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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xeu | ||||||
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タイトル | Structure of the siderophore periplasmic binding protein FtsB from Streptococcus pyogenes with ferrichrome bound | ||||||
![]() | Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Streptococcus pyogenes / siderophore / hydroxamate / FtsB / ABC transporter / alanine scanning / antibiotic strategy / ferrichrome | ||||||
機能・相同性 | ![]() iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Caaveiro, J.M.M. / Fernandez-Perez, J. / Tsumoto, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the ligand promiscuity of the hydroxamate siderophore binding protein FtsB from Streptococcus pyogenes. 著者: Fernandez-Perez, J. / Senoo, A. / Caaveiro, J.M.M. / Nakakido, M. / de Vega, S. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 932.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 935 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8xetC ![]() 8xf4C ![]() 8xf7C ![]() 8xf8C ![]() 8xf9C ![]() 8xfaC ![]() 8xfiC ![]() 3hxpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31849.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: E0F66_02370 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FCE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.6 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→42.9 Å / Num. obs: 24183 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.983 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1373 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.283 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3HXP 解像度: 1.8→33.555 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.644 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.395 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.555 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.3972 Å / Origin y: -8.0777 Å / Origin z: -19.06 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |