PDB-8xf8: High-resolution structure of the siderophore periplasmic binding ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xf8

タイトル

High-resolution structure of the siderophore periplasmic binding protein FtsB from Streptococcus pyogenes with ferrioxamine B

要素

Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Streptococcus pyogenes / siderophore / hydroxamate / FtsB / ABC transporter / alanine scanning / antibiotic strategy / ferrioxamine B

機能・相同性

機能・相同性情報

iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes SSI-1 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Caaveiro, J.M.M. / Fernandez-Perez, J. / Tsumoto, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the ligand promiscuity of the hydroxamate siderophore binding protein FtsB from Streptococcus pyogenes.
著者: Fernandez-Perez, J. / Senoo, A. / Caaveiro, J.M.M. / Nakakido, M. / de Vega, S. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2023年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xf8.cif.gz	194.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xf8.ent.gz	116.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xf8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xf8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xetC 8xeuSC 8xf4C 8xf7C 8xf9C 8xfaC 8xfiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB

ヘテロ分子

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.223, 76.223, 102.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB / FtsB 分子量: 31849.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes SSI-1 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: E0F66_02370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5S4TPK8

-
非ポリマー , 6種, 424分子

#2: 化合物	ChemComp-0UE / Ferrioxamine B 分子量: 613.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₅FeN₆O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-03S / methanesulfonic acid / メタンスルホン酸分子量: 96.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄O₃S
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 50 mM zinc sulfate 25% PEG 550-MME 100 mM MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→40.5 Å / Num. obs: 113334 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 10.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / R_merge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4502 / CC_1/2: 0.721 / R_pim(I) all: 0.319 / % possible all: 76.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS	Jan 10, 2022 BUILT=20220120	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8XEU

8xeu

解像度: 1.15→40.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 0.932 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1529	2277	2.009 %
R_work	0.1353	111053	-
all	0.136	-	-
obs	-	113330	94.947 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.327 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.099 Å²	0.05 Å²	0 Å²
2-	-	0.099 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.322 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→40.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2222	0	55	415	2692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.669	1.859	3363
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.527	1.768	5695
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.143	5	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.179	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.466	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.086	10	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.078	10	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	379
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.229	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.263	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.132	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.368	1.306	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.351	1.306	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.61	2.353	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.616	2.355	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.408	1.522	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.402	1.52	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.286	2.702	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.285	2.703	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.073	18.226	2969
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.17	16.035	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.113	3	4902

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.18	0.212	139	0.207	6937	X-RAY DIFFRACTION	80.5923
1.18-1.212	0.203	175	0.185	7813	X-RAY DIFFRACTION	92.6575
1.212-1.247	0.168	139	0.17	7667	X-RAY DIFFRACTION	93.5186
1.247-1.286	0.197	141	0.164	7479	X-RAY DIFFRACTION	94.1322
1.286-1.328	0.175	157	0.146	7264	X-RAY DIFFRACTION	94.523
1.328-1.374	0.157	151	0.133	7071	X-RAY DIFFRACTION	95.0013
1.374-1.426	0.144	150	0.119	6826	X-RAY DIFFRACTION	95.2225
1.426-1.484	0.139	129	0.113	6659	X-RAY DIFFRACTION	95.8216
1.484-1.55	0.122	145	0.105	6379	X-RAY DIFFRACTION	96.2242
1.55-1.626	0.127	110	0.103	6172	X-RAY DIFFRACTION	96.6164
1.626-1.713	0.142	126	0.106	5807	X-RAY DIFFRACTION	96.739
1.713-1.817	0.146	122	0.111	5596	X-RAY DIFFRACTION	97.4272
1.817-1.942	0.143	116	0.118	5213	X-RAY DIFFRACTION	97.6723
1.942-2.098	0.122	98	0.119	4931	X-RAY DIFFRACTION	98.1843
2.098-2.297	0.133	87	0.117	4537	X-RAY DIFFRACTION	98.5087
2.297-2.567	0.127	78	0.126	4128	X-RAY DIFFRACTION	98.7324
2.567-2.963	0.178	88	0.14	3648	X-RAY DIFFRACTION	99.2561
2.963-3.624	0.186	71	0.148	3110	X-RAY DIFFRACTION	99.5618
3.624-5.104	0.159	30	0.149	2446	X-RAY DIFFRACTION	99.7985
5.104-40.5	0.158	25	0.211	1370	X-RAY DIFFRACTION	99.8568

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