PDB-8vha: Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in complex with NADPH and A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vha

タイトル

Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in complex with NADPH and Alpha-Ketoglutarate

要素

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Mealka, M. / Sohl, C.D. / Huxford, T.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Active site remodeling in tumor-relevant IDH1 mutants drives distinct kinetic features and potential resistance mechanisms.
著者: Mealka, M. / Sierra, N.A. / Avellaneda Matteo, D. / Albekioni, E. / Khoury, R. / Mai, T. / Conley, B.M. / Coleman, N.J. / Sabo, K.A. / Komives, E.A. / Bobkov, A.A. / Cooksy, A.L. / Silletti, ...

履歴

登録	2023年12月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8vha.ent.gz	552.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vha_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vha_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8vha_validation.xml.gz	66.6 KB	表示
CIF形式データ	8vha_validation.cif.gz	90.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/8vha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/8vha	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vh9C 8vhbC 8vhcC 8vhdC 8vheC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (7)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (5)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

198 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Homodimer
99 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Homodimer
98.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.821, 104.860, 107.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.19, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / IDH1 / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDPc / NADP(+)-specific ICDH / ...IDH / IDH1 / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDPc / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase 分子量: 48500.117 Da / 分子数: 4 / 変異: R132Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

#1: タンパク質

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / IDH1 / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDPc / NADP(+)-specific ICDH / ...

分子量: 48500.117 Da / 分子数: 4 / 変異: R132Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 7種, 475分子

#2: 化合物	ChemComp-EE1 / (3~{S})-3-[(4~{S})-3-aminocarbonyl-1-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-4~{H}-pyridin-4-yl]-2-oxidanylidene-pentanedioic acid / NADPH with ketoglutarate adduct 分子量: 889.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₄N₇O₂₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / Density meas: 49.2 Mg/m³ / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 160mM NaNO3 and 20% W/V PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→39.15 Å / Num. obs: 82740 / % possible obs: 98.28 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 35.61 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.65
反射シェル	解像度: 2.28→2.36 Å / Num. unique obs: 2247 / CC_1/2: 0.748

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→39.15 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2223	4053	4.9 %
R_work	0.1673	-	-
obs	0.1701	82740	98.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→39.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13053	0	228	462	13743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	13584
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.923	18360
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.539	1811
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1977
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2338

