PDB-8vs0: A structural study of selectivity mechanisms for JNK3 and p38 alp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vs0

タイトル

A structural study of selectivity mechanisms for JNK3 and p38 alpha with indazole scaffold probing compounds

要素

Mitogen-activated protein kinase 10

キーワード

TRANSFERASE / C-Jun terminal kinase 3 / JNK3 / p38 alpha / Kinase / selectivity

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Park, H. / Feng, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A structural study of selectivity mechanisms for JNK3 and p38 alpha with indazole scaffold probing compounds
著者: Park, H. / Feng, Y.

履歴

登録	2024年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vs0.cif.gz	187.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vs0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vs0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/8vs0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/8vs0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8efjC 8vmhC 8vmmC 8vnxC 8vo4C 8vt6C 8vtfC 8vwmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase 10

ヘテロ分子

53.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.460, 71.330, 107.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated ...MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3 分子量: 52649.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10, SAPK1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1ACT / (4P)-4-[6-fluoro-5-(2-methoxyanilino)-1H-indazol-1-yl]-5-methyl-N-(oxetan-3-yl)thiophene-2-carboxamide 分子量: 452.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₁FN₄O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / Density meas: 35.38 Mg/m³ / 溶媒含有率: 35.08 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M ammonium tartrate pH 7.2, 18 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→43.01 Å / Num. obs: 15534 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 45.99 Å² / CC_1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.46→2.56 Å / Num. unique obs: 1717 / CC_1/2: 0.963

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.46→42.78 Å / SU ML: 0.2528 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.9217
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2504	1199	7.77 %
R_work	0.1932	14231	-
obs	0.1976	15430	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→42.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2800	0	32	34	2866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	2900
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.736	3929
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0446	430
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	499
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2099	380

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.56	0.251	130	0.2053	1542	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.56-2.67	0.2664	131	0.2108	1562	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.68-2.82	0.2873	130	0.2105	1540	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.82-2.99	0.3185	132	0.237	1572	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.99-3.22	0.3055	132	0.2324	1554	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.22-3.55	0.2338	133	0.2115	1587	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.55-4.06	0.2383	133	0.181	1572	X-RAY DIFFRACTION	98.55
4.06-5.11	0.2538	135	0.1658	1612	X-RAY DIFFRACTION	99.54
5.12-42.78	0.2187	143	0.1839	1690	X-RAY DIFFRACTION	98.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.02743902862	-1.09446404173	0.107952963072	1.62765967947	1.30103269888	2.36465508964	-0.209046198612	0.0886868872005	-0.162520930052	-0.101544422609	-0.675653655594	0.690752538015	0.228188590304	-0.863245671629	0.57332275725	0.549108635953	0.0148994925583	0.0801629047123	0.637784131614	-0.181191927994	0.627119149822	8.47842003362	23.2150867825	36.1073563018
2	5.28078670726	-0.383001619911	-0.891858657899	4.42262901213	1.97150640784	4.81845045826	0.0984492811371	-0.00461179629358	0.375924373153	1.07014636077	0.0317705708189	-0.506590008512	0.167733015841	0.383129135738	0.11480677385	0.510007805004	-0.0124244563908	-0.0591997302032	0.423906091254	0.0286217031393	0.397568591287	25.99674795	10.16069168	45.8362648079
3	0.984052978535	-0.550993865858	0.270356981821	2.52856353045	0.953392548434	3.35379597659	-0.000969886213418	0.0451984651371	-0.068589460872	0.213305792273	-0.186439406413	0.385694838309	0.205810057233	-0.111888620317	0.148325622352	0.194392303097	-0.0709701896561	0.0728783634929	0.313509020423	-0.0130031195844	0.370954730103	16.418097657	12.4180345464	31.8521482311
4	1.94600672686	2.80225494152	-0.116464877653	5.41048595867	-0.247396229341	1.42467023876	0.440602702117	0.154675530539	0.537006392144	0.894054715979	0.0391059930011	0.0725362729469	-0.672851039263	0.148487195321	0.042596546247	0.481381062129	-0.111683450069	0.0613787954937	0.426084870604	-0.0551192785553	0.57497985976	22.4836294537	21.7697492083	27.6456075741
5	1.26409633416	0.832826046176	0.596196138481	6.05610536163	1.06673591207	1.44732675475	0.00152662799445	0.0215184857439	0.109286055579	-0.927778030247	-0.074709132086	0.140925375928	-0.339935685421	-0.0267198906922	0.010454180896	0.513153488172	0.058725121527	-0.0960414492562	0.416039490132	0.00562665625221	0.380646633165	17.4993647819	16.7871588721	6.5407386127

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 363 through 400 )	363 - 400	314 - 346
2	2	chain 'A' and (resid 45 through 76 )	45 - 76	1 - 32
3	3	chain 'A' and (resid 77 through 202 )	77 - 202	33 - 158
4	4	chain 'A' and (resid 203 through 225 )	203 - 225	159 - 176
5	5	chain 'A' and (resid 226 through 362 )	226 - 362	177 - 313

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