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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vvn | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a type I ZorAB complex from Shewanella sp. strain ANA-3 | |||||||||||||||||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / phage defense / zorya / phage / membrane protein complex | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / membrane / MotA/TolQ/ExbB proton channel domain-containing protein / Chemotaxis protein MotB-related protein![]() | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Deme, J.C. / Lea, S.M. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Modularity of Zorya defense systems during phage inhibition. 著者: Giuseppina Mariano / Justin C Deme / Jennifer J Readshaw / Matthew J Grobbelaar / Mackenzie Keenan / Yasmin El-Masri / Lindsay Bamford / Suraj Songra / Tim R Blower / Tracy Palmer / Susan M Lea / ![]() ![]() 要旨: Bacteria have evolved an extraordinary diversity of defense systems against bacteriophage (phage) predation. However, the molecular mechanisms underlying these anti-phage systems often remain elusive. ...Bacteria have evolved an extraordinary diversity of defense systems against bacteriophage (phage) predation. However, the molecular mechanisms underlying these anti-phage systems often remain elusive. Here, we provide mechanistic and structural insights into Zorya phage defense systems. Using cryo-EM structural analyses, we show that the Zorya type I and II core components, ZorA and ZorB, assemble in a 5:2 complex that is similar to inner-membrane ion-driven, rotary motors that power flagellar rotation, type 9 secretion, gliding and the Ton nutrient uptake systems. The ZorAB complex has an elongated cytoplasmic tail assembled by bundling the C-termini of the five ZorA subunits. Mutagenesis demonstrates that peptidoglycan binding by the periplasmic domains of ZorB, the structured cytoplasmic tail of ZorA, and ion flow through the motor is important for function in both type I and II systems. Furthermore, we identify ZorE as the effector module of the Zorya II system, possessing nickase activity. Our work reveals the molecular basis of the activity of Zorya systems and highlights the ZorE nickase as crucial for population-wide immunity in the type II system. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 319.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 243.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 882.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 903.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 73.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 43563MC ![]() 8vviC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32127.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Shewana3_3786 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 77102.953 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Shewana3_3785 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ZorAB complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 587313 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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