PDB-8jwl: The first purified state crystal structure of AKRtyl

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jwl

タイトル

The first purified state crystal structure of AKRtyl

要素

Aldo/keto reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Aldo-keto reductase

機能・相同性

: / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / nucleotide binding / cytosol / Chem-NDP / Aldo/keto reductase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces xinghaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Lin, S. / Dai, S. / Xiao, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A three-level regulatory mechanism of the aldo-keto reductase subfamily AKR12D.
著者: Xiao, Z. / Zha, J. / Yang, X. / Huang, T. / Huang, S. / Liu, Q. / Wang, X. / Zhong, J. / Zheng, J. / Liang, R. / Deng, Z. / Zhang, J. / Lin, S. / Dai, S.

履歴

登録	2023年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jwl.cif.gz	517.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jwl.ent.gz	420.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jwl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jwl_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jwl_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8jwl_validation.xml.gz	96.3 KB	表示
CIF形式データ	8jwl_validation.cif.gz	137.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/8jwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/8jwl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jwkC 8jwmC 8jwnC 8jwoC 8xr2C 8xr3C 8xr4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aldo/keto reductase

B: Aldo/keto reductase

C: Aldo/keto reductase

D: Aldo/keto reductase

E: Aldo/keto reductase

F: Aldo/keto reductase

G: Aldo/keto reductase

H: Aldo/keto reductase

ヘテロ分子

309 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.973, 183.092, 102.336
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab

#1: タンパク質	Aldo/keto reductase 分子量: 38465.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces xinghaiensis (バクテリア) 遺伝子: DC095_024450, SFRA_012675 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3R7J519
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 983 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 22% PEG 400, 0.1M MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月31日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 139793 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 27.33 Å² / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / R_merge(I) obs: 1.064 / Num. unique obs: 6907 / CC_1/2: 0.933

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	4.1	データ抽出
HKL-3000	7.21	データ削減
PHENIX	1.17.1_3660	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→38.17 Å / SU ML: 0.2432 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.0284
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2312	6772	4.85 %	RANDOM
R_work	0.1869	132752	-	-
obs	0.1891	139524	99.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20068	0	0	983	21051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0114	20511
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0762	27861
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0574	3002
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	3673
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	30.638	7440

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3185	212	0.267	4284	X-RAY DIFFRACTION	97.15
2.33-2.35	0.255	251	0.2016	4337	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.35-2.38	0.2733	227	0.2046	4453	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.38-2.41	0.2491	235	0.1969	4337	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.41-2.45	0.2699	229	0.195	4394	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.45-2.48	0.26	240	0.1995	4377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.51	0.2671	232	0.1972	4404	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.51-2.55	0.2691	216	0.1883	4438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.59	0.2612	230	0.1887	4365	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.59-2.63	0.256	221	0.1895	4412	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.63-2.68	0.271	212	0.1873	4418	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.68-2.73	0.2248	258	0.1901	4382	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.73-2.78	0.231	215	0.1806	4416	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.78-2.84	0.2358	238	0.1877	4417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.9	0.2565	242	0.1836	4400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.97	0.2452	212	0.1882	4408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.04	0.2266	247	0.1852	4428	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.04-3.12	0.2396	210	0.1929	4469	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.12-3.21	0.2539	208	0.1969	4434	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.32	0.273	196	0.2252	4469	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.32-3.44	0.2402	207	0.2262	4455	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.44-3.57	0.2301	251	0.2113	4436	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.57-3.74	0.3601	227	0.3043	4134	X-RAY DIFFRACTION	93.54
3.74-3.93	0.2084	199	0.1751	4474	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.93-4.18	0.1826	217	0.1527	4420	X-RAY DIFFRACTION	98.81
4.18-4.5	0.1708	216	0.1369	4483	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.5-4.95	0.1605	238	0.1298	4502	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.95-5.67	0.1697	232	0.1403	4527	X-RAY DIFFRACTION	100
5.67-7.13	0.1805	224	0.1628	4567	X-RAY DIFFRACTION	100
7.13-38.17	0.1887	230	0.1559	4712	X-RAY DIFFRACTION	98.7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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