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万見
- PDB-8wjf: Unlocking Immunogenic Potential: Innovating a Peptide/Ferritin Fu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wjf
タイトルUnlocking Immunogenic Potential: Innovating a Peptide/Ferritin Fusion Tag Nano-Delivery Platform from de novo design to Significantly Enhance Antigenicity of the Rabies Virus Glycoprotein Domain III
要素Peptide 10,Ferritin heavy chain
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Nano-delivery platform / De novo Design / Ferritin / Rabies virus Glycoprotein domain III (RABV-GDIII) / GDIII-Ferritin Nano-vaccine / stabilized / Strong immune response
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation / autophagosome / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Fu, D. / Wang, M. / Guo, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFE0200400 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unlocking Immunogenic Potential: Innovating a Peptide/Ferritin Fusion Tag Nano-Delivery Platform from de novo design to Significantly Enhance Antigenicity of the Rabies Virus Glycoprotein Domain III
著者: Fu, D. / Wang, M. / Guo, Y.
履歴
登録2023年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide 10,Ferritin heavy chain
B: Peptide 10,Ferritin heavy chain
C: Peptide 10,Ferritin heavy chain
D: Peptide 10,Ferritin heavy chain
E: Peptide 10,Ferritin heavy chain
F: Peptide 10,Ferritin heavy chain
G: Peptide 10,Ferritin heavy chain
H: Peptide 10,Ferritin heavy chain
I: Peptide 10,Ferritin heavy chain
J: Peptide 10,Ferritin heavy chain
K: Peptide 10,Ferritin heavy chain
L: Peptide 10,Ferritin heavy chain
M: Peptide 10,Ferritin heavy chain
N: Peptide 10,Ferritin heavy chain
O: Peptide 10,Ferritin heavy chain
P: Peptide 10,Ferritin heavy chain
Q: Peptide 10,Ferritin heavy chain
R: Peptide 10,Ferritin heavy chain
S: Peptide 10,Ferritin heavy chain
T: Peptide 10,Ferritin heavy chain
U: Peptide 10,Ferritin heavy chain
V: Peptide 10,Ferritin heavy chain
W: Peptide 10,Ferritin heavy chain
X: Peptide 10,Ferritin heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)566,16424
ポリマ－566,16424
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Peptide 10,Ferritin heavy chain


分子量: 23590.146 Da / 分子数: 24 / 変異: K87Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1-16 : peptide 17-23 : linker / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Colibacter (バクテリア) / 参照: UniProt: P02794

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Macromolecule: FTH1 Ligand: Peptide / タイプ: COMPLEX
詳細: The structure of a complex comprising a 24-mer ferritin nanocage and 24 Peptides
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.9 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Colibacter (バクテリア)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 250mM NaCl, 50mM Tris-HCL, pH 8.0
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1250 mmol/Lsodium chlorideNaCl1
250 mmol/LTrishydroxymethylaminomeTris1
試料濃度: 1.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 0.001 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 1393

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv4.0.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCv4.0.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.6.1.0モデルフィッティング
9cryoSPARCv4.0.1初期オイラー角割当
10cryoSPARCv4.0.1最終オイラー角割当
11cryoSPARCv4.0.1分類
12cryoSPARCv4.0.1３次元再構成
13PHENIX1.15.2_3472:モデル精密化
CTF補正詳細: CTF amplitude correction was performed following 3D reconstruction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 593434
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 516754 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 88.3 / プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00637849
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59150977
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d2.51422897
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0395376
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0036744

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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