PDB-8vhe: Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in Complex with NADPH-TCEP ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vhe

タイトル

Crystal Structure of Human IDH1 R132Q in Complex with NADPH-TCEP Adduct

要素

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Mealka, M. / Sohl, C.D. / Huxford, T.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Active site remodeling in tumor-relevant IDH1 mutants drives distinct kinetic features and potential resistance mechanisms.
著者: Mealka, M. / Sierra, N.A. / Avellaneda Matteo, D. / Albekioni, E. / Khoury, R. / Mai, T. / Conley, B.M. / Coleman, N.J. / Sabo, K.A. / Komives, E.A. / Bobkov, A.A. / Cooksy, A.L. / Silletti, ...

履歴

登録	2023年12月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8vhe.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vhe_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vhe_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8vhe_validation.xml.gz	71.3 KB	表示
CIF形式データ	8vhe_validation.cif.gz	99.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/8vhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/8vhe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vh9C 8vhaC 8vhbC 8vhcC 8vhdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

199 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Homodimer
99.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Homodimer
99.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.298, 107.348, 109.941
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.190, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / IDH1 / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDPc / NADP(+)-specific ICDH / ...IDH / IDH1 / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDPc / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase 分子量: 48500.117 Da / 分子数: 4 / 変異: R132Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

#1: タンパク質

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / IDH1 / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDPc / NADP(+)-specific ICDH / ...

分子量: 48500.117 Da / 分子数: 4 / 変異: R132Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 6種, 957分子

#2: 化合物	ChemComp-A1AAX / 3,3',3''-({(4R)-1-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3-hydroxy-4-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-3-carbamoyl-1,4-dihydropyridin-4-yl}-lambda~5~-phosphanetriyl)tripropanoic acid 分子量: 995.606 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₅N₇O₂₃P₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 933 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 200 mM KSCN, 24% (w/v) PEG 6000, and 5 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→108.53 Å / Num. obs: 101627 / % possible obs: 98.01 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 34.07 Å² / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.16→2.18 Å / Num. unique obs: 1247 / CC_1/2: 0.835

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.16→108.53 Å / SU ML: 0.2405 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3775
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2233	5063	4.98 %
R_work	0.1714	96564	-
obs	0.174	101627	97.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→108.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13119	0	327	933	14379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	13758
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8844	18590
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0536	1990
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	2360
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8498	1893

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.16-2.18	0.2676	165	0.2441	2935	X-RAY DIFFRACTION	91.26
2.18-2.21	0.2868	165	0.2306	3255	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2.21-2.23	0.2657	155	0.2145	3291	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.23-2.26	0.252	176	0.2102	3222	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.26-2.29	0.2849	181	0.2053	3289	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.29-2.32	0.2769	167	0.2122	3240	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.32-2.36	0.2581	151	0.208	3276	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.36-2.39	0.2686	157	0.2143	3256	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.39-2.43	0.3013	177	0.2323	3195	X-RAY DIFFRACTION	97.82
2.43-2.47	0.3136	165	0.2261	3218	X-RAY DIFFRACTION	98.69
2.47-2.51	0.2512	164	0.21	3205	X-RAY DIFFRACTION	97.29
2.51-2.56	0.2636	183	0.1975	3242	X-RAY DIFFRACTION	97.94
2.56-2.61	0.2842	179	0.1946	3213	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.61-2.66	0.2479	162	0.1915	3270	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.66-2.72	0.247	172	0.1801	3259	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.72-2.78	0.2529	176	0.1843	3243	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.78-2.85	0.2362	189	0.1906	3213	X-RAY DIFFRACTION	98.95
2.85-2.93	0.2669	171	0.2046	3244	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.93-3.01	0.2557	162	0.1971	3282	X-RAY DIFFRACTION	98.4
3.01-3.11	0.2636	145	0.1824	3245	X-RAY DIFFRACTION	98.52
3.11-3.22	0.2362	168	0.1819	3236	X-RAY DIFFRACTION	98.15
3.22-3.35	0.218	177	0.1761	3221	X-RAY DIFFRACTION	97.78
3.35-3.5	0.2172	178	0.1703	3211	X-RAY DIFFRACTION	97.39
3.5-3.69	0.2126	190	0.1624	3126	X-RAY DIFFRACTION	95.67
3.69-3.92	0.178	179	0.1475	3187	X-RAY DIFFRACTION	97.45
3.92-4.22	0.1839	164	0.1358	3238	X-RAY DIFFRACTION	97.42
4.22-4.65	0.1831	155	0.1245	3212	X-RAY DIFFRACTION	96.67
4.65-5.32	0.1763	171	0.1356	3171	X-RAY DIFFRACTION	95.81
5.32-6.7	0.203	169	0.1591	3185	X-RAY DIFFRACTION	95.69
6.7-108.53	0.1852	150	0.1487	3184	X-RAY DIFFRACTION	93.36

