PDB-8x28: Crystal structure of H5 hemagglutinin from human-infecting H5N8 i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x28

タイトル

Crystal structure of H5 hemagglutinin from human-infecting H5N8 influenza virus

要素

Hemagglutinin

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.19 Å

データ登録者

Jin, X.Y. / Han, P. / Song, H. / Qi, J.X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Enhanced binding of Sialyl Lewis X to hemagglutinin contributes to H5N8 mammalian pathogenicity and infectivity
著者: Jin, X. / Zhang, C. / Maio, A.D. / Shi, Y. / Qi, J. / Bi, Y. / Liu, Y. / Song, H. / Gao, G.F.

履歴

登録	2023年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x28.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x28.ent.gz	984.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x28.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x28_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x28_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	8x28_validation.xml.gz	111.3 KB	表示
CIF形式データ	8x28_validation.cif.gz	139.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/8x28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/8x28	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	38008C 8x26C 8x27C 8x29C 8x2cC 8x2dC 8x2fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

ヘテロ分子

349 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

D: Hemagglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
175 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hemagglutinin

E: Hemagglutinin

F: Hemagglutinin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
175 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.932, 267.380, 131.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.460, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 57687.926 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主:

Baculovirus transfer vector pFASTBAC1 (ウイルス)
参照: UniProt: A0A8E4ZAK5

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.26 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 3 % dextran sulfate sodium salt, 0.1 M bicine pH 7.7, 18 % w/v PEG20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.19→267.38 Å / Num. obs: 82156 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 63.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.349 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 3.19→3.27 Å / R_merge(I) obs: 1.999 / Num. unique obs: 6061

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.19→32.04 Å / SU ML: 0.5113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.6669
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2592	3937	2.43 %
R_work	0.2419	57953	-
obs	0.2423	61890	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.19→32.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23329	0	196	0	23525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	24060
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6911	32583
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0481	3513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	4249
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1559	8908

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.19-3.23	0.3854	140	0.3653	5527	X-RAY DIFFRACTION	99.16
3.23-3.27	0.3866	139	0.35	5704	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.27-3.31	0.3499	142	0.341	5707	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.31-3.36	0.3821	139	0.3399	5559	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3.36-3.41	0.3519	140	0.3403	5588	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.41-3.46	0.3231	144	0.3295	5784	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.46-3.51	0.325	138	0.3209	5592	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.51-3.57	0.3308	139	0.299	5598	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.57-3.63	0.2844	144	0.285	5733	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.63-3.7	0.2843	137	0.2865	5538	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.7-3.77	0.2663	144	0.2838	5686	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.77-3.84	0.2734	144	0.2848	5723	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.84-3.93	0.2517	138	0.2628	5566	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.93-4.02	0.2758	145	0.237	5711	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.02-4.12	0.2729	140	0.2387	5630	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.12-4.23	0.2682	138	0.2276	5687	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.23-4.35	0.2441	139	0.2239	5672	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.35-4.49	0.2223	143	0.2021	5637	X-RAY DIFFRACTION	99.71
4.49-4.65	0.1887	142	0.1933	5626	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.65-4.84	0.2461	142	0.1983	5720	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.84-5.06	0.2203	140	0.2079	5586	X-RAY DIFFRACTION	99.79
5.06-5.32	0.2858	138	0.2064	5689	X-RAY DIFFRACTION	99.59
5.32-5.66	0.2456	144	0.2079	5662	X-RAY DIFFRACTION	99.59
5.66-6.09	0.2169	141	0.2191	5669	X-RAY DIFFRACTION	99.73
6.09-6.7	0.2235	141	0.2316	5630	X-RAY DIFFRACTION	99.84
6.7-7.66	0.2296	142	0.218	5627	X-RAY DIFFRACTION	99.81
7.66-9.6	0.2214	139	0.1879	5649	X-RAY DIFFRACTION	99.76
9.6-32.04	0.1766	135	0.1736	5453	X-RAY DIFFRACTION	95.9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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