2-like / Poxvirus domain superfamily / Poxvirus Bcl-2-like proteins / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / : / R1L protein

機能・相同性情報

生物種

Variola virus (天然痘ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ni, X.C. / Lei, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2025
タイトル: Structural insights into MPXV P1 protein and its orthologs reveal conformational dynamics and a conserved antiviral pocket.
著者: Ni, X. / Wang, Y. / Fan, X. / Yu, J. / Lei, J.

履歴

登録	2024年1月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xy3.cif.gz	117 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xy3.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xy3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xy3_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xy3_full_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示
XML形式データ	8xy3_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	8xy3_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/8xy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/8xy3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xy1SC 8xy2C 8xy4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: P1L

B: P1L

D: P1L

A: P1L

64.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: P1L

D: P1L

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, cross-linking
32.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: P1L

A: P1L

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.064, 153.786, 132.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-256- HOH

#1: タンパク質	P1L 分子量: 16101.294 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Variola virus (天然痘ウイルス) 遺伝子: R1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76Q58
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→132.15 Å / Num. obs: 31040 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 2655 / CC_1/2: 0.978

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8XY1

8xy1

解像度: 2.2→66.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 7.327 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.202 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2408	1515	4.886 %
R_work	0.2038	29489	-
all	0.206	-	-
obs	-	31004	99.932 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.245 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.588 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.884 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.704 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→66.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3903	0	0	254	4157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3969
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.473	1.642	5362
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.322	1.585	8638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.285	5	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.833	21.694	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.056	15	746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.711	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	870
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	806
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.257	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.584	4.462	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.584	4.46	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.114	6.681	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.113	6.683	2349
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.466	4.903	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.465	4.904	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.751	7.168	3014
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.751	7.17	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.294	50.437	4524
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.302	50.334	4493
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.087	0.05	3894
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.088	0.05	3750
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.087	0.05	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.096	0.05	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.1	0.05	3677
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.083	0.05	3760

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.376	107	0.299	2174	X-RAY DIFFRACTION	99.9124
2.257-2.319	0.304	105	0.295	2054	X-RAY DIFFRACTION	99.9537
2.319-2.386	0.275	109	0.279	2049	X-RAY DIFFRACTION	99.7688
2.386-2.459	0.271	92	0.272	2008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.459-2.54	0.31	101	0.26	1913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.629	0.289	87	0.244	1862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.629-2.728	0.3	98	0.209	1811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.728-2.839	0.24	85	0.218	1739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.839-2.965	0.318	84	0.213	1656	X-RAY DIFFRACTION	99.9426
2.965-3.11	0.248	98	0.219	1600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.278	0.269	92	0.221	1502	X-RAY DIFFRACTION	99.9373
3.278-3.476	0.229	71	0.209	1446	X-RAY DIFFRACTION	99.9341
3.476-3.716	0.263	66	0.203	1361	X-RAY DIFFRACTION	100
3.716-4.013	0.213	69	0.172	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
4.013-4.395	0.176	54	0.155	1182	X-RAY DIFFRACTION	100
4.395-4.911	0.169	57	0.155	1075	X-RAY DIFFRACTION	100
4.911-5.667	0.216	45	0.163	947	X-RAY DIFFRACTION	100
5.667-6.932	0.189	46	0.182	816	X-RAY DIFFRACTION	100
6.932-9.763	0.134	27	0.162	658	X-RAY DIFFRACTION	100
9.763-66.16	0.311	22	0.22	377	X-RAY DIFFRACTION	97.555

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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