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- PDB-8vl9: Crystal structure of EloBC-VHL-CDO1 complex bound to compound 8 m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vl9
タイトルCrystal structure of EloBC-VHL-CDO1 complex bound to compound 8 molecular glue
要素
  • Cysteine dioxygenase type 1
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードAPOPTOSIS / VHL / CDO1 / VHL-small molecule-CDO1 ternary complex / degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur amino acid biosynthetic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / : / regulation of cellular response to hypoxia / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT ...sulfur amino acid biosynthetic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / : / regulation of cellular response to hypoxia / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RHOBTB3 ATPase cycle / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / transcription elongation factor activity / response to glucagon / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / nickel cation binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / response to amino acid / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of signal transduction / response to cAMP / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / lactation / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / response to glucocorticoid / ciliary tip / transcription corepressor binding / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of cell differentiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / ferrous iron binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule cytoskeleton / Neddylation / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / protein stabilization / cilium / protein ubiquitination / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain ...Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / RmlC-like cupin domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CITRIC ACID / : / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B / Cysteine dioxygenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shu, W. / Ma, X. / Tutter, A. / Buckley, D. / Golosov, A. / Michaud, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: A small-molecule VHL molecular glue degrader for cysteine dioxygenase 1.
著者: Tutter, A. / Buckley, D. / Golosov, A.A. / Ma, X. / Shu, W. / McKay, D.J.J. / Darsigny, V. / Dovala, D. / Beckwith, R. / Solomon, J. / Rao, P. / Xu, L. / Fazal, A. / Lingel, A. / Wartchow, C. ...著者: Tutter, A. / Buckley, D. / Golosov, A.A. / Ma, X. / Shu, W. / McKay, D.J.J. / Darsigny, V. / Dovala, D. / Beckwith, R. / Solomon, J. / Rao, P. / Xu, L. / Fazal, A. / Lingel, A. / Wartchow, C. / Cobb, J.S. / Hachey, A. / Tullai, J. / Michaud, G.A.
履歴
登録2024年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年11月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: Cysteine dioxygenase type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5047
ポリマ－65,7644
非ポリマー7403
水2,162120
1
A: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Cysteine dioxygenase type 1
ヘテロ分子

B: Elongin-B
C: Elongin-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5047
ポリマ－65,7644
非ポリマー7403
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area26930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.657, 177.873, 103.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18712.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO / CDO-I


分子量: 23060.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16878, cysteine dioxygenase

-
非ポリマー , 4種, 123分子

#5: 化合物 ChemComp-A1ACI / N-acetyl-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{[(4P)-4-(1H-pyrazol-3-yl)naphthalen-1-yl]methyl}-L-prolinamide


