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- PDB-8wz8: The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocyste... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8wz8 | |||||||||
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Title | The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocysteinase Lpg2021(T67A,Q69A) complex with NAD | |||||||||
![]() | Adenosylhomocysteinase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Legionella pneumophila / SAH hydrolase | |||||||||
Function / homology | NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / : ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gao, Y.S. / Xie, R. / Chen, Y.N. / Ma, J.M. / Ge, H.H. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for substrate recognition by a S-adenosylhomocysteine hydrolase Lpg2021 from Legionella pneumophila. Authors: Gao, Y. / Xie, R. / Chen, Y. / Yang, B. / Wang, M. / Hua, L. / Wang, X. / Wang, W. / Wang, N. / Ge, H. / Ma, J. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 105.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 75.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 770.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 777.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8wwgC ![]() 8wz6C ![]() 8wz7C ![]() 8wz9C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 48285.000 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: T67A,Q69A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-NAD / |
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 2.0 M Ammonium sulfate 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 16, 2023 |
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.583→50 Å / Num. obs: 19107 / % possible obs: 97.64 % / Redundancy: 38.31 % / Biso Wilson estimate: 38.31 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 22.76 |
Reflection shell | Resolution: 2.583→2.68 Å / Num. unique obs: 18631 / CC1/2: 0.938 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Q5ZTY7 Resolution: 2.583→43.524 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.56 / ESU R Free: 0.319 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.277 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.583→43.524 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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