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万見
- PDB-8xkl: Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xkl
タイトルStructure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae
要素
  • ACPII-1
  • ACPII-2
  • ACPII-3
  • ACPII-4
  • ACPII-5
  • ACPII-6
  • CCPII-S
  • Photosystem II reaction center protein G
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Photosystem II / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性Chem-8CT / CHLOROPHYLL A / Chem-IHT / Chem-II0 / Chem-II3 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-SQD
機能・相同性情報
生物種Chroomonas placoidea (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Li, X.Y. / Mao, Z.Y. / Shen, J.R. / Han, G.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesYSBR-004 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure and distinct supramolecular organization of a PSII-ACPII dimer from a cryptophyte alga Chroomonas placoidea.
著者: Zhiyuan Mao / Xingyue Li / Zhenhua Li / Liangliang Shen / Xiaoyi Li / Yanyan Yang / Wenda Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han /
要旨: Cryptophyte algae are an evolutionarily distinct and ecologically important group of photosynthetic unicellular eukaryotes. Photosystem II (PSII) of cryptophyte algae associates with alloxanthin ...Cryptophyte algae are an evolutionarily distinct and ecologically important group of photosynthetic unicellular eukaryotes. Photosystem II (PSII) of cryptophyte algae associates with alloxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (ACPs) to act as the peripheral light-harvesting system, whose supramolecular organization is unknown. Here, we purify the PSII-ACPII supercomplex from a cryptophyte alga Chroomonas placoidea (C. placoidea), and analyze its structure at a resolution of 2.47 Å using cryo-electron microscopy. This structure reveals a dimeric organization of PSII-ACPII containing two PSII core monomers flanked by six symmetrically arranged ACPII subunits. The PSII core is conserved whereas the organization of ACPII subunits exhibits a distinct pattern, different from those observed so far in PSII of other algae and higher plants. Furthermore, we find a Chl a-binding antenna subunit, CCPII-S, which mediates interaction of ACPII with the PSII core. These results provide a structural basis for the assembly of antennas within the supercomplex and possible excitation energy transfer pathways in cryptophyte algal PSII, shedding light on the diversity of supramolecular organization of photosynthetic machinery.
履歴
登録2023年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: ACPII-4
7: ACPII-1
8: ACPII-2
9: ACPII-3
G: Photosystem II reaction center protein G
P: ACPII-6
p: ACPII-5
s: CCPII-S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,612120
ポリマ－180,0958
非ポリマー87,517112
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 8種, 8分子 0789GPps

#1: タンパク質 ACPII-4


分子量: 23734.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#2: タンパク質 ACPII-1


分子量: 25151.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#3: タンパク質 ACPII-2


分子量: 23471.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#4: タンパク質 ACPII-3


分子量: 24055.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#5: タンパク質 Photosystem II reaction center protein G


分子量: 5464.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#6: タンパク質 ACPII-6


分子量: 23923.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#7: タンパク質 ACPII-5


分子量: 23762.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#8: タンパク質 CCPII-S


分子量: 30531.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)

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非ポリマー , 9種, 112分子

#9: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-IHT / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Allobetaxanthin / 7,8-ジデヒドロ-β-クリプトキサンチン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O
#12: 化合物...
ChemComp-II0 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Alloxanthin / アロキサンチン


分子量: 564.840 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2
#13: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物 ChemComp-II3 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Monadoxanthin / モナドキサンチン


分子量: 566.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2
#15: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-8CT / (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene


分子量: 536.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of ACPII-CCPII from cryptophyte algae / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 610800 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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