PDB-8vzr: Crystal structure of dehaloperoxidase A in complex with substrate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vzr

タイトル

Crystal structure of dehaloperoxidase A in complex with substrate 4-bromo-o-cresol

要素

Dehaloperoxidase A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxidsase / peroxygenase / oxidase / oxygenase / globin / heme cofactor / oxygen binding / hydrogen preoxide cosubstrate / halophenol binding / substrate

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Aktar, M.S. / de Serrano, V.S. / Ghiladi, R.A. / Franzen, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Structural Comparison of Substrate Binding Sites in Dehaloperoxidase A and B.
著者: Aktar, M.S. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A. / Franzen, S.

履歴

登録	2024年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vzr.cif.gz	201 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vzr.ent.gz	123.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vzr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vzr_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vzr_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8vzr_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	8vzr_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vkcC 8vkdC 8vskC 2qfkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (3) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (2) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (3)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (2)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (2)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase A

B: Dehaloperoxidase A

ヘテロ分子

33.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.404, 67.756, 68.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase A 分子量: 15548.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV8

-
非ポリマー , 8種, 196分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MWJ / 4-bromo-2-methylphenol / 2-メチル-4-ブロモフェノ-ル分子量: 187.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇BrO
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPEG2000, ammonium sulfate, sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→37.14 Å / Num. obs: 33787 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 9.3 % / CC_1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 30.8
反射シェル	解像度: 1.64→1.682 Å / Num. unique obs: 2361 / CC_1/2: 0.712

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2QFK

2qfk

解像度: 1.64→37.136 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 4.841 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2044	1678	4.966 %
R_work	0.1559	32109	-
all	0.158	-	-
obs	-	33787	99.787 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.435 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.035 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→37.136 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2180	0	175	180	2535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.649	1.709	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.614	1.619	6031
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.358	5	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.581	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.336	10	499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.753	10	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	746
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.325	0.2	828
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.24	0.2	2318
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.117	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.325	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.339	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.96	1.741	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.958	1.741	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.196	3.131	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.196	3.132	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.095	2.131	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.092	2.135	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.384	3.751	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.382	3.754	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.058	27.636	3706
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.034	27.169	3678
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.845	3	5472

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.64-1.682	0.321	112	0.286	2361	0.287	2476	0.942	0.959	99.8788	0.269
1.682-1.728	0.313	120	0.23	2286	0.234	2406	0.944	0.969	100	0.197
1.728-1.778	0.224	86	0.175	2240	0.177	2327	0.967	0.981	99.957	0.14
1.778-1.833	0.224	123	0.144	2153	0.148	2276	0.969	0.986	100	0.116
1.833-1.893	0.218	120	0.126	2072	0.131	2192	0.972	0.989	100	0.1
1.893-1.959	0.171	132	0.129	2011	0.132	2143	0.979	0.989	100	0.106
1.959-2.033	0.184	103	0.129	1946	0.132	2049	0.981	0.989	100	0.109
2.033-2.116	0.191	103	0.126	1888	0.13	1991	0.978	0.99	100	0.109
2.116-2.21	0.179	113	0.131	1795	0.134	1908	0.981	0.99	100	0.117
2.21-2.317	0.183	103	0.128	1718	0.131	1821	0.981	0.99	100	0.114
2.317-2.442	0.178	87	0.126	1665	0.128	1752	0.98	0.99	100	0.115
2.442-2.589	0.163	82	0.122	1564	0.124	1646	0.984	0.991	100	0.114
2.589-2.767	0.189	82	0.141	1482	0.144	1564	0.978	0.987	100	0.134
2.767-2.987	0.178	53	0.145	1413	0.146	1466	0.983	0.986	100	0.143
2.987-3.27	0.184	74	0.156	1271	0.158	1347	0.978	0.984	99.8515	0.159
3.27-3.653	0.225	62	0.153	1160	0.156	1226	0.966	0.986	99.6737	0.16
3.653-4.211	0.217	34	0.159	1064	0.16	1105	0.967	0.984	99.3665	0.174
4.211-5.141	0.206	43	0.161	883	0.163	936	0.978	0.985	98.9316	0.188
5.141-7.202	0.242	25	0.234	713	0.234	752	0.968	0.973	98.1383	0.269
7.202-37.136	0.352	21	0.265	424	0.268	464	0.899	0.959	95.9052	0.348

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