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- PDB-8x2c: Crystal structure of H5 hemagglutinin from swan-infecting H5N8 in... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8x2c | ||||||
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Title | Crystal structure of H5 hemagglutinin from swan-infecting H5N8 influenza virus | ||||||
![]() | Hemagglutinin | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jin, X.Y. / Han, P. / Song, H. / Qi, J.X. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Enhanced binding of Sialyl Lewis X to hemagglutinin contributes to H5N8 mammalian pathogenicity and infectivity Authors: Jin, X. / Han, P. / Zhang, C. / Miao, A.D. / Shi, Y. / Qi, J. / Bi, Y. / Liu, Y. / Song, H. / Gao, G.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 719.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 503.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 60.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 75.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8x26C ![]() 8x27C ![]() 8x28C ![]() 8x29C ![]() 8x2dC ![]() 8x2fC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 57703.988 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: A86V, T188I, H273N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.33 Å3/Da / Density % sol: 63.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 3 % dextran sulfate sodium salt, 0.1 M bicine pH 8.5, 19 % (w/v) PEG20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979183 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.59→50 Å / Num. obs: 70001 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 48.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 13.754 |
Reflection shell | Resolution: 2.59→2.69 Å / Num. unique obs: 6980 / R split: 1.411 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.59→28.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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