PDB-8wwg: The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocyste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wwg

タイトル

The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocysteinase Lpg2021 complex with NAD

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Legionella pneumophila / SAH hydrolase

機能・相同性

NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / :

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.921 Å

データ登録者

Gao, Y.S. / Xie, R. / Chen, Y.N.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for substrate recognition by a S-adenosylhomocysteine hydrolase Lpg2021 from Legionella pneumophila.
著者: Gao, Y. / Xie, R. / Chen, Y. / Yang, B. / Wang, M. / Hua, L. / Wang, X. / Wang, W. / Wang, N. / Ge, H. / Ma, J.

履歴

登録	2023年10月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wwg.cif.gz	108.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wwg.ent.gz	78.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wwg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/8wwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/8wwg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wz6C 8wz7C 8wz8C 8wz9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

49.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.467, 130.467, 115.523
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/3 #3: y,-x+y,z+2/3 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+2/3 #11: -x+y,y,-z #12: x,x-y,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-779- HOH

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase 分子量: 48372.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: ahcY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6F4T2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月14日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.921→42.805 Å / Num. obs: 1710554 / % possible obs: 99.45 % / 冗長度: 38.4 % / B_iso Wilson estimate: 38.7 Å² / CC_1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 56.33
反射シェル	解像度: 1.921→1.99 Å / Num. unique obs: 44433 / CC_1/2: 0.802

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PHENIX	1.13	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000	7.21	データ削減
PHASER	2.7.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.921→42.705 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2204	2193	4.932 %
R_work	0.2095	42276	-
all	0.21	-	-
obs	-	44469	99.595 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.573 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.005 Å²	-0.003 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.005 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.017 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.921→42.705 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3306	0	49	287	3642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.404	1.652	4650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.684	1.58	7481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.517	5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.377	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.27	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.789	10	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.789	10	150
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4011
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	700
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	3078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.015	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.149	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.797	4.239	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.795	4.239	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.414	7.579	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.414	7.578	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.782	4.557	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.78	4.556	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.51	8.21	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.508	8.209	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.387	43.589	3988
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.387	43.584	3989

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.921-1.971	0.287	151	0.278	2995	0.279	3240	0.939	0.94	97.0988	0.229
1.971-2.025	0.292	164	0.256	2984	0.258	3148	0.944	0.951	100	0.211
2.025-2.083	0.265	146	0.247	2921	0.248	3067	0.957	0.957	100	0.204
2.083-2.147	0.275	145	0.224	2846	0.227	2992	0.953	0.966	99.9666	0.187
2.147-2.218	0.233	141	0.21	2755	0.211	2896	0.964	0.971	100	0.177
2.218-2.295	0.241	149	0.211	2669	0.212	2818	0.966	0.971	100	0.18
2.295-2.381	0.222	127	0.203	2587	0.203	2714	0.967	0.974	100	0.175
2.381-2.478	0.25	122	0.196	2482	0.198	2604	0.965	0.976	100	0.176
2.478-2.588	0.29	121	0.202	2403	0.206	2524	0.947	0.975	100	0.18
2.588-2.714	0.228	126	0.203	2290	0.205	2416	0.967	0.973	100	0.186
2.714-2.86	0.244	126	0.204	2177	0.206	2303	0.962	0.973	100	0.19
2.86-3.033	0.219	101	0.2	2081	0.201	2182	0.971	0.974	100	0.189
3.033-3.241	0.218	90	0.212	1965	0.213	2056	0.965	0.971	99.9514	0.206
3.241-3.499	0.224	96	0.2	1834	0.201	1930	0.97	0.973	100	0.199
3.499-3.831	0.163	88	0.181	1695	0.18	1783	0.982	0.978	100	0.183
3.831-4.278	0.186	80	0.164	1554	0.165	1634	0.978	0.982	100	0.176
4.278-4.932	0.158	90	0.187	1358	0.186	1448	0.984	0.972	100	0.203
4.932-6.02	0.211	51	0.253	1202	0.251	1256	0.969	0.951	99.7611	0.273
6.02-8.431	0.253	53	0.264	942	0.263	1002	0.957	0.952	99.3014	0.277
8.431-42.705	0.329	26	0.262	536	0.265	629	0.949	0.952	89.3482	0.281

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)