PDB-8vkc: Crystal structure of dehaloperoxidase A in complex with substrate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vkc

タイトル

Crystal structure of dehaloperoxidase A in complex with substrate 4-nitrophenol

要素

Dehaloperoxidase A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxidase / peroxigenase / oxidase / oxigenase / globin / heme cofactor / oxigen binding / hydrogen peroxide co-substrate / halphenol substrates

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Aktar, M.S. / de Serrano, V.S. / Ghiladi, R.A. / Franzen, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Structural Comparison of Substrate Binding Sites in Dehaloperoxidase A and B.
著者: Aktar, M.S. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A. / Franzen, S.

履歴

登録	2024年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vkc.cif.gz	134.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vkc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vkc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vkc_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vkc_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8vkc_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	8vkc_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/8vkc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vkdC 8vskC 8vzrC 2qfkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Dehaloperoxidase A

BBB: Dehaloperoxidase A

ヘテロ分子

33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Dehaloperoxidase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Dehaloperoxidase A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.6 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.824, 67.936, 68.276
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase A 分子量: 15548.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV8

-
非ポリマー , 5種, 111分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL 分子量: 139.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulfate, sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→30.43 Å / Num. obs: 16983 / % possible obs: 93.05 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.03→2.083 Å / Num. unique obs: 973 / CC_1/2: 0.314

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2QFK

2qfk

解像度: 2.03→30.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 15.382 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.233 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2745	841	4.952 %
R_work	0.1541	16142	-
all	0.16	-	-
obs	-	16983	93.047 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.825 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.758 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.632 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.127 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→30.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2182	0	127	103	2412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2576
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.572	1.705	3519
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.38	1.625	5420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.015	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.09	21.831	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.324	15	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.425	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	677
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.096	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.231	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.825	2.815	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.826	2.815	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.785	4.228	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.784	4.229	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.494	3.153	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.458	3.141	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.628	4.589	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.62	4.572	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.998	33.754	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.995	33.719	3183
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.193	3	4930

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.083	0.307	66	0.234	973	X-RAY DIFFRACTION	79.2525
2.083-2.14	0.433	47	0.206	1131	X-RAY DIFFRACTION	89.3101
2.14-2.202	0.364	43	0.183	1075	X-RAY DIFFRACTION	90.38
2.202-2.27	0.372	56	0.193	1067	X-RAY DIFFRACTION	91.3751
2.27-2.344	0.287	63	0.154	1038	X-RAY DIFFRACTION	92.8331
2.344-2.426	0.274	65	0.136	993	X-RAY DIFFRACTION	92.8885
2.426-2.517	0.247	47	0.143	975	X-RAY DIFFRACTION	92.3216
2.517-2.62	0.291	48	0.133	958	X-RAY DIFFRACTION	93.321
2.62-2.736	0.319	33	0.142	916	X-RAY DIFFRACTION	93.4055
2.736-2.869	0.318	56	0.14	881	X-RAY DIFFRACTION	94.8381
2.869-3.023	0.294	42	0.128	852	X-RAY DIFFRACTION	95.2077
3.023-3.206	0.277	37	0.138	798	X-RAY DIFFRACTION	93.0881
3.206-3.426	0.279	31	0.14	765	X-RAY DIFFRACTION	94.2012
3.426-3.699	0.239	39	0.156	725	X-RAY DIFFRACTION	98.0745
3.699-4.05	0.223	37	0.142	690	X-RAY DIFFRACTION	99.7257
4.05-4.524	0.25	51	0.12	633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.524-5.216	0.254	29	0.138	554	X-RAY DIFFRACTION	100
5.216-6.37	0.216	18	0.197	494	X-RAY DIFFRACTION	100
6.37-8.931	0.179	19	0.183	392	X-RAY DIFFRACTION	99.5157
8.931-30.43	0.366	14	0.198	232	X-RAY DIFFRACTION	96.4706

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