PDB-8wz9: The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocyste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wz9

タイトル

The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocysteinase Lpg2021 in ternary complex with NAD and adenine

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Legionella pneumophila / SAH hydrolase / ADE

機能・相同性

ADENINE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / :

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.649 Å

データ登録者

Gao, Y.S. / Xie, R. / Chen, Y.N. / Ma, J.M. / Ge, H.H.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for substrate recognition by a S-adenosylhomocysteine hydrolase Lpg2021 from Legionella pneumophila.
著者: Gao, Y. / Xie, R. / Chen, Y. / Yang, B. / Wang, M. / Hua, L. / Wang, X. / Wang, W. / Wang, N. / Ge, H. / Ma, J.

履歴

登録	2023年11月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wz9.cif.gz	117 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wz9.ent.gz	83.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wz9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wz9_validation.pdf.gz	764.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wz9_full_validation.pdf.gz	765.3 KB	表示
XML形式データ	8wz9_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	8wz9_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/8wz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/8wz9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wwgC 8wz6C 8wz7C 8wz8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.820, 130.820, 117.118
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-602- HOH
2	1	A-651- HOH
3	1	A-784- HOH
4	1	A-974- HOH
5	1	A-1100- HOH

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase 分子量: 48372.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: ahcY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: A0A2S6F4T2
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE 分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.5 M Ammonium sulfate 1.0 M Lithium sulfate 0.1 M Sodium citrate pH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月17日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.649→50 Å / Num. obs: 71306 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.017 / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 50.3
反射シェル	解像度: 1.649→1.71 Å / Num. unique obs: 70987 / CC_1/2: 0.806

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000	7.21	データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Q5ZTY7

解像度: 1.649→25.511 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / WR_factor R_free: 0.172 / WR_factor R_work: 0.169 / Average fsc free: 0.9695 / Average fsc work: 0.973 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1816	3525	4.96 %
R_work	0.176	67546	-
all	0.176	-	-
obs	-	71071	99.651 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.143 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	-0.175 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.35 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.134 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.649→25.511 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3306	0	64	508	3878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3434
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3257
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.652	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.681	1.58	7489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.418	5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.314	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.327	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.107	10	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.621	10	150
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4025
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	757
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.111	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.236	2.574	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.235	2.574	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.022	4.61	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.021	4.609	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.669	2.911	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.676	2.899	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.37	5.191	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.379	5.169	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.566	29.177	4116
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.264	26.884	3939

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.649-1.692	0.27	280	0.269	4853	0.269	5185	0.948	0.952	98.9971	0.234
1.692-1.738	0.252	218	0.258	4815	0.258	5035	0.955	0.957	99.9603	0.222
1.738-1.788	0.263	247	0.24	4650	0.241	4899	0.958	0.962	99.9592	0.206
1.788-1.843	0.249	217	0.227	4567	0.228	4789	0.959	0.966	99.8956	0.195
1.843-1.903	0.249	260	0.224	4372	0.226	4634	0.962	0.969	99.9568	0.191
1.903-1.969	0.239	223	0.227	4233	0.227	4461	0.963	0.967	99.8879	0.193
1.969-2.043	0.23	229	0.204	4130	0.206	4364	0.967	0.973	99.8854	0.179
2.043-2.126	0.208	215	0.198	3943	0.199	4162	0.974	0.975	99.9039	0.173
2.126-2.22	0.212	220	0.181	3813	0.183	4037	0.97	0.979	99.9009	0.162
2.22-2.327	0.201	190	0.189	3642	0.19	3835	0.974	0.978	99.9218	0.17
2.327-2.452	0.197	175	0.173	3491	0.175	3667	0.977	0.981	99.9727	0.16
2.452-2.599	0.156	166	0.173	3312	0.172	3479	0.984	0.981	99.9713	0.162
2.599-2.777	0.161	164	0.167	3124	0.166	3292	0.982	0.982	99.8785	0.161
2.777-2.996	0.173	157	0.164	2918	0.164	3077	0.981	0.983	99.935	0.161
2.996-3.278	0.177	138	0.174	2707	0.174	2845	0.982	0.981	100	0.177
3.278-3.657	0.154	102	0.158	2513	0.157	2615	0.986	0.985	100	0.165
3.657-4.208	0.143	107	0.139	2195	0.14	2302	0.985	0.988	100	0.151
4.208-5.119	0.135	107	0.132	1881	0.132	1992	0.989	0.99	99.7992	0.151
5.119-7.098	0.15	60	0.179	1504	0.178	1601	0.989	0.983	97.6889	0.2
7.098-25.511	0.142	50	0.149	883	0.149	1015	0.989	0.986	91.9212	0.176

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