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- PDB-8vtf: A structural study of selectivity mechanisms for JNK3 and p38 alp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vtf
タイトルA structural study of selectivity mechanisms for JNK3 and p38 alpha with indazole scaffold probing compounds
要素Mitogen-activated protein kinase 10
キーワードTRANSFERASE / C-Jun terminal kinase 3 / JNK3 / p38 alpha / Kinase / selectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm / cellular senescence / rhythmic process / Oxidative Stress Induced Senescence / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mitogen-activated protein kinase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Park, H. / Feng, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A structural study of selectivity mechanisms for JNK3 and p38 alpha with indazole scaffold probing compounds
著者: Park, H. / Feng, Y.
履歴
登録2024年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0882
ポリマ－52,6491
非ポリマー4381
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.762, 71.242, 107.769
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 10 / MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated ...MAPK 10 / MAP kinase p49 3F12 / Stress-activated protein kinase 1b / SAPK1b / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3


分子量: 52649.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10, SAPK1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1ACP / (4P)-4-[6-fluoro-5-(2-methoxyanilino)-1H-indazol-1-yl]-N-(oxetan-3-yl)thiophene-2-carboxamide


分子量: 438.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19FN4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.82 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M ammonium tartrate pH 7.2, 18 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→53.885 Å / Num. obs: 15518 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 38.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.02→2.055 Å / Num. unique obs: 1198 / CC1/2: 0.734

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→53.88 Å / SU ML: 0.3744 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.6383
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2971 770 5.03 %
Rwork0.2555 14552 -
obs0.2576 15322 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→53.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2800 0 31 48 2879
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00222899
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49413927
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0401430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2472380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.590.39151600.33732978X-RAY DIFFRACTION98.59
2.59-2.850.35521300.33612428X-RAY DIFFRACTION80.26
2.85-3.260.33391490.28862986X-RAY DIFFRACTION98.21
3.26-4.10.29711620.24433023X-RAY DIFFRACTION99.01
4.1-53.880.25191690.21513137X-RAY DIFFRACTION97.12
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54799109735-0.2641759301710.8404244689232.23996040160.2970672322462.267281847810.05469452353840.127339126945-0.03173512436240.162170095925-0.2571106480930.3869735746530.2212334491550.05732749382280.1475888298580.347452462252-0.0641469145383-0.005121489132480.237941014312-0.04599937272340.30014259019115.826320741110.253554745329.0525154101
21.79961983141-0.839606290770.7131437547381.68842573279-0.05774642891861.31477124678-0.0638359879207-0.08126675938650.6970347825150.485439274869-0.00749940141951-0.0943553765142-0.4571652751480.1909524036990.1566662266790.6606564686560.0926430911501-0.03553085167560.529985879948-0.1106712966490.23076773231921.608808189621.570288231427.4139555333
31.31426858388-0.520851227888-0.00665138127152.215354804831.454472140731.32492159120.5271604260190.45362727460.119185403121-1.55878964685-0.451399081562-0.0130361741182-0.392162692002-0.1027595360780.5781115740620.8948205513880.164745481919-0.2624244704230.416968513338-0.03868845475360.33447676310816.417684249817.48012334026.86935492699
40.1776111881530.4418404699750.4304632205382.543786210042.136348859621.85859251357-0.154215856792-0.0004565249264370.32866495089-0.192024972186-0.8505733171161.54342471466-0.221866468569-0.772000782760.7383747623130.6636401248230.151074466959-0.05981514377360.525623389829-0.2451468138410.7867430108457.7327045959518.806523180131.9358958337
51.41494452269-0.2074925062881.054684275552.868752985491.264032738112.32257156457-0.1271383826490.01223782816510.04320775925080.795158341358-0.0748056996801-0.003887693984170.5100826980730.2249944429810.187742059650.470982321529-0.08340928329010.06887759109080.347281636205-0.007939763716880.33975238500620.245778985413.455364871940.713464785
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 126 through 202 )126 - 20282 - 158
22chain 'A' and (resid 203 through 225 )203 - 225159 - 176
33chain 'A' and (resid 226 through 355 )226 - 355177 - 306
44chain 'A' and (resid 356 through 400 )356 - 400307 - 346
55chain 'A' and (resid 45 through 125 )45 - 1251 - 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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