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- PDB-8xe5: norbelladine 4'-O-methyltransferase complexed with Mg, SAH, and 3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xe5
タイトルnorbelladine 4'-O-methyltransferase complexed with Mg, SAH, and 3,4-dihydroxybenzaldehyde
要素Norbelladine 4'-O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / NpN4OMT
機能・相同性
機能・相同性情報


norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / O-methyltransferase / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protocatechuic aldehyde / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Norbelladine 4'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22H02777 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K15303 日本
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases
著者: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H.
履歴
登録2023年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Norbelladine 4'-O-methyltransferase
B: Norbelladine 4'-O-methyltransferase
C: Norbelladine 4'-O-methyltransferase
D: Norbelladine 4'-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,59215
ポリマ－109,5884
非ポリマー2,00311
水13,565753
1
A: Norbelladine 4'-O-methyltransferase
B: Norbelladine 4'-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8428
ポリマ－54,7942
非ポリマー1,0486
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area18110 Å2
手法PISA
2
D: Norbelladine 4'-O-methyltransferase
ヘテロ分子

C: Norbelladine 4'-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7507
ポリマ－54,7942
非ポリマー9565
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area4160 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.328, 79.901, 91.286
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.862, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Norbelladine 4'-O-methyltransferase


分子量: 27397.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物)
遺伝子: N4OMT / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A077EWA5

-
非ポリマー , 5種, 764分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-H6N / Protocatechuic aldehyde / 3,4-ジヒドロキシベンズアルデヒド


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 753 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 17% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.048 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.048 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→45.54 Å / Num. obs: 107759 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.07→2.13 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4364 / CC1/2: 0.687 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→45.54 Å / SU ML: 0.2408 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 22.2612
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 5426 5.04 %
Rwork0.1912 102333 -
obs0.1929 107759 97.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→45.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7740 0 6 753 8499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00188130
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.528611083
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04211230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00351423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.85611168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.090.32641770.27733469X-RAY DIFFRACTION97.67
2.09-2.120.30481790.26963387X-RAY DIFFRACTION97.86
2.12-2.140.29572050.25883377X-RAY DIFFRACTION97.31
2.14-2.170.29381450.26853451X-RAY DIFFRACTION97.51
2.17-2.20.27211950.25193388X-RAY DIFFRACTION98.06
2.2-2.230.3331690.24993486X-RAY DIFFRACTION97.68
2.23-2.260.29931420.25223403X-RAY DIFFRACTION97.77
2.26-2.30.24681800.24523496X-RAY DIFFRACTION97.64
2.3-2.330.28211740.23313402X-RAY DIFFRACTION97.76
2.33-2.370.30032000.23433344X-RAY DIFFRACTION97.55
2.37-2.410.26662080.23233411X-RAY DIFFRACTION97.31
2.41-2.450.26391730.22863401X-RAY DIFFRACTION97.44
2.45-2.50.24641880.22353388X-RAY DIFFRACTION96.47
2.5-2.550.28791790.22363246X-RAY DIFFRACTION93.73
2.55-2.610.24131810.21613285X-RAY DIFFRACTION94.08
2.61-2.670.24611810.2093338X-RAY DIFFRACTION95.26
2.67-2.740.24041910.2043435X-RAY DIFFRACTION98.43
2.74-2.810.29871680.21023472X-RAY DIFFRACTION98.73
2.81-2.890.23842000.20323401X-RAY DIFFRACTION98.63
2.89-2.990.22632180.19393458X-RAY DIFFRACTION98.84
2.99-3.090.20851670.18883465X-RAY DIFFRACTION98.75
3.09-3.220.19411350.17653500X-RAY DIFFRACTION98.48
3.22-3.360.20311740.16483459X-RAY DIFFRACTION98.48
3.36-3.540.18481780.15543451X-RAY DIFFRACTION98.21
3.54-3.760.17941960.1483394X-RAY DIFFRACTION97.9
3.76-4.050.20142140.14913365X-RAY DIFFRACTION97.63
4.05-4.460.14771500.13013427X-RAY DIFFRACTION96.44
4.46-5.10.15231890.14453387X-RAY DIFFRACTION97.25
5.1-6.420.22321870.17573458X-RAY DIFFRACTION98.38
6.43-45.540.17461830.16163389X-RAY DIFFRACTION97.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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