PDB-8xeu: Structure of the siderophore periplasmic binding protein FtsB fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xeu

タイトル

Structure of the siderophore periplasmic binding protein FtsB from Streptococcus pyogenes with ferrichrome bound

要素

Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Streptococcus pyogenes / siderophore / hydroxamate / FtsB / ABC transporter / alanine scanning / antibiotic strategy / ferrichrome

機能・相同性

機能・相同性情報

iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes SSI-1 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Caaveiro, J.M.M. / Fernandez-Perez, J. / Tsumoto, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the ligand promiscuity of the hydroxamate siderophore binding protein FtsB from Streptococcus pyogenes.
著者: Fernandez-Perez, J. / Senoo, A. / Caaveiro, J.M.M. / Nakakido, M. / de Vega, S. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2023年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xeu.cif.gz	123.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xeu.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xeu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xeu_validation.pdf.gz	932.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xeu_full_validation.pdf.gz	935 KB	表示
XML形式データ	8xeu_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	8xeu_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/8xeu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/8xeu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xetC 8xf4C 8xf7C 8xf8C 8xf9C 8xfaC 8xfiC 3hxpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB

ヘテロ分子

32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.490, 62.916, 67.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB / FtsB 分子量: 31849.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes SSI-1 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: E0F66_02370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5S4TPK8
#2: 化合物	ChemComp-FCE / FERRICHROME 分子量: 740.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₂FeN₉O₁₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.6 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→42.9 Å / Num. obs: 24183 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.983 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1373 / CC_1/2: 0.82 / R_pim(I) all: 0.283 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	Jan 31, 2020 BUILT=20200417	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HXP

3hxp

解像度: 1.8→33.555 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 5.644 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	1161	4.809 %
R_work	0.1795	22980	-
all	0.182	-	-
obs	-	24141	99.207 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.395 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.634 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.733 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.099 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.555 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2183	0	49	257	2489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.746	1.683	3113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.427	1.611	5120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.921	5	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.207	24.124	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.825	15	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.434	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	439
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.138	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.874	1.509	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.87	1.508	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.344	2.258	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.344	2.259	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.364	1.732	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.364	1.732	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.19	2.513	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.189	2.513	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.28	19.132	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.279	19.134	2667

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.299	66	0.231	1644	X-RAY DIFFRACTION	98.1067
1.847-1.897	0.244	87	0.205	1612	X-RAY DIFFRACTION	98.4357
1.897-1.952	0.263	74	0.199	1595	X-RAY DIFFRACTION	98.8159
1.952-2.012	0.305	76	0.202	1527	X-RAY DIFFRACTION	99.0117
2.012-2.078	0.272	72	0.198	1503	X-RAY DIFFRACTION	99.0566
2.078-2.151	0.243	69	0.177	1456	X-RAY DIFFRACTION	99.1547
2.151-2.232	0.259	58	0.18	1410	X-RAY DIFFRACTION	99.2563
2.232-2.323	0.188	62	0.165	1342	X-RAY DIFFRACTION	98.8732
2.323-2.426	0.265	53	0.18	1333	X-RAY DIFFRACTION	99.2126
2.426-2.544	0.199	39	0.165	1256	X-RAY DIFFRACTION	99.386
2.544-2.681	0.278	60	0.19	1186	X-RAY DIFFRACTION	99.8397
2.681-2.843	0.261	53	0.193	1136	X-RAY DIFFRACTION	99.5812
2.843-3.038	0.241	51	0.187	1079	X-RAY DIFFRACTION	99.5595
3.038-3.281	0.276	50	0.201	986	X-RAY DIFFRACTION	100
3.281-3.592	0.224	62	0.187	916	X-RAY DIFFRACTION	99.8979
3.592-4.013	0.197	56	0.162	827	X-RAY DIFFRACTION	100
4.013-4.628	0.181	75	0.145	718	X-RAY DIFFRACTION	100
4.628-5.653	0.2	55	0.161	631	X-RAY DIFFRACTION	100
5.653-7.935	0.219	22	0.18	515	X-RAY DIFFRACTION	99.6289
7.935-33.5	0.178	21	0.156	308	X-RAY DIFFRACTION	97.6261

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.3972 Å / Origin y: -8.0777 Å / Origin z: -19.06 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0668 Å²	-0.0138 Å²	-0.0189 Å²	-	0.0111 Å²	0.0038 Å²	-	-	0.0068 Å²
L	2.6652 °²	0.159 °²	-0.217 °²	-	1.0825 °²	-0.0931 °²	-	-	0.5567 °²
S	-0.0317 Å °	0.1281 Å °	-0.0266 Å °	-0.1491 Å °	0.0542 Å °	0.043 Å °	0.0339 Å °	-0.0379 Å °	-0.0225 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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