PDB-8web: Crystal structure of Arabidopsis thaliana MIK2 ectodomain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8web

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana MIK2 ectodomain

要素

MDIS1-interacting receptor like kinase 2

キーワード

PLANT PROTEIN / LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

indole glucosinolate biosynthetic process / positive regulation of defense response / pollen tube / pollen tube guidance / response to herbivore / defense response to insect / peptide receptor activity / jasmonic acid biosynthetic process / cellular response to peptide / plasmodesma ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Wan, L.H. / Hu, Y.X. / Wu, H.M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2024
タイトル: Mechanistic study of SCOOPs recognition by MIK2-BAK1 complex reveals the role of N-glycans in plant ligand-receptor-coreceptor complex formation.
著者: Wu, H. / Wan, L. / Liu, Z. / Jian, Y. / Zhang, C. / Mao, X. / Wang, Z. / Wang, Q. / Hu, Y. / Xiong, L. / Xia, Z. / Xue, J. / Li, S. / He, P. / Shan, L. / Xu, S.

履歴

登録	2023年9月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8web.cif.gz	284.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8web.ent.gz	227 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8web.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8web_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8web_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	8web_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	8web_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/8web ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/8web	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wecC 8wedC 8weeC 8wefC 8wegC 8wehC 8weiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (8) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (6) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (8)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (6)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)

登録構造単位

A: MDIS1-interacting receptor like kinase 2

ヘテロ分子

82.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.127, 107.889, 164.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

MDIS1-interacting receptor like kinase 2 / AtMIK2 / Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g08850

分子量: 78853.930 Da / 分子数: 1 / 変異: L137E/D164K/S564F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MIK2, At4g08850, T32A17.160 / プラスミド: pFastBac1
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8VZG8, non-specific serine/threonine protein kinase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.77 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.4 詳細: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 7.4 and 18% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 81379 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 32.9
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique obs: 6952 / CC_1/2: 0.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→35.13 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	3954	4.94 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.1725	80038	98.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5009	0	238	662	5909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.268
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.13	2006
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	887
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	930

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.3002	91	0.2667	1876	X-RAY DIFFRACTION	69
1.97-2	0.2582	140	0.2354	2564	X-RAY DIFFRACTION	94
2-2.02	0.2451	131	0.2156	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.02-2.05	0.267	143	0.201	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.08	0.2255	148	0.1989	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.1943	131	0.1822	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.15	0.2308	149	0.1751	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.2264	140	0.1793	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2141	147	0.1893	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.26	0.2441	141	0.1759	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.3	0.2362	138	0.1802	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.35	0.2337	137	0.1736	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.4	0.2187	131	0.1573	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.46	0.1909	150	0.1548	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.52	0.1798	167	0.156	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.59	0.1808	135	0.1542	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.66	0.1878	135	0.1546	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.75	0.2012	147	0.1601	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.85	0.2002	135	0.1658	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.96	0.2151	131	0.172	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.09	0.1907	140	0.1856	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.26	0.2573	157	0.185	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.46	0.229	157	0.1867	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.73	0.189	144	0.1689	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-4.1	0.1509	155	0.1453	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.7	0.1594	141	0.1222	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7-5.91	0.1703	146	0.1612	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
5.91-35.13	0.1904	147	0.2025	2973	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0867	1.0719	-0.2174	2.9077	-1.078	1.7023	0.1387	-0.0383	-0.0473	0.0488	-0.0582	0.1181	0.0185	-0.0059	-0.0741	0.1788	0.0202	0.0034	0.1345	-0.0324	0.0967	23.0156	-23.9692	26.714
2	0.4656	0.3253	-0.2826	0.8501	-0.8765	2.2376	0.0499	-0.0411	0.0003	0.1283	-0.0843	-0.0404	-0.0204	0.2646	0.0306	0.1183	0.0128	0.0353	0.1615	0.0029	0.1414	38.8889	0.8	-1.691
3	3.4612	-0.9098	1.5785	1.7415	-0.3121	1.4159	0.0548	0.1546	-0.1959	-0.1764	0.0097	0.0209	0.173	0.1041	-0.0582	0.1394	-0.0211	0.0388	0.1466	0.0094	0.1418	22.8961	3.8566	-26.6643
4	3.4019	-0.3266	-1.2392	2.0161	-0.1341	1.708	0.1519	-0.1242	0.2106	0.0051	0.0091	0.2958	-0.1742	-0.0921	-0.1345	0.1236	-0.0524	-0.0209	0.167	0.0303	0.159	-3.1871	18.6817	-24.4633

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 47 through 244 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 245 through 427 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 428 through 512 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 513 through 696 )

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