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Yorodumi- PDB-8wed: Crystal structure of Arabidopsis thaliana MIK2 ectodomain in comp... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8wed | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Arabidopsis thaliana MIK2 ectodomain in complex with BAK1 ectodomain and Fusarium oxysporum SCOOPL | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationindole glucosinolate biosynthetic process / positive regulation of defense response / pollen tube / pollen tube guidance / response to herbivore / defense response to insect / peptide receptor activity / jasmonic acid biosynthetic process / cellular response to peptide / plasmodesma ...indole glucosinolate biosynthetic process / positive regulation of defense response / pollen tube / pollen tube guidance / response to herbivore / defense response to insect / peptide receptor activity / jasmonic acid biosynthetic process / cellular response to peptide / plasmodesma / receptor serine/threonine kinase binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / peptide binding / response to molecule of bacterial origin / defense response / receptor protein-tyrosine kinase / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Fusarium oxysporum f. sp. pisi HDV247 (fungus) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.3 Å | ||||||
Authors | Wan, L.H. / Hu, Y.X. / Wu, H.M. | ||||||
| Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Nat.Plants / Year: 2024Title: Mechanistic study of SCOOPs recognition by MIK2-BAK1 complex reveals the role of N-glycans in plant ligand-receptor-coreceptor complex formation. Authors: Wu, H. / Wan, L. / Liu, Z. / Jian, Y. / Zhang, C. / Mao, X. / Wang, Z. / Wang, Q. / Hu, Y. / Xiong, L. / Xia, Z. / Xue, J. / Li, S. / He, P. / Shan, L. / Xu, S. | ||||||
| History |
|
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8wed.cif.gz | 657 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8wed.ent.gz | 545.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8wed.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8wed_validation.pdf.gz | 6.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8wed_full_validation.pdf.gz | 6.8 MB | Display | |
| Data in XML | 8wed_validation.xml.gz | 65.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 8wed_validation.cif.gz | 83.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/8wed ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/8wed | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8webC ![]() 8wecC ![]() 8weeC ![]() 8wefC ![]() 8wegC ![]() 8wehC ![]() 8weiC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
-
Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ADBE
| #1: Protein | Mass: 75533.305 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L137E/D164K/S564F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q8VZG8, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Protein | Mass: 25183.758 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q94F62, receptor protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase |
|---|
-Protein/peptide , 1 types, 2 molecules CF
| #3: Protein/peptide | Mass: 1349.348 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Fusarium oxysporum f. sp. pisi HDV247 (fungus) |
|---|
-Sugars , 7 types, 24 molecules 
| #4: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Type: oligosaccharide / Mass: 716.682 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #5: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: Polysaccharide | #8: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #9: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #10: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.33 Å3/Da / Density % sol: 71.62 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: evaporation / pH: 5.9 / Details: 0.1 M MES pH 5.9, 22% PEG200, 7% PEG 3000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97853 Å |
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 10, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.3→50 Å / Num. obs: 54443 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.8 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 16.1 |
| Reflection shell | Resolution: 3.3→3.42 Å / Num. unique obs: 1888 / CC1/2: 0.54 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.3→36.34 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.25 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→36.34 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Fusarium oxysporum f. sp. pisi HDV247 (fungus)
X-RAY DIFFRACTION
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