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- PDB-8vhr: Crystal structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase al... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vhr
タイトルCrystal structure of E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha subunit W28A variant bound to dATP and GTP
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase / allosteric regulation / nucleotide binding / subunit interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein folding chaperone / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Funk, M.A. / Zimanyi, C.M. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM08334 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30-ES002109 米国
National Science Foundation (NSF, United States)0645960 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: How ATP and dATP Act as Molecular Switches to Regulate Enzymatic Activity in the Prototypical Bacterial Class Ia Ribonucleotide Reductase.
著者: Funk, M.A. / Zimanyi, C.M. / Andree, G.A. / Hamilos, A.E. / Drennan, C.L.
履歴
登録2024年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,94524
ポリマ－350,7284
非ポリマー6,21720
水00
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,47212
ポリマ－175,3642
非ポリマー3,10810
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,47212
ポリマ－175,3642
非ポリマー3,10810
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.576, 141.078, 301.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ASNASNchain AAA4 - 73623 - 755
2LEULEUchain BBB5 - 73624 - 755
3ASNASNchain CCC4 - 73623 - 755
4LEULEUchain DDD5 - 73624 - 755

-
要素

#1: タンパク質
Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha / Protein B1 / Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 R1 subunit / Ribonucleotide reductase 1


分子量: 87682.008 Da / 分子数: 4 / 変異: W28A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: nrdA, dnaF, b2234, JW2228 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00452, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物
ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6.5-7.0% (w/vol) PEG3350, 0.1M HEPES 7.0, 0.35M MgSO4, 5% (vol/vol) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→50 Å / Num. obs: 57221 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 127.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 239539
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
3.55-3.6840.93854710.6480.5431.23593.6
3.68-3.824.30.62257710.710.3461.10598.10.715
3.82-44.10.4457250.650.261.26397.30.514
4-4.214.30.2257510.9610.120.88997.10.252
4.21-4.474.10.15255220.9790.0850.9593.90.175
4.47-4.824.30.10458340.9890.0570.97298.10.119
4.82-5.34.30.0858080.9930.0441.00297.70.092
5.3-6.074.10.0756010.9940.0391.00193.40.08
6.07-7.644.30.05358550.9960.0291.012970.061
7.64-504.10.03258830.9980.0181.05193.30.037