分子量: 491.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#7: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.96 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M SODIUM CITRATE, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE PH 6.5, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.774 Å / Num. obs: 37748 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rpim(I) all: 0.045 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 0.467 / Num. unique obs: 4247 / CC1/2: 0.567 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→48.774 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 1894 5.03 %
Rwork0.184 --
obs0.1855 37685 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4296 0 50 120 4466
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5926036
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3922707
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.56260.36241400.32592539X-RAY DIFFRACTION100
2.5626-2.63190.32591470.29132479X-RAY DIFFRACTION100
2.6319-2.70930.29511160.27472573X-RAY DIFFRACTION100
2.7093-2.79680.30391460.25412519X-RAY DIFFRACTION100
2.7968-2.89670.2681320.23292517X-RAY DIFFRACTION100
2.8967-3.01270.23651340.21592532X-RAY DIFFRACTION100
3.0127-3.14980.28151270.20752561X-RAY DIFFRACTION100
3.1498-3.31580.25551460.2012526X-RAY DIFFRACTION100
3.3158-3.52350.21541380.19182531X-RAY DIFFRACTION100
3.5235-3.79540.21661380.17952558X-RAY DIFFRACTION100
3.7954-4.17720.18761170.15982576X-RAY DIFFRACTION100
4.1772-4.78120.15671290.13532587X-RAY DIFFRACTION100
4.7812-6.0220.21021470.16712587X-RAY DIFFRACTION100
6.022-48.7740.18511370.17132706X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21630.032-0.049-0.0033-0.14320.15850.36310.07610.49870.07820.20780.2109-0.56130.2221-0.00030.6373-0.00210.11560.58080.02270.731669.416555.933416.5612
20.4379-0.04550.29460.484-0.29630.3569-0.108-0.1312-0.17960.05980.4976-0.59630.25420.16680.00580.4624-0.11840.0290.3850.01070.43565.834439.917525.4762
31.1731-0.25950.15250.39680.18630.71520.1075-0.0484-0.0757-0.1847-0.1069-0.3096-0.16340.2371-0.00080.4387-0.0050.08240.40920.01250.458571.494740.26318.1596
40.23580.496-0.23650.5401-0.18010.1833-0.05240.30890.00870.12490.10730.05870.05770.0676-0.00010.41810.03760.06790.37350.01490.456464.395442.024715.842
50.6574-0.46860.55250.2548-0.14670.18550.07540.155-0.0883-0.12050.187-0.2135-0.3133-0.00350.00240.40690.01490.04060.3201-0.00680.337259.537638.699621.4237
60.10640.1384-0.12110.4927-0.28380.0728-0.03730.08580.0555-0.0450.2434-0.4514-0.18290.686300.4870.04220.06470.5651-0.04780.480366.688624.0716-2.5233
70.40520.8063-0.05040.32160.2125-0.0296-0.22320.50270.0111-0.62220.24260.2011-0.47050.7528-0.00080.79870.00260.01610.71960.03920.475463.224537.9771-2.3521
80.18590.1453-0.22860.1276-0.11980.2295-0.2498-0.24-0.0375-0.2365-0.27090.18430.03170.08180.0010.5118-0.07820.00970.4662-0.1070.527341.807513.228812.8017
90.7125-0.2435-0.00150.3325-0.2770.23880.2186-0.1648-0.26690.2467-0.25570.55610.2239-0.5085-0.00020.604-0.0960.12560.5582-0.11190.583834.691612.501213.2113
100.36420.2597-0.10990.7646-0.35280.52480.0272-0.3181-0.21060.7517-0.03380.71760.2199-0.431900.7405-0.12530.13240.6576-0.02040.649534.75124.146916.9093
11-0.0074-0.02410.04720.0675-0.04160.01930.547-0.3326-0.34240.3646-0.46260.1050.02230.3302-0.00180.6037-0.0462-0.02930.44930.00780.508449.092614.60917.3626
120.1541-0.2176-0.14460.55240.09380.1862-0.1997-0.0139-0.42810.2593-0.2170.18350.5756-0.2946-0.0040.6502-0.16580.10330.4936-0.110.70935.97421.17856.3314
130.08520.0970.01940.0622-0.007-0.003-0.395-0.1094-0.7324-0.5230.1518-0.34670.1275-0.3722-0.00350.52750.11870.09510.6378-0.10140.873265.58411.142-4.0176
140.5040.5261-0.13310.7743-0.53510.73320.0760.2425-0.1556-0.112-0.15050.53190.15-0.3223-0.00010.48860.0583-0.02690.4911-0.07490.490339.572521.9707-0.6013
150.09370.1222-0.06920.8117-0.03310.43890.52560.229-0.1737-0.8372-0.49610.5088-0.0886-0.24-0.00010.43690.1019-0.11980.5382-0.09040.659135.493221.6935-7.6102
161.3960.2187-0.29640.3091-0.25530.96450.0526-0.01830.0497-0.0573-0.1397-0.0073-0.0747-0.0157-00.42890.0611-0.02260.3576-0.05860.430352.364922.73334.6449
170.03310.23790.0180.1938-0.20410.33740.3317-0.08830.29310.277-0.16720.0649-0.63790.4840.00410.6128-0.24070.04770.5612-0.02760.499697.761762.249719.0912
181.56070.52350.39450.81060.2650.71340.26240.073-0.105-0.0608-0.1586-0.0811-0.05490.35290.00290.4703-0.08180.04190.59280.02330.535488.318147.970218.2131
190.0250.0410.0132-0.05290.02380.0517-0.0283-0.273-0.34150.48990.1697-0.8670.28760.3706-0.00050.53060.0142-0.11150.96540.19410.914396.161341.355928.3287
200.133-0.06150.09891.0759-0.30110.44820.3745-0.9236-0.3330.6033-0.11450.1435-0.6535-0.17360.0270.5467-0.1499-0.06460.8019-0.04370.515992.949449.818530.327
210.17170.0295-0.20380.0043-0.07890.3691-0.68680.1556-0.3069-0.0150.1014-0.1265-0.4912-0.2913-0.00030.90330.1251-0.1981.48590.09491.1031107.041135.465540.3263
220.14380.1041-0.01540.341-0.02730.1044-0.113-0.70230.69481.26150.1666-0.1095-0.7310.1218-0.01290.8641-0.1196-0.01910.86230.05190.509193.633552.155834.6444
230.65440.8418-0.39060.8514-0.1113-0.05010.1833-0.5858-0.21580.3799-0.0149-0.40010.03340.28250.00010.6059-0.0391-0.08820.91040.09090.609197.03141.36228.9786
240.06-0.01360.13780.4647-0.18770.1986-0.43390.54550.0709-0.98160.3055-0.30090.7485-0.0328-0.00530.7705-0.0980.07640.7339-0.07210.73889.637540.150412.5551
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 61 through 70 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 79 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 112 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 113 through 141 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 142 through 157 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 158 through 177 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 178 through 208 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 9 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 10 through 35 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 36 through 60 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 61 through 72 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 73 through 94 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 95 through 104 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 17 through 47 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 48 through 66 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 67 through 112 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 6 through 39 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 40 through 77 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 78 through 91 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 92 through 107 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 108 through 118 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 119 through 133 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 134 through 178 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 179 through 190 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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