PDB-8x29: Crystal structure of H5 hemagglutinin from swan-infecting H5N8 in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x29

タイトル

Crystal structure of H5 hemagglutinin from swan-infecting H5N8 influenza virus in complex with LSTa

要素

Hemagglutinin

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.613 Å

データ登録者

Jin, X.Y. / Han, P. / Song, H. / Qi, J.X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Enhanced binding of Sialyl Lewis X to hemagglutinin contributes to H5N8 mammalian pathogenicity and infectivity
著者: Jin, X. / Han, P. / Zhang, C. / Maio, A.D. / Shi, Y. / Qi, J. / Bi, Y. / Liu, Y. / Song, H. / Gao, G.F.

履歴

登録	2023年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x29.cif.gz	324.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x29.ent.gz	254.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x29_validation.pdf.gz	825.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x29_full_validation.pdf.gz	858.6 KB	表示
XML形式データ	8x29_validation.xml.gz	68.5 KB	表示
CIF形式データ	8x29_validation.cif.gz	87.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/8x29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/8x29	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	38008C 8x26C 8x27C 8x28C 8x2cC 8x2dC 8x2fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#113 - 2009年5月
インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

ヘテロ分子

176 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.151, 108.495, 133.192
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.789, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 57703.988 Da / 分子数: 3 / 変異: A86V, T188I, H273N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主:

Baculovirus transfer vector pFASTBAC1 (ウイルス)
参照: UniProt: A0A8E4ZAK5

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 糖

ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₉

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Neup5Ac	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Ac	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.69 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 3 % dextran sulfate sodium salt, 0.1 M bicine pH 8.5, 19 % (w/v) PEG20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 66519 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 36.48 Å² / R_merge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 9.291
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / R_merge(I) obs: 1.074 / Num. unique obs: 6680

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.613→26.328 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.162 / SU B: 11.207 / SU ML: 0.224 / Average fsc free: 0.9557 / Average fsc work: 0.9723 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.511 / ESU R Free: 0.281 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2306	1903	3.01 %
R_work	0.1841	61310	-
all	0.186	-	-
obs	-	63213	92.658 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.264 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.859 Å²	0 Å²	-2.837 Å²
2-	-	0.938 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.715 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.613→26.328 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11784	0	200	401	12385

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	12254
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.826	1.824	16602
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.626	1.771	26034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.348	5	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.297	5	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.527	10	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.762	10	612
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	14468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2842
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	10426
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	5843
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	6582
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.102	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.564	3.463	5886
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.564	3.463	5886
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.673	6.209	7347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.673	6.211	7348
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.719	4.04	6368
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.719	4.04	6367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.627	7.156	9255
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.626	7.156	9256
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.019	32.264	13239
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.01	32.285	13178

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.613-2.68	0.362	124	0.292	3741	0.294	4986	0.896	0.937	77.5171	0.225
2.68-2.753	0.38	118	0.291	4109	0.294	4845	0.906	0.941	87.2446	0.237
2.753-2.832	0.275	130	0.245	4062	0.246	4692	0.95	0.959	89.3436	0.194
2.832-2.918	0.257	121	0.228	4020	0.229	4597	0.947	0.964	90.0805	0.182
2.918-3.012	0.295	125	0.244	3959	0.246	4460	0.936	0.962	91.5695	0.207
3.012-3.116	0.294	123	0.234	3896	0.236	4303	0.944	0.965	93.4	0.198
3.116-3.232	0.26	118	0.203	3796	0.204	4139	0.957	0.974	94.5639	0.174
3.232-3.362	0.239	111	0.186	3691	0.188	4011	0.966	0.98	94.7893	0.167
3.362-3.509	0.242	112	0.19	3599	0.191	3860	0.966	0.978	96.1399	0.175
3.509-3.677	0.239	109	0.169	3461	0.171	3681	0.965	0.984	96.9845	0.158
3.677-3.872	0.233	103	0.173	3309	0.175	3506	0.963	0.983	97.3189	0.16
3.872-4.101	0.191	95	0.145	3128	0.146	3312	0.977	0.987	97.3128	0.138
4.101-4.377	0.182	93	0.144	2951	0.145	3138	0.976	0.988	97.0045	0.137
4.377-4.717	0.181	86	0.125	2778	0.126	2949	0.981	0.991	97.1177	0.124
4.717-5.15	0.18	78	0.14	2505	0.141	2669	0.982	0.989	96.7778	0.14
5.15-5.731	0.178	73	0.143	2334	0.144	2482	0.984	0.99	96.9782	0.145
5.731-6.566	0.184	64	0.146	2030	0.147	2171	0.981	0.989	96.4532	0.142
6.566-7.919	0.198	54	0.158	1760	0.159	1888	0.978	0.986	96.0805	0.157
7.919-10.725	0.174	43	0.158	1383	0.159	1488	0.987	0.988	95.8333	0.167
10.725-26.328	0.226	23	0.276	798	0.275	971	0.979	0.958	84.552	0.281

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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