PDB-8xdp: O-methyltransferase from Lycoris longituba complexed with Mg, SAH...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xdp

タイトル

O-methyltransferase from Lycoris longituba complexed with Mg, SAH, and 3,4-dihydroxybenzaldehyde

要素

norbelladine O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / LlOMT

機能・相同性

機能・相同性情報

norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lycoris longituba (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases
著者: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H.

履歴

登録	2023年12月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xdp.cif.gz	265.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xdp.ent.gz	175.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xdp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8xdp_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xdp_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8xdp_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	8xdp_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/8xdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/8xdp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8xdoC 8xdqC 8xdrC 8xdsC 8xdtC 8xduC 8xdvC 8xdyC 8xe0C 8xe2C 8xe3C 8xe4C 8xe5C 8z8oC 8z8pC 8z8rC 8z8sC 8zfwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: norbelladine O-methyltransferase

B: norbelladine O-methyltransferase

ヘテロ分子

55.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.781, 81.421, 118.454
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	norbelladine O-methyltransferase 分子量: 27443.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lycoris longituba (植物) / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B9TNK2

-
非ポリマー , 5種, 417分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-H6N / Protocatechuic aldehyde / 3,4-ジヒドロキシベンズアルデヒド分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 21% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.045 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.045 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→47.9 Å / Num. obs: 93813 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.53 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 1.366 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2710 / CC_1/2: 0.858 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→47.9 Å / SU ML: 0.1693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 19.354
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1889	4726	5.04 %
R_work	0.1579	89087	-
obs	0.1594	93813	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3881	0	16	411	4308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0044	4175
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7605	5699
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0487	633
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	741
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.8883	1556

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.2965	180	0.2607	3047	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.77-1.79	0.3149	162	0.2577	2906	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.79-1.81	0.253	134	0.2389	2975	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.81-1.84	0.2637	125	0.2378	3018	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.84-1.86	0.3032	156	0.2243	2974	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.86-1.89	0.252	155	0.2214	2953	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.89-1.91	0.2851	167	0.2222	2984	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.91-1.94	0.2529	167	0.2033	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.94-1.97	0.2487	171	0.1934	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2332	149	0.191	2956	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2-2.04	0.2045	150	0.1751	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.232	153	0.1659	3038	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.07-2.11	0.1792	150	0.1652	2899	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.11-2.16	0.2056	190	0.1624	2958	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.16-2.2	0.1874	165	0.1627	2957	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.2-2.26	0.2026	134	0.1625	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.31	0.1776	166	0.1481	2914	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.31-2.38	0.1806	163	0.1523	3012	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.1839	155	0.1544	2951	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.44-2.52	0.1782	166	0.1582	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.61	0.231	158	0.15	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.72	0.1938	132	0.1539	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.84	0.1803	166	0.1626	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.99	0.1939	143	0.159	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.18	0.185	150	0.1525	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.43	0.1889	198	0.1405	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.77	0.1468	141	0.1338	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.31	0.1192	184	0.1203	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-5.43	0.1704	139	0.1293	2986	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.44-47.9	0.1943	157	0.1655	2966	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.157449926905	-0.309739227862	-0.0289069127592	0.211318771084	0.0024432804464	0.0461490282243	0.0996136365654	-0.0151432987344	-0.0818633045053	-0.0795934747681	-0.0605413027751	-0.105347939278	0.00316652977207	-0.140693630973	0.000115333668733	0.279686293166	-0.00709890488284	0.0137793149286	0.232551432147	0.00113663878056	0.300643415401	-2.90384886034	-3.95289599342	14.5473648279
2	0.0389085277463	-0.0364461064833	-0.0281420369852	0.0552870241362	0.00422718869314	0.12256978634	0.0362208761587	-0.00548323729749	-0.115328609857	-0.0865040851024	0.0223821406064	0.22447101824	0.0100412921091	-0.174095915051	-4.84261134129E-5	0.170241155479	-0.00981142234483	-0.00438507796704	0.193186349841	0.00844810549094	0.201785019619	-5.05458970895	9.70077419411	32.2696585753
3	0.0126789739557	0.0347985327711	0.063577350506	0.0579351874307	-0.0722955936861	0.225519811698	-0.0521884117592	0.129636091718	-0.104381449576	0.0163356613012	-0.00728242863488	0.291256333936	0.0613787767835	-0.320256366751	2.76960570696E-5	0.200611960408	-0.00344891145106	-0.00297846609647	0.258705211763	-0.0139122274155	0.237409439231	-9.03267485822	11.1575444559	17.5824443479
4	0.10974263312	-0.100713334361	0.0448861944153	0.0677582323158	-0.0507298242924	0.107214791454	-0.0314513180282	0.0170254539072	-0.0334069694361	-0.0203152420168	0.0149098470678	-0.125079624179	-0.121454569264	-0.0105982798302	-9.52430405082E-7	0.22652336264	-0.00409807594258	0.00939828134186	0.206210437739	-0.0220769162292	0.193827917886	7.18259937367	20.3868708389	21.3624705732
5	0.135824191383	0.00629966614861	-0.0966702267462	0.103917173613	-0.0960008414523	0.305648824092	0.00558438944027	0.0118766121832	0.0853725733135	-0.131215414977	0.043999778036	-0.0320516004075	-0.186954407106	-0.085864648832	2.05413435472E-5	0.229506743492	0.00405917000786	-0.00777759207047	0.204218972637	-0.00181805651574	0.196538937553	-2.99153104974	20.7429097071	12.6115145877
6	0.174485301169	0.118757066678	0.0424977448744	0.215323383871	-0.13481960122	0.211217330747	0.0484482373606	0.258530150979	0.135127089839	-0.28516917223	0.00992060628938	0.101092101116	-0.294038078138	-0.0629777300179	-0.0170745620871	0.296714567692	-0.0170582320814	0.0376306082029	0.263925549898	0.0132942828495	0.189612415149	5.60029893873	21.7476631103	4.17994277471
7	0.149510364026	-0.0669704784442	0.0992498849208	0.0111251023771	-0.0254799712093	0.134783363371	-0.153281801444	0.223295429889	0.150014029402	-0.550055308667	0.0131089608141	-0.250534872571	-0.227402139525	0.104791533256	-0.00263279059794	0.34548830071	-0.072841201109	0.0625325978377	0.255512924172	0.0235856609755	0.241727247915	12.9487575468	21.2798214055	10.3454988888
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10	0.0742773311437	-0.126193127274	-0.0343133735215	0.1036189642	-0.0540771578878	0.111525626298	-0.0416785296126	-0.0260312836143	-0.136944411145	0.0476009309665	-0.0550662636395	-0.198257521853	0.0204525389141	0.115450392331	8.16887581076E-5	0.17231218377	-0.0268473719223	0.030621448217	0.198462770635	-0.023003901808	0.205101320836	17.7912807284	10.9678339822	19.3306964713
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14	0.285270449509	0.108801051817	0.282317507535	0.272201779814	0.163613856736	0.400259193301	-0.00010803569647	-0.0790221378993	-0.0413370164972	0.049977321953	0.0213467940722	-0.0033038133531	0.031287809247	-0.0572019632323	6.24984511673E-6	0.187810988238	0.00362939362413	0.0151521828888	0.179854775077	0.00609644875974	0.175444385426	3.8414618037	11.9933197584	41.1930000365

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 35 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 56 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 57 through 78 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 79 through 118 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 119 through 142 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 143 through 157 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 158 through 184 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 185 through 217 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 218 through 239 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid -2 through 18 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 19 through 56 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 57 through 171 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 172 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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