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.28-2.31	0.297	116	0.2261	2447	X-RAY DIFFRACTION	89
2.31-2.33	0.2856	138	0.213	2720	X-RAY DIFFRACTION	98
2.33-2.36	0.2974	123	0.2189	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
2.36-2.39	0.2807	147	0.2145	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.43	0.2769	133	0.2084	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
2.43-2.46	0.2892	134	0.2025	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
2.46-2.5	0.2929	147	0.2064	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5-2.54	0.2809	155	0.2048	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
2.54-2.58	0.2957	141	0.1993	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.58-2.62	0.2743	130	0.201	2730	X-RAY DIFFRACTION	98
2.62-2.67	0.2445	130	0.1999	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
2.67-2.72	0.2722	132	0.2055	2721	X-RAY DIFFRACTION	98
2.72-2.78	0.2965	158	0.1994	2654	X-RAY DIFFRACTION	97
2.78-2.84	0.3015	122	0.1975	2663	X-RAY DIFFRACTION	96
2.84-2.9	0.2663	156	0.1968	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9-2.98	0.256	159	0.1931	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
2.98-3.06	0.2589	148	0.1866	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
3.06-3.15	0.257	137	0.1907	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
3.15-3.25	0.2465	116	0.19	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
3.25-3.36	0.2524	153	0.1814	2767	X-RAY DIFFRACTION	99
3.36-3.5	0.2153	134	0.1692	2734	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5-3.66	0.2264	127	0.1604	2672	X-RAY DIFFRACTION	97
3.66-3.85	0.2121	179	0.1482	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
3.85-4.09	0.1858	138	0.1397	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
4.09-4.41	0.1372	134	0.1227	2768	X-RAY DIFFRACTION	99
4.41-4.85	0.1602	137	0.1264	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
4.85-5.55	0.1865	144	0.1424	2679	X-RAY DIFFRACTION	96
5.55-6.99	0.2246	155	0.1632	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
6.99-39.15	0.1445	130	0.1361	2795	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6033	-0.1831	-0.8265	1.851	-0.5444	2.3895	-0.0399	0.1272	-0.1672	-0.4075	0.0657	0.3532	0.6768	-0.4016	-0.0077	0.4052	-0.0829	-0.069	0.2557	0.0171	0.2981	-15.9804	-8.9779	9.5584
2	1.1069	-0.2312	-0.1356	1.3563	0.5353	1.8932	-0.024	0.0183	0.1731	-0.0717	0.1225	-0.0373	-0.2238	-0.1071	-0.105	0.2611	-0.0147	-0.0145	0.2455	0.0387	0.2818	8.295	-4.0466	-0.9299
3	1.6871	-0.1009	0.2712	0.9487	0.9637	3.4408	0.0783	-0.1614	0.0371	0.1012	0.0481	0.11	0.3675	-0.3885	-0.1256	0.2658	-0.049	0.0055	0.2189	0.0275	0.2578	-15.2003	-2.5501	21.2743
4	1.1504	0.1101	1.2724	2.6048	-1.3746	4.7117	-0.0955	0.3031	0.0387	-0.3241	0.0384	-0.3047	-0.284	0.3699	0.0803	0.3158	-0.0379	0.0751	0.3461	0.0163	0.4153	38.321	-7.9188	7.7621
5	0.6446	0.129	0.2494	0.1542	0.0053	1.1988	-0.0202	-0.0515	-0.0796	-0.0022	0.0654	-0.0832	0.1107	-0.066	-0.0526	0.2824	0.013	0.0004	0.2382	0.0114	0.2558	15.1445	-19.1975	10.1042
6	1.557	-0.4001	-0.1116	4.2967	0.0084	1.7791	-0.0222	-0.2015	0.1505	0.0769	0.0039	-0.2766	-0.3573	0.1184	0.0329	0.2411	-0.0353	-0.0289	0.2752	-0.039	0.3525	34.4293	-2.2554	25.8979
7	1.8371	-0.2523	0.4723	1.7554	0.1276	3.2739	0.2706	0.1176	-0.2684	-0.3061	0.0144	-0.1625	0.5616	1.2427	-0.2929	0.5446	0.1733	-0.085	1.2123	-0.1573	0.5722	37.6114	1.5336	65.6917
8	0.7279	0.2513	-0.256	1.6668	-0.213	1.1437	0.0562	-0.1104	0.1165	0.0735	-0.0615	-0.1201	-0.1337	0.2396	0.0196	0.2369	-0.0724	-0.0046	0.37	-0.0182	0.2992	13.1153	6.3534	75.6343
9	2.6304	-1.2166	1.6774	0.7937	-1.0462	1.6804	0.2175	0.7701	0.1646	-0.3003	-0.2757	-0.1271	-0.0154	2.1246	-0.0155	0.4925	-0.1996	0.054	1.2104	0.0214	0.4253	32.2539	16.7674	58.1792
10	1.2231	0.1234	0.4993	1.0174	-0.0553	3.1874	0.0217	-0.0608	-0.0527	0.1321	0.0003	0.0637	0.0398	-0.4078	-0.0365	0.2394	-0.0392	0.02	0.3093	0.0037	0.2834	-18.6199	1.2444	68.3443
11	0.8326	-0.018	0.0555	0.8184	-0.3726	1.4278	0.0135	0.1052	-0.0551	-0.1581	-0.0312	-0.0739	0.1693	0.1403	0.0249	0.2572	-0.0101	0.0219	0.2921	-0.029	0.2798	5.4663	-4.3116	60.7415
12	1.2375	0.2766	0.2633	4.5093	1.2955	2.2773	-0.0073	0.1961	0.1868	-0.1891	-0.0893	0.1306	-0.2585	-0.1908	0.1119	0.1933	0.0127	0.001	0.2803	0.0478	0.2443	-16.7372	15.2644	54.7642

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 133 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 134 through 285 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 286 through 413 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 94 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 95 through 312 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 313 through 413 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 4 through 94 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 95 through 285 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 286 through 411 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 4 through 94 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 95 through 312 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 313 through 413 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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