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- PDB-8jwo: Crystal structure of AKRtyl-tylosin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jwo
タイトルCrystal structure of AKRtyl-tylosin complex
要素Aldo/keto reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / complex
機能・相同性: / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / nucleotide binding / cytosol / TYLOSIN / Aldo/keto reductase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces xinghaiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lin, S. / Dai, S. / Xiao, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21632007 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A three-level regulatory mechanism of the aldo-keto reductase subfamily AKR12D.
著者: Xiao, Z. / Zha, J. / Yang, X. / Huang, T. / Huang, S. / Liu, Q. / Wang, X. / Zhong, J. / Zheng, J. / Liang, R. / Deng, Z. / Zhang, J. / Lin, S. / Dai, S.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo/keto reductase
B: Aldo/keto reductase
C: Aldo/keto reductase
D: Aldo/keto reductase
E: Aldo/keto reductase
F: Aldo/keto reductase
G: Aldo/keto reductase
H: Aldo/keto reductase
I: Aldo/keto reductase
J: Aldo/keto reductase
K: Aldo/keto reductase
L: Aldo/keto reductase
M: Aldo/keto reductase
N: Aldo/keto reductase
O: Aldo/keto reductase
P: Aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)630,09932
ポリマ－615,44116
非ポリマー14,65816
水38,6782147
1
A: Aldo/keto reductase
B: Aldo/keto reductase
C: Aldo/keto reductase
D: Aldo/keto reductase
E: Aldo/keto reductase
F: Aldo/keto reductase
G: Aldo/keto reductase
H: Aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,04916
ポリマ－307,7218
非ポリマー7,3298
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36030 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area88310 Å2
手法PISA
2
I: Aldo/keto reductase
J: Aldo/keto reductase
K: Aldo/keto reductase
L: Aldo/keto reductase
M: Aldo/keto reductase
N: Aldo/keto reductase
O: Aldo/keto reductase
P: Aldo/keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,04916
ポリマ－307,7218
非ポリマー7,3298
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36660 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area88880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.021, 111.021, 560.041
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Aldo/keto reductase


分子量: 38465.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces xinghaiensis (バクテリア)
遺伝子: DC095_024450, SFRA_012675 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3R7J519
#2: 化合物
ChemComp-TYK / TYLOSIN


分子量: 916.100 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H77NO17 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.51 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 22% PEG 400, 0.1M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月27日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 317806 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 27.64 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 15864 / CC1/2: 0.699

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-30007.21データスケーリング
PDB_EXTRACT4.1データ抽出
HKL-30007.21データ削減
PHENIX1.17.1-3660位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→49.74 Å / SU ML: 0.2413 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.7674
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2165 15524 4.93 %RANDOM
Rwork0.181 299061 --
obs0.1828 314585 99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39036 0 0 2147 41183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011639895
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.582454236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.28736063
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01066993
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.664814167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.280.27874480.24219322X-RAY DIFFRACTION91.44
2.28-2.30.26964930.23839464X-RAY DIFFRACTION94.43
2.3-2.330.28125100.23769650X-RAY DIFFRACTION96.74
2.33-2.360.27124980.23299986X-RAY DIFFRACTION98.05
2.36-2.390.28284730.23069874X-RAY DIFFRACTION98.62
2.39-2.430.27565140.22179981X-RAY DIFFRACTION99.09
2.43-2.460.26045590.228910088X-RAY DIFFRACTION99.71
2.46-2.50.26125350.22069927X-RAY DIFFRACTION99.73
2.5-2.540.22865090.201210109X-RAY DIFFRACTION99.99
2.54-2.580.23535440.197610050X-RAY DIFFRACTION99.97
2.58-2.620.23775510.192810004X-RAY DIFFRACTION99.99
2.62-2.670.23854750.18610106X-RAY DIFFRACTION99.97
2.67-2.720.23755370.186910050X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.780.25144890.18310101X-RAY DIFFRACTION99.97
2.78-2.840.23695070.183510051X-RAY DIFFRACTION99.99
2.84-2.90.22815440.17210046X-RAY DIFFRACTION100
2.9-2.970.22824510.174310149X-RAY DIFFRACTION99.98
2.97-3.060.22655060.180910043X-RAY DIFFRACTION99.9
3.06-3.150.20715080.170510093X-RAY DIFFRACTION99.94
3.15-3.250.22515060.170310056X-RAY DIFFRACTION99.99
3.25-3.360.21855240.174910125X-RAY DIFFRACTION99.99
3.36-3.50.20595560.169810019X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.660.19355280.160210045X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.850.18475240.159710072X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.090.18715540.153410010X-RAY DIFFRACTION99.94
4.09-4.410.17735320.149410056X-RAY DIFFRACTION99.98
4.41-4.850.17575520.155910042X-RAY DIFFRACTION99.91
4.85-5.550.19185220.175110119X-RAY DIFFRACTION99.95
5.55-6.990.2315530.202510013X-RAY DIFFRACTION99.88
6.99-49.740.20835220.19289410X-RAY DIFFRACTION93.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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