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- PDB-8wie: Peptide 10-1/FTH1-1 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wie
タイトルPeptide 10-1/FTH1-1 Complex
要素Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Nano-delivery platform / De novo Design / Ferritin / Rabies virus Glycoprotein domain III (RABV-GDIII) / GDIII-Ferritin Nano-vaccine / stabilized / Strong immune response
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / autophagosome / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fu, D. / Wang, M. / Guo, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFE0200400 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Self-assembling nanoparticle engineered from the ferritinophagy complex as a rabies virus vaccine candidate.
著者: Dan Fu / Wenming Wang / Yan Zhang / Fan Zhang / Pinyi Yang / Chun Yang / Yufei Tian / Renqi Yao / Jingwu Jian / Zixian Sun / Nan Zhang / Zhiyu Ni / Zihe Rao / Lei Zhao / Yu Guo /
要旨: Over the past decade, there has been a growing interest in ferritin-based vaccines due to their enhanced antigen immunogenicity and favorable safety profiles, with several vaccine candidates ...Over the past decade, there has been a growing interest in ferritin-based vaccines due to their enhanced antigen immunogenicity and favorable safety profiles, with several vaccine candidates targeting various pathogens advancing to phase I clinical trials. Nevertheless, challenges associated with particle heterogeneity, improper assembly and unanticipated immunogenicity due to the bulky protein adaptor have impeded further advancement. To overcome these challenges, we devise a universal ferritin-adaptor delivery platform based on structural insights derived from the natural ferritinophagy complex of the human ferritin heavy chain (FTH1) and the nuclear receptor coactivator 4 (NCOA4). The engineered ferritinophagy (Fagy)-tag peptide demonstrate significantly enhanced binding affinity to the 24-mer ferritin nanoparticle, enabling efficient antigen presentation. Subsequently, we construct a self-assembling rabies virus (RABV) vaccine candidate by noncovalently conjugating the Fagy-tagged glycoprotein domain III (G) of RABV to the ferritin nanoparticle, maintaining superior homogeneity, stability and immunogenicity. This vaccine candidate induces potent, rapid, and durable immune responses, and protects female mice against the authentic RABV challenge after single-dose administration. Furthermore, this universal, ferritin-based antigen conjugating strategy offers significant potential for developing vaccine against diverse pathogens and diseases.
履歴
登録2023年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
C: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
D: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
E: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
F: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
A: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
B: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,8198
ポリマ－137,7236
非ポリマー962
水8,467470
1
C: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
D: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
E: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
F: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
A: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
B: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

C: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
D: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
E: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
F: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
A: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
B: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

C: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
D: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
E: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
F: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
A: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
B: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

C: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
D: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
E: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
F: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
A: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
B: Peptide 10-1,Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)551,27432
ポリマ－550,89124
非ポリマー3848
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
Buried area94040 Å2
ΔGint-366 kcal/mol
Surface area147300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.831, 142.831, 183.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-265-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Peptide 10-1,Ferritin heavy chain


分子量: 22953.783 Da / 分子数: 6 / 変異: Q15R,R23K,N26T,K87Q,N110E,S114E,E117N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1-16 : peptide 17-23 : linker / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Colibacter (バクテリア) / 参照: UniProt: P02794
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.88 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5M Sodium chloride , 15% Ethanol and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 81240 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.854 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 8054 / CC1/2: 0.887 / CC star: 0.97 / Rpim(I) all: 0.267 / Rrim(I) all: 0.896 / Rsym value: 1.048 / Χ2: 0.518

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CEI

2cei


解像度: 2.3→33.67 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 1990 2.45 %
Rwork0.1936 --
obs0.1941 81240 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9287 0 2 470 9759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039467
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53212740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.941216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.24751390.22515595X-RAY DIFFRACTION99
2.36-2.420.2921400.20445659X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.490.27661440.21425681X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.570.23051450.25656X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.660.22171440.21745664X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.770.23631410.20685690X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.90.24211400.20325654X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.050.22811420.19735684X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.240.23111420.1965682X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.490.22561410.19525678X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.840.17261420.17915642X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.390.1921440.17255705X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.530.17461430.18025689X-RAY DIFFRACTION100
5.53-33.670.20391430.20215571X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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