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- PDB-2qfk: X-ray Crystal Structure Analysis of the Binding Site in the Ferri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qfk
タイトルX-ray Crystal Structure Analysis of the Binding Site in the Ferric and Oxyferrous Forms of the Recombinant Heme Dehaloperoxidase Cloned from Amphitrite ornata
要素Dehaloperoxidase A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / crystal structure of dehaloperoxidase / DHP / globin / heme protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / AMMONIUM ION / Dehaloperoxidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Amphitrite ornata (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者de Serrano, V.S. / Chen, Z. / Davis, M.F. / Franzen, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: X-ray crystal structural analysis of the binding site in the ferric and oxyferrous forms of the recombinant heme dehaloperoxidase cloned from Amphitrite ornata
著者: de Serrano, V.S. / Chen, Z. / Davis, M.F. / Franzen, S.
履歴
登録2007年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehaloperoxidase A
B: Dehaloperoxidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,67210
ポリマ－31,0972
非ポリマー1,5758
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Dehaloperoxidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2975
ポリマ－15,5491
非ポリマー7494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Dehaloperoxidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3755
ポリマ－15,5491
非ポリマー8274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.686, 67.572, 67.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dehaloperoxidase A


分子量: 15548.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 遺伝子: dhpA / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9NAV8
#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION


分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 26-32% PEG 4000,0.2M ammonium sulfate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月20日 / 詳細: Osmic optics
放射モノクロメーター: OSMIC CONFOCAL BLUE OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→25.62 Å / Num. obs: 36016 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / % possible all: 98.8

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å14.8 Å
Translation3 Å14.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.62→25.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.619 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23947 1795 5 %RANDOM
Rwork0.19146 ---
obs0.19389 34161 99.88 %-
all-36001 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.646 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→25.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2397 0 104 272 2773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222586
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2542.0593553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3715338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.6924.615130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.43315478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.8871517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21343
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21799
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0191.51531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5522422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.13231191
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5534.51097
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.02332722
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.0513275
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.93632498
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 108 -
Rwork0.262 2461 -
obs--98.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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