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.268806384766	0.121515133244	-0.440121058156	0.10415451464	-0.0401562219401	1.11025969189	-0.215751811264	0.000884283147467	-0.185921374691	0.11277441958	0.0950446765554	0.271567176108	0.571776456956	-0.700397789179	-0.00261794041613	0.521269965844	-0.152574421818	-0.0139714917778	0.630166019362	0.0850235513279	0.439759404884	-46.2214501044	-12.1596732455	-13.195946148
2	0.524908460009	-0.172408716736	-0.17954394588	0.282747372397	-0.126726988818	0.379504386497	-0.0061776827002	-0.00566743712286	0.0445748538915	-0.0925962798458	-0.00498846611302	0.0322549092418	0.0705868451479	-0.0514828507624	7.91155420935E-6	0.261185859278	-0.00995548106145	-0.0212438784713	0.216929615872	-0.00384697321579	0.262058955872	-19.5349035397	-9.2773016454	-22.7004905199
3	0.547863030291	0.417116965102	-0.272541390882	0.543087642398	0.0383267758292	0.455812522692	0.0218573195468	-0.165710154817	0.123147764207	0.155035201807	0.0279121487362	0.0499322154089	-0.0258714040296	-0.372516916635	-2.00724190499E-5	0.313729448583	0.0545105695042	0.0102693357014	0.489130134715	0.0155345512116	0.327322620526	-40.2180113304	1.52575949607	-5.60913193744
4	0.124370703452	0.121126351001	0.206471098096	-0.00538531325374	0.0304274858549	0.0193238059644	0.0283776796355	0.0488031118863	0.0612297731828	-0.0199996288613	-0.106986757082	-0.153435680513	-0.071135794716	0.167747038784	-4.04519943319E-5	0.310006993405	-0.0453507825206	-0.00833378319976	0.485196904439	0.00905163061905	0.355588386601	22.8627261793	-8.07923719106	-3.03648223939
5	0.296809533023	0.268225229846	-0.133084024818	0.218206519091	-0.181585325257	0.178024020936	-0.0585840669945	-0.0490813547494	-0.0219646392698	-0.164219670085	0.0021260858903	-0.0768347987448	-0.045899023717	0.187137573633	9.53211589395E-6	0.286532043723	0.0196451706569	0.00680848771151	0.4089219078	0.00322190513858	0.29706159834	10.7032811197	-15.5278686237	-18.6127001324
6	0.238683967207	0.0580746528224	-0.228514235345	0.139687816419	-0.0862308878925	0.130421063572	0.136888628543	-0.231843751183	0.0554339989599	-0.0359061371672	-0.064683140646	-0.00284740793795	-0.00398564429909	0.0225083123828	9.92041784206E-6	0.279431613991	-0.00537769574299	0.0100690826707	0.341850763885	-0.0330663321031	0.262227484437	-4.42493992757	-10.0594306942	-3.61317305066
7	0.627186257395	0.0388070447979	-0.226499670613	0.484343283216	0.143803711636	0.522931300203	-0.0426387042623	-0.16017323646	-0.105880929577	0.00433833854629	0.0107277834701	0.0303943165887	0.104061934422	-0.0268008043319	-1.98588430896E-6	0.272560320012	0.0153734947408	0.0104819818684	0.244983217344	0.0280230019291	0.260571990583	-15.8628390691	-25.1717254225	-9.80130588533
8	0.655471651041	0.129163764254	0.0690392588253	0.523810415256	-0.282416093832	0.16751533544	0.0630762353347	-0.15480171111	0.0063735800368	-0.0394081910313	-0.0557356721734	-0.00560944465095	-0.000392706240063	0.110171661637	-2.37300978516E-5	0.236697118102	0.00194777028415	0.00785190393215	0.322291078075	-0.0141702308524	0.223010535068	2.3688680945	-8.86700166325	-6.93339835374
9	0.220636958701	0.0566390107465	-0.0359762587768	0.342157100049	0.299010272968	0.339370358262	0.042055525982	-0.322325277805	0.15298273105	0.266270360715	-0.0487861048496	-0.0803466602975	-0.126681555623	0.259958231276	-2.27158812771E-5	0.341438065867	-0.0722587668193	0.0105453082473	0.44947108414	-0.0606641785393	0.343519517506	10.2431812044	3.81257904732	0.620944501115
10	1.1498788503	0.121484852385	-0.303611259322	0.933526817944	0.159079120374	0.98174292777	-0.0430401400895	-0.0877178088287	-0.117682006561	0.160714996602	0.031846547278	-0.084320554384	0.254883130108	0.0778841017138	-1.5971989008E-5	0.300305164577	0.03396849349	-0.0207544364984	0.217354770126	0.0315940927835	0.275585474119	7.74605759564	-24.1872419304	44.9136442006
11	0.634121475829	0.398932783055	-0.24950968109	0.266515606657	-0.0970920014007	0.377535212858	0.0158710260376	0.000522585054834	0.102915185243	0.0518582577333	0.0368634080849	0.0684012052497	0.0130150839732	0.155649955657	1.46741248273E-5	0.286652294541	-0.00766464615461	0.0169761292871	0.217445834334	-0.00472226936011	0.273875205183	-16.829568991	-19.9390418972	55.3347427393
12	0.851451917557	0.169880999242	0.0379801255075	0.554237996596	-0.259080365424	0.33918906732	0.0149768980166	0.119807147557	-0.00195134680066	-0.059458480923	-0.00913389060719	-0.0768141547794	-0.0218547028148	0.0401738089355	3.43526542762E-6	0.256662648266	0.015015852782	-0.00375233506749	0.226010527534	0.000145066506448	0.258158012752	6.85136665506	-18.1471620232	33.0412265978
13	0.277588781004	0.03786894897	-0.201177334683	0.289136591194	-0.00304355694119	0.218720239262	-0.0677276041995	-0.156768806672	0.0622330463177	0.202182695339	0.0578900221017	0.351870167901	-0.169009985328	-0.255127910712	-7.53601420082E-5	0.364596535479	0.0138135103495	0.0270505368849	0.347762727698	0.0203320017236	0.518617938979	-47.1610955875	-24.3331552384	47.1137486375
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15	0.456370009084	-0.332957363933	-0.0683647654319	0.451653936208	-0.134226157922	0.71702705646	-0.117094716998	0.24531224359	0.131278820234	-0.0568528819837	0.0971551149333	0.356343089134	-0.147890215722	-0.101750558298	2.73838513373E-5	0.307086907171	-0.0302328642193	-0.101179910358	0.318587658826	0.0761847577912	0.470207644182	-43.3342117547	-18.6475564546	29.1723575575

