PDB-8xdy: O-methyltransferase from Lycoris longituba M52A variant complexed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xdy

タイトル

O-methyltransferase from Lycoris longituba M52A variant complexed with Mg, SAH, and 3,4-dihydroxybenzaldehyde

要素

norbelladine O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / LlOMT

機能・相同性

機能・相同性情報

norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Lycoris longituba (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases
著者: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H.

履歴

登録	2023年12月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xdy.cif.gz	256.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xdy.ent.gz	170.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8xdy_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xdy_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	8xdy_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	8xdy_validation.cif.gz	31.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/8xdy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/8xdy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xdoC 8xdpC 8xdqC 8xdrC 8xdsC 8xdtC 8xduC 8xdvC 8xe0C 8xe2C 8xe3C 8xe4C 8xe5C 8z8oC 8z8pC 8z8rC 8z8sC 8zfwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: norbelladine O-methyltransferase

B: norbelladine O-methyltransferase

ヘテロ分子

56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.857, 81.492, 117.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	norbelladine O-methyltransferase 分子量: 27383.229 Da / 分子数: 2 / 変異: M52A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lycoris longituba (植物) / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B9TNK2

-
非ポリマー , 6種, 244分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-H6N / Protocatechuic aldehyde / 3,4-ジヒドロキシベンズアルデヒド分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.052 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.052 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→47.76 Å / Num. obs: 46990 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 31.23 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2173 / CC_1/2: 0.842 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→47.76 Å / SU ML: 0.2213 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 20.7259
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2013	2379	5.06 %
R_work	0.1779	44611	-
obs	0.1791	46990	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3862	0	24	236	4122

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	4160
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6169	5672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0438	627
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	735
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.4703	1554

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.24	0.3177	131	0.2818	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.29	0.2868	125	0.2537	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.29-2.35	0.2493	119	0.2419	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.35-2.41	0.2306	136	0.2413	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.41-2.47	0.2254	139	0.2247	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.47-2.54	0.2833	142	0.224	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.54-2.63	0.2485	136	0.2023	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.63-2.72	0.2266	156	0.1948	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.72-2.83	0.2665	152	0.1957	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.83-2.96	0.2013	137	0.1983	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.96-3.11	0.2529	116	0.1853	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.11-3.31	0.1972	155	0.1674	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.56	0.1765	159	0.165	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.92	0.1776	135	0.1426	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.49	0.1413	132	0.1273	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-5.65	0.1707	166	0.1524	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
5.65-47.76	0.1815	143	0.1734	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.57

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.679220805149	-0.0273565127123	0.330393480047	0.288652788659	0.0947223099057	1.16309312064	0.0344309052039	0.000811732055843	-0.0358504256329	-0.120241068431	-0.0139742053418	0.000472370414761	0.0162416595789	-0.132921108151	4.01118753816E-6	0.241220701975	-0.000197113161023	-0.00233745413322	0.252567645798	0.00616325598405	0.23394901353	-2.27834590624	10.6529793259	20.3534413431
2	0.312992305516	0.0570312347777	0.244462438202	0.220177352977	-0.313261985002	0.797596927796	-0.0928765610052	0.079549054907	0.182476186916	-0.27838605403	0.0678312295248	0.0756902262182	-0.249684135433	-0.00562051603884	-3.21105485171E-5	0.378723953752	-0.00879269849155	0.0104726585008	0.272431329354	0.00714670125957	0.28998481081	3.98654293488	21.7001038676	8.30395377
3	0.335582845199	-0.0629652816113	0.196839565177	0.0778678053755	-0.202360700472	0.543969562058	0.0341552286948	0.075326013575	-0.0837643092091	-0.178091865312	-0.00392960535711	-0.0748300183851	0.0783672518916	0.114020760349	-1.70407092304E-5	0.244470301964	-0.0104962848473	0.0642660125411	0.231842672338	-0.0411365704601	0.270076018741	13.5081916985	5.3087265356	14.4498285985
4	0.414843582893	0.315935322686	0.140239357597	0.392565739596	0.238729671618	0.176895989483	-0.0140218187896	-0.216812694093	-0.345849797358	0.197291680697	-0.040073981714	-0.186704357679	0.261015574512	0.207147942659	1.42826905899E-5	0.35520917586	0.0262116502195	-0.0231571711931	0.326802718086	0.0436312939161	0.406957855503	15.2433335119	-2.57596276475	35.5574510683
5	0.127465279356	0.0692268603215	0.138044790036	0.167136056366	0.0565870570678	0.149104098998	0.00721696512562	-0.124489967254	-0.217188578043	0.0904591594361	0.154622617676	-0.034418293475	0.284387082851	0.343181915775	7.56675067751E-5	0.344252862144	0.0352828542108	-0.0289197207392	0.315602443285	0.000734583625219	0.396879718021	25.2625748891	0.871798430279	40.3305862455
6	0.462862810947	-0.43470048032	-0.0342674863748	0.400665964618	0.0761595572727	0.434180466478	0.0290712076928	-0.0994975640774	0.0406933242087	0.16064173944	-0.040753253768	-0.251314991061	-0.0893994375343	0.189106393641	8.47002342272E-6	0.251002425479	-0.0514575629494	-0.0339028834101	0.296066749821	-0.0255404629418	0.310601622504	22.5528926274	17.8224840201	41.660724041
7	0.505844425397	0.0790291471607	0.446990587443	0.370648582331	0.32812548516	0.934682693163	-0.0146010500007	-0.112830247765	0.00184394874728	0.0852061407753	0.0643952576897	-0.0144289727407	-0.039787886489	-0.105232385197	8.4454887729E-6	0.217321792855	0.00481766928911	0.00554572454525	0.224376092692	0.0028860151589	0.189873351167	4.7241609674	13.6828800825	42.1526520558

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 92 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 93 through 157 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 158 through 239 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -2 through 35 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 36 through 56 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 57 through 157 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 158 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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