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RO9

7ro9
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.55→49.869 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 5640 9.96 %
Rwork0.1971 50963 -
obs0.2016 56603 95.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 324.29 Å2 / Biso mean: 154.5736 Å2 / Biso min: 53.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.55→49.869 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23312 0 376 0 23688
Biso mean--154.76 --
残基数----2930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00224244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5132882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0024376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9419138
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A14358X-RAY DIFFRACTION5.488TORSIONAL
12B14358X-RAY DIFFRACTION5.488TORSIONAL
13C14358X-RAY DIFFRACTION5.488TORSIONAL
14D14358X-RAY DIFFRACTION5.488TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.55-3.59030.35761730.3476158591
3.5903-3.63260.38741760.3596163793
3.6326-3.67680.60421600.5481144984
3.6768-3.72340.50211910.4523170797
3.7234-3.77230.33251940.2812174098
3.7723-3.8240.27821910.2634172898
3.824-3.87860.33521900.3173171597
3.8786-3.93650.48291850.4607161991
3.9365-3.9980.29311870.2521170697
3.998-4.06350.28641850.2259172197
4.0635-4.13350.27141840.2185169197
4.1335-4.20870.27551930.2128173897
4.2087-4.28960.2331870.2057170296
4.2896-4.37710.26891780.2047167595
4.3771-4.47220.22811780.1815159391
4.4722-4.57610.22731970.1793174298
4.5761-4.69050.22011950.1777175299
4.6905-4.81720.2141930.1742172898
4.8172-4.95890.23481970.1751175598
4.9589-5.11880.23211840.1719173298
5.1188-5.30150.24942000.1725172997
5.3015-5.51350.22311920.172170596
5.5135-5.76410.22321750.1726170094
5.7641-6.06750.24381840.1836161990
6.0675-6.44690.26321980.1768174798
6.4469-6.94350.23581970.1639175397
6.9435-7.640.21241920.1657175396
7.64-8.74040.19341810.1531166290
8.7404-10.99250.14841980.1243175696
10.9925-49.8690.2142050.1841182494
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7050.29050.43291.24310.39331.27270.13420.4315-0.1969-0.53660.1178-0.16940.18380.030100.84240.2478-0.09370.99490.01160.9049-21.518219.9476-175.0149
20.7037-0.0905-0.17431.58280.44460.1554-0.1484-0.28930.07950.561-0.0533-0.1773-0.01140.0531-00.5244-0.0072-0.06430.8364-0.02230.8526-28.685521.6098-135.4171
31.21710.3082-0.3031.6674-0.10892.08760.2036-0.1106-0.052-0.0125-0.1497-0.1660.12590.197700.60160.0939-0.07841.02910.08190.9907-8.545527.209-141.424
41.6045-0.89751.59130.5045-0.79821.76530.195-0.02170.0325-0.17810.18980.30210.5451-0.4843-01.2494-0.1160.08461.22170.07131.0086-46.65999.4203-91.2522
50.21170.29340.02341.6337-0.44210.19810.34790.1350.1725-0.4881-0.0130.09380.61220.0960.00090.8021-0.1276-0.10591.22330.01861.1249-41.958115.0147-131.1692
61.18730.7117-0.58861.67890.16491.65370.31080.3914-0.5315-0.2368-0.215-0.35550.9045-0.081101.12160.0095-0.24711.25840.0991.3113-52.18930.5711-142.1678
70.7568-0.31440.49840.1263-0.18031.44280.1727-0.1982-0.0775-0.25610.11280.29860.4634-0.552200.9505-0.2877-0.06541.0050.18881.0562-61.79433.7998-118.3035
80.86590.8718-0.35060.8347-0.47241.89360.1411-0.35670.12270.5032-0.0304-0.0177-0.720.2029-01.3686-0.0372-0.0351.1049-0.04731.0318-21.834520.2675-18.7775
90.7743-0.73640.85630.9862-0.26421.75250.12930.2294-0.3395-0.3601-0.03130.1843-0.96470.7150.00731.1544-0.07630.03950.82090.14931.2656-25.223720.0635-62.1812
100.9289-0.8395-1.00120.74950.95291.3036-0.2770.16140.3475-0.02640.367-0.06-1.34560.58880.00032.0183-0.061-0.08161.14450.13931.6986-24.470332.0912-53.8321
110.17870.0926-0.46790.2262-0.78552.83060.4256-0.07780.84120.85910.2788-0.1478-2.1829-0.22850.2272.180.50840.34951.10230.19311.848-31.907535.7773-40.9551
120.4957-0.0463-0.04820.1257-0.22880.4460.75791.5959-0.4083-0.98050.2860.57710.27270.03370.00111.85610.1548-0.16891.6330.00611.5315-21.9702-9.249-106.3914
130.05310.23760.08481.03480.24170.97460.65180.9181-0.0254-0.2132-0.0821-0.20710.14390.2759-01.43340.1031-0.01531.7959-0.16231.28980.1244-0.7279-93.3978
140.6515-0.1075-1.38010.49350.59273.18110.5095-0.70960.37290.6345-0.0778-0.64910.77952.25480.13741.10130.1515-0.16791.26910.1041.0837-8.28463.9328-57.8218
151.0062-0.3057-1.09860.66430.04481.34790.60010.3179-0.3404-0.59060.03670.42581.71380.77210.00331.57570.4782-0.47961.5289-0.00911.5121-8.6256-13.8236-46.726
160.74311.16560.32641.82580.6211.89280.17480.2721-0.4767-0.9444-0.1192-0.2871.3670.8692-01.90320.6258-0.2162.0414-0.17291.64398.6991-13.2442-69.49
173.4001-0.26170.41520.0192-0.02720.0481-0.02591.1651-0.30960.70440.1947-0.5511.35350.4070.16991.85650.3384-0.40171.2107-0.32981.3773-13.6288-21.7827-82.6939
181.1912-0.49010.58290.5607-0.21870.9360.73670.65650.1984-0.4448-0.1806-0.95290.69390.5480.00052.0610.4035-0.22760.7913-0.15011.1826-9.6776-24.9027-63.0114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 212 )A4 - 212
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5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 213 through 301 )B213 - 301
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 4 through 248 )C4 - 248
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 249 through 371 )C249 - 371
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 372 through 493 )C372 - 493
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 494 through 736 )C494 - 736
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 5 through 74 )D5 - 74
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 75 through 212 )D75 - 212
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 213 through 301 )D213 - 301
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 302 through 422 )D302 - 422
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 423 through 624 )D423 - 624
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 625 through 675 )D625 - 675
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 676 through 736 )D676 - 736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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