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 94 )	A	A	-1 - 94	1 - 96
2	2	chain 'A' and (resid 95 through 285 )	A	A	95 - 285	97 - 287
3	3	chain 'A' and (resid 286 through 412 )	A	A	286 - 412	288 - 414
4	4	chain 'B' and (resid -8 through 29 )	B	F	-8 - 29	1 - 38
5	5	chain 'B' and (resid 30 through 94 )	B	F	30 - 94	39 - 103
6	6	chain 'B' and (resid 95 through 133 )	B	F	95 - 133	104 - 142
7	7	chain 'B' and (resid 134 through 260 )	B	F	134 - 260	143 - 269
8	8	chain 'B' and (resid 261 through 349 )	B	F	261 - 349	270 - 358
9	9	chain 'B' and (resid 350 through 412 )	B	F	350 - 412	359 - 421
10	10	chain 'C' and (resid 0 through 133 )	C	L	0 - 133	1 - 134
11	11	chain 'C' and (resid 134 through 285 )	C	L	134 - 285	135 - 286
12	12	chain 'C' and (resid 286 through 413 )	C	L	286 - 413	287 - 414
13	13	chain 'D' and (resid 2 through 94 )	D	P	2 - 94	1 - 93
14	14	chain 'D' and (resid 95 through 312 )	D	P	95 - 312	94 - 311
15	15	chain 'D' and (resid 313 through 412 )	D	P	313 - 412	312 - 411

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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