PDB-8xr4: Crystal structure of AKRtyl-NADP(H) complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xr4

タイトル

Crystal structure of AKRtyl-NADP(H) complex

要素

Aldo/keto reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

: / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / nucleotide binding / cytosol / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo/keto reductase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces xinghaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Lin, S. / Dai, S. / Xiao, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A three-level regulatory mechanism of the aldo-keto reductase subfamily AKR12D.
著者: Xiao, Z. / Zha, J. / Yang, X. / Huang, T. / Huang, S. / Liu, Q. / Wang, X. / Zhong, J. / Zheng, J. / Liang, R. / Deng, Z. / Zhang, J. / Lin, S. / Dai, S.

履歴

登録	2024年1月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xr4.cif.gz	564.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xr4.ent.gz	460.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xr4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/8xr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/8xr4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jwkC 8jwlC 8jwmC 8jwnC 8jwoC 8xr2C 8xr3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Aldo/keto reductase

B: Aldo/keto reductase

C: Aldo/keto reductase

D: Aldo/keto reductase

E: Aldo/keto reductase

F: Aldo/keto reductase

G: Aldo/keto reductase

H: Aldo/keto reductase

ヘテロ分子

296 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.875, 197.643, 199.984
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Aldo/keto reductase 分子量: 36293.703 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces xinghaiensis (バクテリア) 遺伝子: DC095_024450, SFRA_012675 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3R7J519
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18% PEG3350, 0.1 M Sodium citrate, pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97862 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月3日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97862 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→45.98 Å / Num. obs: 242437 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 26.03 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 11892 / CC_1/2: 0.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000	7.21	データ削減
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PHASER	2.7.0	位相決定
PDB_EXTRACT	4.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.94→45.98 Å / SU ML: 0.2206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.2625
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1996	12337	5.09 %
R_work	0.1708	229942	-
obs	0.1722	242279	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→45.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20832	0	0	2355	23187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	21312
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0007	29008
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0591	3104
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	3800
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.0168	7664

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.96	0.2964	421	0.2602	7562	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.96-1.99	0.2748	479	0.2411	7526	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.99-2.01	0.2826	440	0.2395	7535	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.01-2.03	0.2733	367	0.2329	7625	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.03-2.06	0.2455	419	0.2232	7634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.09	0.2682	401	0.2161	7520	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.09-2.12	0.257	413	0.2122	7669	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.12-2.15	0.2753	378	0.2134	7586	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.15-2.18	0.2394	410	0.2063	7668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2406	412	0.1986	7576	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.22-2.26	0.2334	466	0.2001	7530	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.26-2.3	0.2341	415	0.1939	7672	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.3-2.34	0.2419	362	0.1896	7623	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.34-2.39	0.2421	380	0.1923	7609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.44	0.2343	396	0.1883	7697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.5	0.2336	430	0.187	7610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.56	0.2217	402	0.185	7592	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.56-2.63	0.2208	427	0.1804	7662	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.63-2.71	0.2079	395	0.1768	7663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.8	0.2275	435	0.1843	7610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.9	0.2144	398	0.1815	7701	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.9-3.01	0.2239	405	0.1805	7654	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.01-3.15	0.1838	416	0.1718	7705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.32	0.1973	413	0.1696	7681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.52	0.1779	415	0.1628	7703	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.52-3.8	0.1664	367	0.1467	7795	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.8-4.18	0.135	445	0.1253	7732	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.18-4.78	0.1492	416	0.1256	7767	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.78-6.02	0.1492	369	0.1392	7933	X-RAY DIFFRACTION	99.99
6.02-45.98	0.1779	445	0.1537	8102	X-RAY DIFFRACTION	99.56

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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