PDB-8vkd: Crystal structure of dehaloperoxidase A in complex with substrate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vkd

タイトル

Crystal structure of dehaloperoxidase A in complex with substrate 4-nitrocatechol

要素

Dehaloperoxidase A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxidase / peroxigenase / oxidase / oxigenase / globin / heme cofactor / oxygen binding / hydrogenase co-substrate / halophenol substrates

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Aktar, M.S. / de Serrano, V.S. / Ghiladi, R.A. / Franzen, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Structural Comparison of Substrate Binding Sites in Dehaloperoxidase A and B.
著者: Aktar, M.S. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A. / Franzen, S.

履歴

登録	2024年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年12月25日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / struct_conn / struct_conn_type Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vkd.cif.gz	148.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vkd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vkd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vkd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vkcC 8vskC 8vzrC 2qfkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Dehaloperoxidase A

BBB: Dehaloperoxidase A

ヘテロ分子

33.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Dehaloperoxidase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Dehaloperoxidase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.359, 68.036, 68.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase A 分子量: 15548.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV8

-
非ポリマー , 7種, 214分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-4NC / 4-NITROCATECHOL 分子量: 155.108 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₄
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulfate, sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2023年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→44.411 Å / Num. obs: 51376 / % possible obs: 94.65 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 27.5
反射シェル	解像度: 1.4→1.436 Å / Num. unique obs: 2425 / CC_1/2: 0.873

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2QFK

2qfk

解像度: 1.4→44.411 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 3.319 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2008	2581	5.024 %
R_work	0.1658	48795	-
all	0.168	-	-
obs	-	51376	94.65 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.537 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.185 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.064 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.121 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→44.411 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2183	0	153	202	2538

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2867
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.015	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.998	1.702	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.662	1.628	6009
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.715	5	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.398	22.469	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.673	15	509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.611	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	742
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.317	0.2	790
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	2270
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.114	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.271	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.248	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.356	1.332	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.353	1.332	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.668	2.015	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.668	2.015	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.139	1.674	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.142	1.668	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.568	2.38	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.563	2.367	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.917	16.804	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.748	16.566	3523
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.484	3	5463

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.436	0.363	138	0.295	2425	X-RAY DIFFRACTION	65.0343
1.436-1.475	0.301	169	0.23	3046	X-RAY DIFFRACTION	83.3117
1.475-1.518	0.28	165	0.201	3228	X-RAY DIFFRACTION	89.9046
1.518-1.565	0.213	165	0.197	3219	X-RAY DIFFRACTION	93.2231
1.565-1.616	0.204	170	0.176	3225	X-RAY DIFFRACTION	95.7417
1.616-1.673	0.217	205	0.169	3194	X-RAY DIFFRACTION	98.8369
1.673-1.736	0.194	154	0.16	3163	X-RAY DIFFRACTION	99.9699
1.736-1.807	0.197	146	0.151	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.8429
1.807-1.887	0.174	168	0.15	2916	X-RAY DIFFRACTION	99.9676
1.887-1.979	0.177	150	0.144	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.8978
1.979-2.086	0.182	130	0.141	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.929
2.086-2.212	0.169	101	0.141	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.8866
2.212-2.364	0.154	162	0.133	2339	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.364-2.553	0.176	111	0.138	2230	X-RAY DIFFRACTION	99.9573
2.553-2.796	0.166	95	0.148	2057	X-RAY DIFFRACTION	99.9536
2.796-3.125	0.198	101	0.152	1864	X-RAY DIFFRACTION	99.9491
3.125-3.606	0.196	84	0.163	1668	X-RAY DIFFRACTION	99.7722
3.606-4.41	0.203	98	0.161	1383	X-RAY DIFFRACTION	99.7978
4.41-6.21	0.283	50	0.217	1139	X-RAY DIFFRACTION	99.6647
6.21-44.411	0.308	19	0.288	659	X-RAY DIFFRACTION	95.2247

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