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- PDB-8x2d: Crystal structure of H5 hemagglutinin from swan-infecting H5N8 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x2d
タイトルCrystal structure of H5 hemagglutinin from swan-infecting H5N8 influenza virus complexed with avian receptor analog LSTc
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
6'-sialyl-N-acetyllactosamine / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Jin, X.Y. / Han, P. / Song, H. / Qi, J.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82122040 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Enhanced binding of Sialyl Lewis X to hemagglutinin contributes to H5N8 mammalian pathogenicity and infectivity
著者: Jin, X. / Han, P. / Zhang, C. / Miao, A.D. / Shi, Y. / Qi, J. / Bi, Y. / Liu, Y. / Song, H. / Gao, G.F.
履歴
登録2023年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,47414
ポリマ－173,1123
非ポリマー4,36211
水4,954275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18030 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area62330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.680, 107.034, 134.326
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 278分子 ABC

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 57703.988 Da / 分子数: 3 / 変異: A86V, T188I, H273N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Baculovirus transfer vector pFASTBAC1 (ウイルス)
参照: UniProt: A0A8E4ZAK5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 4種, 11分子

#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-1-3/a3-b1_b4-c1_c6-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 3 % dextran sulfate sodium salt, 0.1 M bicine pH 8.5, 19 % (w/v) PEG20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 78715 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 50.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 12.917
反射 シェル解像度: 2.48→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.838 / Num. unique obs: 7802

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.48→49.63 Å / SU ML: 0.3392 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.2763
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2524 2000 2.55 %
Rwork0.2342 76551 -
obs0.2346 78551 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→49.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11763 0 289 275 12327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010712319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.125516690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06211843
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00922152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.70171706
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.48-2.550.35441280.34314906X-RAY DIFFRACTION89.83
2.55-2.620.37111430.3335461X-RAY DIFFRACTION99.88
2.62-2.690.36111440.32755509X-RAY DIFFRACTION99.67
2.69-2.780.34841420.31385455X-RAY DIFFRACTION99.73
2.78-2.880.29611440.29525497X-RAY DIFFRACTION99.81
2.88-2.990.28871440.2895495X-RAY DIFFRACTION99.82
2.99-3.130.30411440.26535502X-RAY DIFFRACTION99.81
3.13-3.290.27371420.25695456X-RAY DIFFRACTION99.98
3.29-3.50.25631450.25455541X-RAY DIFFRACTION99.86
3.5-3.770.24361420.22595480X-RAY DIFFRACTION99.98
3.77-4.150.23661450.21035527X-RAY DIFFRACTION99.96
4.15-4.750.19631450.18555550X-RAY DIFFRACTION99.95
4.75-5.980.22461450.19575548X-RAY DIFFRACTION99.93
5.98-49.630.231470.2115624X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39034107906-0.2480512115552.997727345140.340434984842-0.493969869119.8839457259-0.349498275022-0.212248366870.2321610943580.513820946997-0.0575384250462-0.248894093893-1.13894031515-0.1954360863310.3896537091350.8019597670640.00100101675226-0.1874505201580.362698604623-0.03131083447520.54013883051670.116837940272.652844920439.7235495042
21.61670722833-0.2999850374540.4027719963192.610537434140.0255788725612.846248876860.02396620144090.08127847411470.1623082846890.101491316013-0.168649261937-0.21185176382-0.3900457119760.1700055293220.1345889192320.376994812739-0.0104476388190.008951142875170.1997316491260.02194295183350.35103470301863.418713565368.93339722285.83502717079
32.388096489030.9413119945693.564856172921.327017237761.955045331537.631932090810.0290809991538-0.1403725281980.0104912790450.516328896810.0786134410211-0.4353368672220.0956150278190.616952778011-0.1265139207640.882411272499-0.0029694128411-0.2319836193110.5887238491010.01162058257330.62479121490585.566015053162.019549426565.790402056
42.17022325671-0.06468177410325.144149698390.249954022440.04044185456529.038318004180.599197578809-0.770611483011-0.3992631074080.560580351718-0.11733372096-0.07910335769171.32220948888-1.12587484106-0.4692570756591.12491264014-0.298113484771-0.1470497305550.8276702075860.1051407963150.55299156076955.73118365834.307763771845.7260120237
52.447492455270.5882466829041.139855113132.18210253685-0.5772086603573.415853334490.286235142547-0.540124145241-0.0243818261510.308962163312-0.1961027349370.2022553260260.259791432947-0.40050093133-0.07708246366940.39650991943-0.122821366215-0.008360324887860.361687540754-0.01777177000080.4063019782442.371107426742.32502046214.5188710877
60.618877843745-0.0303582533331.268961424960.162713665968-0.9687647984769.06724389408-0.0158012556363-0.2341296351010.02348436553520.554107330716-0.158929800644-0.1313901241660.08234995328960.0703368474780.1310159823491.28636846514-0.13469184802-0.280320651110.5254380399370.07388407355450.64151179829973.965056414443.008692692570.7643008199
71.49454919853-0.1466107243051.627337931890.8423736368870.5212501681264.703602623610.2451515566450.234331030071-0.3457686923480.325302848160.188597087081-0.4151052628930.7932878143621.48474215552-0.4182619302480.5577285361980.0989936890093-0.1601499127330.792680557443-0.06894835579270.7771861216993.316658911439.738660427330.0158073247
82.37477268289-0.2109471033641.317072977711.611003733260.2920328301733.146741683420.29161737460.279198717075-0.4506427142640.001616874299580.0522451190159-0.4594773305690.8449820541640.633827825202-0.2786363231430.4632338803110.144473845333-0.04196863854110.38323898052-0.1012555567610.576970131773.987660007235.87331932221.21212807235
91.627168976340.4692273531660.8293632194030.622697609684-0.5213141863163.494715412430.357025874744-0.371798922981-0.5766676864540.6767560460190.190223172081-0.5479564959330.8486124621871.17534431815-0.5617663517871.092626497840.29943811192-0.3748219190440.978960247166-0.06844109404670.87294222598499.527257220641.576234147257.9290907586
106.30637497369-3.285081053567.302284661213.02963938058-4.158500100787.915842088940.388221211104-0.504099868555-0.4739835565720.01560035488010.049883357651-0.2220634034911.40804872252-0.148042587145-0.5141522322950.7493177068060.0595687309269-0.1176459460410.5547838200220.03228526706280.65906569650485.102140545844.217950626148.4590380777
113.1815509443-0.4455180070183.153792254990.426301424984-1.224637197394.813213649990.103003562209-0.955764613601-0.9609060377591.827216083590.835556584622-0.9768054893451.436525891431.40268753877-0.9197731948492.054372963540.418040733786-0.6941818065451.865589172540.06428961037931.3348403334104.81542701738.55665004690.2610797326
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 92 )AA1 - 921 - 92
22chain 'A' and (resid 93 through 285 )AA93 - 28593 - 285
33chain 'A' and (resid 286 through 500 )AA286 - 500286 - 490
44chain 'B' and (resid 1 through 92 )BB1 - 921 - 92
55chain 'B' and (resid 93 through 285 )BB93 - 28593 - 285
66chain 'B' and (resid 286 through 500 )BB286 - 500286 - 500
77chain 'C' and (resid 1 through 92 )CC1 - 921 - 92
88chain 'C' and (resid 93 through 285 )CC93 - 28593 - 285
99chain 'C' and (resid 286 through 366 )CC286 - 366286 - 366
1010chain 'C' and (resid 367 through 451 )CC367 - 451367 - 451
1111chain 'C' and (resid 452 through 500 )CC452 - 500452 - 500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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