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- PDB-8vwm: A structural study of selectivity mechanisms for JNK3 and p38 alp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vwm
タイトルA structural study of selectivity mechanisms for JNK3 and p38 alpha with indazole scaffold probing compounds
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / C-Jun terminal kinase 3 / JNK3 / p38 alpha / Kinase / selectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / NLRP1 inflammasome complex assembly / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 ...p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / NLRP1 inflammasome complex assembly / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / stress-activated protein kinase signaling cascade / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / NFAT protein binding / positive regulation of myotube differentiation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / fatty acid oxidation / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / pyroptotic inflammatory response / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / chondrocyte differentiation / positive regulation of myoblast differentiation / negative regulation of hippo signaling / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / skeletal muscle tissue development / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of interleukin-12 production / striated muscle cell differentiation / Neutrophil degranulation / positive regulation of erythrocyte differentiation / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import across plasma membrane / cellular response to ionizing radiation / protein maturation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to virus / positive regulation of protein import into nucleus / response to insulin / bone development / cellular response to tumor necrosis factor / glucose metabolic process / cell morphogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / spindle pole / kinase activity / osteoblast differentiation / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / protein phosphatase binding / response to lipopolysaccharide / protein kinase activity / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Park, H. / Feng, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A structural study of selectivity mechanisms for JNK3 and p38 alpha with indazole scaffold probing compounds
著者: Park, H. / Feng, Y.
履歴
登録2024年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2934
ポリマ－42,2381
非ポリマー1,0553
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.120, 70.780, 77.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 42238.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-WHE / (4P)-4-{6-[(azetidin-1-yl)methyl]-5-(2-chloro-6-fluoroanilino)-1H-indazol-1-yl}-N-methylthiophene-2-carboxamide


分子量: 469.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21ClFN5OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, Na cacodylate, n-octyl-b-D-glucoside (b-OG)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.995 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→40.8 Å / Num. obs: 27450 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 19.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Num. unique obs: 1796 / CC1/2: 0.904

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→38.52 Å / SU ML: 0.2041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.8638
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 1243 4.56 %
Rwork0.1749 25997 -
obs0.1769 27240 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→38.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2811 0 72 345 3228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00762952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91464004
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0598446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.43751095
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-2.020.29041520.22242719X-RAY DIFFRACTION95.7
2.02-2.110.25581300.17192849X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.220.20881460.16632858X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.360.20861520.17132872X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.540.27091300.17912868X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.80.2381150.18252895X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.20.22061300.18122926X-RAY DIFFRACTION100
3.2-4.040.20051560.16162930X-RAY DIFFRACTION100
4.04-38.520.20241320.17273080X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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