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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xdv | |||||||||
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タイトル | O-methyltransferase from Lycoris longituba M52S-F186Y variant complexed with Mg and SAH | |||||||||
要素 | norbelladine O-methyltransferase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / LlOMT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lycoris longituba (植物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å | |||||||||
データ登録者 | Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024 タイトル: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases 著者: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xdv.cif.gz | 137.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xdv.ent.gz | 86 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xdv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xdv_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8xdv_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8xdv_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xdv_validation.cif.gz | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/8xdv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/8xdv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8xdoC 8xdpC 8xdqC 8xdrC 8xdsC 8xdtC 8xduC 8xdyC 8xe0C 8xe2C 8xe3C 8xe4C 8xe5C 8z8oC 8z8pC 8z8rC 8z8sC 8zfwC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27415.229 Da / 分子数: 2 / 変異: M52S/F186Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lycoris longituba (植物) / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B9TNK2 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 23% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.048 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.048 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→47.16 Å / Num. obs: 39195 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 41.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 1.038 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2027 / CC1/2: 0.891 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→47.16 Å / SU ML: 0.3148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.1037 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→47.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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