PDB-8xf4: Structure of the siderophore periplasmic binding protein FtsB fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xf4

タイトル

Structure of the siderophore periplasmic binding protein FtsB from Streptococcus pyogenes with Bisucaberin bound

要素

Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Streptococcus pyogenes / siderophore / hydroxamate / FtsB / ABC transporter / alanine scanning / antibiotic strategy / Bisucaberin

機能・相同性

機能・相同性情報

iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes SSI-1 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Caaveiro, J.M.M. / Fernandez-Perez, J. / Tsumoto, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the ligand promiscuity of the hydroxamate siderophore binding protein FtsB from Streptococcus pyogenes.
著者: Fernandez-Perez, J. / Senoo, A. / Caaveiro, J.M.M. / Nakakido, M. / de Vega, S. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2023年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xf4.cif.gz	75.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xf4.ent.gz	51.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xf4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xetC 8xeuSC 8xf7C 8xf8C 8xf9C 8xfaC 8xfiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB

ヘテロ分子

32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.974, 62.099, 67.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB / FtsB 分子量: 31849.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes SSI-1 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: E0F66_02370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5S4TPK8
#2: 化合物	ChemComp-OX8 / 1,12-bis(oxidanyl)-1,6,12,17-tetrazacyclodocosane-2,5,13,16-tetrone / ビスカベリン分子量: 400.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₂N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.06 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 150 mM KSCN 30% PEG-MME 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→45.8 Å / Num. obs: 17418 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.996 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1236 / CC_1/2: 0.817 / R_pim(I) all: 0.281

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS	Jan 10, 2022 BUILT=20220120	データ削減
Aimless	0.7.13	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8XEU

8xeu

解像度: 2→45.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 6.084 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	829	4.768 %
R_work	0.1991	16557	-
all	0.201	-	-
obs	-	17386	98.259 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.564 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.529 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.303 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.832 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2183	0	58	89	2330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.869	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.515	1.811	5203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.33	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.682	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.418	10	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.393	10	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	482
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.057	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.266	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.388	3.385	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.388	3.385	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.415	6.071	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.415	6.072	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.317	3.885	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.315	3.886	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.31	6.924	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.309	6.925	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.698	35.388	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.69	35.444	2625

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.292	56	0.29	1175	X-RAY DIFFRACTION	97.3892
2.052-2.108	0.37	56	0.262	1176	X-RAY DIFFRACTION	97.7778
2.108-2.169	0.308	61	0.261	1107	X-RAY DIFFRACTION	97.4958
2.169-2.236	0.357	59	0.24	1087	X-RAY DIFFRACTION	97.0364
2.236-2.309	0.329	58	0.228	1073	X-RAY DIFFRACTION	97.416
2.309-2.389	0.256	55	0.228	1047	X-RAY DIFFRACTION	98.2175
2.389-2.479	0.274	52	0.219	1001	X-RAY DIFFRACTION	98.2276
2.479-2.58	0.318	51	0.21	960	X-RAY DIFFRACTION	98.3463
2.58-2.695	0.259	48	0.222	948	X-RAY DIFFRACTION	98.5163
2.695-2.826	0.293	37	0.237	903	X-RAY DIFFRACTION	98.5325
2.826-2.978	0.314	38	0.22	859	X-RAY DIFFRACTION	98.14
2.978-3.158	0.233	40	0.214	808	X-RAY DIFFRACTION	98.1481
3.158-3.375	0.241	32	0.219	779	X-RAY DIFFRACTION	99.0232
3.375-3.643	0.276	28	0.207	736	X-RAY DIFFRACTION	99.3498
3.643-3.989	0.175	33	0.178	668	X-RAY DIFFRACTION	99.1513
3.989-4.455	0.149	42	0.142	598	X-RAY DIFFRACTION	99.2248
4.455-5.136	0.181	28	0.154	548	X-RAY DIFFRACTION	99.1394
5.136-6.271	0.172	20	0.174	477	X-RAY DIFFRACTION	99.7992
6.271-8.787	0.179	24	0.154	373	X-RAY DIFFRACTION	99.7487
8.787-45.8	0.165	11	0.151	234	X-RAY DIFFRACTION	98.7903

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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