PDB-8wz8: The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocyste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wz8

タイトル

The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocysteinase Lpg2021(T67A,Q69A) complex with NAD

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Legionella pneumophila / SAH hydrolase

機能・相同性

NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / :

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.583 Å

データ登録者

Gao, Y.S. / Xie, R. / Chen, Y.N. / Ma, J.M. / Ge, H.H.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for substrate recognition by a S-adenosylhomocysteine hydrolase Lpg2021 from Legionella pneumophila.
著者: Gao, Y. / Xie, R. / Chen, Y. / Yang, B. / Wang, M. / Hua, L. / Wang, X. / Wang, W. / Wang, N. / Ge, H. / Ma, J.

履歴

登録	2023年11月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wz8.cif.gz	105.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wz8.ent.gz	75.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wz8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wz8_validation.pdf.gz	770.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wz8_full_validation.pdf.gz	777.3 KB	表示
XML形式データ	8wz8_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	8wz8_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/8wz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/8wz8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wwgC 8wz6C 8wz7C 8wz9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

49 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.600, 131.600, 115.886
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-646- HOH
2	1	A-717- HOH

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase 分子量: 48285.000 Da / 分子数: 1 / 変異: T67A,Q69A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: ahcY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6F4T2
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.02 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月16日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.583→50 Å / Num. obs: 19107 / % possible obs: 97.64 % / 冗長度: 38.31 % / B_iso Wilson estimate: 38.31 Å² / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 22.76
反射シェル	解像度: 2.583→2.68 Å / Num. unique obs: 18631 / CC_1/2: 0.938

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PHENIX	1.13	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000	7.21	データ削減
PHASER	2.7	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Q5ZTY7

解像度: 2.583→43.524 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.56 / ESU R Free: 0.319 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2716	969	5.192 %
R_work	0.2215	17696	-
all	0.224	-	-
obs	-	18665	97.631 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.277 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.201 Å²	-0.101 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.201 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.652 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.583→43.524 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3300	0	49	122	3471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3249
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.643	4642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.73	1.573	7473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.434	5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.747	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.339	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.59	10	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.723	10	149
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3966
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	751
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	774
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.232	0.2	3317
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.118	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.101	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.043	4.845	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.041	4.845	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.182	8.673	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.181	8.672	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.872	5.047	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.871	5.047	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.384	9.142	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.382	9.141	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.066	48.132	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.062	47.935	3941

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.583-2.65	0.455	63	0.279	1128	0.287	1361	0.888	0.951	87.5092	0.238
2.65-2.722	0.342	81	0.262	1205	0.267	1349	0.932	0.955	95.3299	0.226
2.722-2.801	0.443	67	0.276	1217	0.284	1304	0.884	0.949	98.4663	0.232
2.801-2.887	0.299	69	0.264	1183	0.266	1265	0.936	0.954	98.9723	0.221
2.887-2.981	0.342	65	0.263	1164	0.267	1240	0.917	0.956	99.1129	0.223
2.981-3.085	0.254	66	0.236	1112	0.237	1193	0.956	0.964	98.7427	0.205
3.085-3.201	0.282	57	0.255	1087	0.257	1162	0.952	0.959	98.4509	0.225
3.201-3.331	0.272	47	0.233	1051	0.235	1113	0.948	0.965	98.6523	0.216
3.331-3.478	0.332	55	0.211	991	0.217	1069	0.931	0.971	97.8485	0.193
3.478-3.647	0.294	48	0.213	963	0.216	1043	0.947	0.971	96.9319	0.199
3.647-3.842	0.256	36	0.217	914	0.219	977	0.947	0.969	97.2364	0.213
3.842-4.074	0.24	51	0.186	872	0.189	942	0.965	0.977	97.983	0.192
4.074-4.352	0.188	50	0.179	817	0.18	877	0.976	0.981	98.8597	0.192
4.352-4.697	0.197	45	0.181	786	0.182	834	0.974	0.982	99.6403	0.207
4.697-5.139	0.219	42	0.186	722	0.188	765	0.97	0.978	99.8693	0.21
5.139-5.736	0.249	33	0.192	676	0.195	709	0.961	0.976	100	0.222
5.736-6.604	0.353	32	0.212	593	0.219	625	0.919	0.969	100	0.24
6.604-8.042	0.154	26	0.2	521	0.197	547	0.989	0.972	100	0.234
8.042-11.184	0.31	22	0.182	421	0.187	445	0.957	0.985	99.5506	0.207
11.184-43.524	0.346	14	0.423	273	0.419	291	0.898	0.857	98.6254	0.59

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