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- PDB-8vdd: Crystal structure of Proinsulin C-peptide bound to HLA-DQ8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vdd
タイトルCrystal structure of Proinsulin C-peptide bound to HLA-DQ8
要素
  • (MHC class II HLA-DQ- ...) x 2
  • Proinsulin C-peptide (InsC8-22)
キーワードIMMUNE SYSTEM / pMHC II complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion ...antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / Regulation of gene expression in beta cells / alpha-beta T cell activation / positive regulation of dendritic spine maintenance / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / activation of protein kinase B activity / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / Insulin receptor recycling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of brown fat cell differentiation / NPAS4 regulates expression of target genes / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / neuron projection maintenance / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / positive regulation of cell differentiation / Regulation of insulin secretion / wound healing / MHC class II protein complex / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / negative regulation of protein catabolic process / regulation of synaptic plasticity / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / cognition / vasodilation / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / cell-cell signaling / regulation of protein localization / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / protease binding / secretory granule lumen / adaptive immune response / endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / lysosomal membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Insulin / Insulin family / Insulin-like ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II HLA-DQ-beta-1 / Insulin / MHC class II HLA-DQ-alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tran, T.M. / Lim, J.J. / Loh, T.Y. / Mannering, I.S. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1123586 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: A structural basis of T cell cross-reactivity to native and spliced self-antigens presented by HLA-DQ8.
著者: Tran, M.T. / Lim, J.J. / Loh, T.J. / Mannering, S.I. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: MHC class II HLA-DQ-beta-1
C: Proinsulin C-peptide (InsC8-22)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4325
ポリマ－45,1183
非ポリマー3132
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7810 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.833, 40.698, 92.604
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.518, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
MHC class II HLA-DQ- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-alpha chain / DQA1*03:01 (DQ8-alpha chain)


分子量: 21124.516 Da / 分子数: 1 / 変異: I75C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: Q30069
#2: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-beta-1 / DQB1*03:02 (DQ8-beta chain)


分子量: 22605.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / プラスミド: pZip3 / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: O19707

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Proinsulin C-peptide (InsC8-22)


分子量: 1388.461 Da / 分子数: 1 / 変異: G9E, L11C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / プラスミド: pZip3 / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P01308
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 53分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M K Na tartrate, 14% w/v PEG 20,000 with seeding and additive C8 silver bullet

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→43.64 Å / Num. obs: 17563 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 35.35 Å2 / CC1/2: 0.951 / Rpim(I) all: 0.141 / Rrim(I) all: 0.346 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2117 / CC1/2: 0.758 / Rpim(I) all: 0.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
autoXDSデータ削減
Coot0.9.8.92モデル構築
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→43.64 Å / SU ML: 0.4023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.4038
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2798 859 4.89 %
Rwork0.221 16703 -
obs0.2238 17562 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2968 0 20 52 3040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00293077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56524200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.92841094
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.760.36321670.26332692X-RAY DIFFRACTION99.48
2.76-2.980.28931300.25792773X-RAY DIFFRACTION99.55
2.98-3.280.3141380.23572754X-RAY DIFFRACTION99.62
3.28-3.750.26661320.21222798X-RAY DIFFRACTION99.86
3.75-4.720.23871490.1942778X-RAY DIFFRACTION100
4.72-43.640.27811430.21942908X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.858939070641.18851218231-1.050721481970.6151055607280.01188238124851.310447625640.0434334785777-0.008602761310840.677021049539-0.380716595358-0.01722148303310.250945844358-0.491781661810.107726830733-0.276188958210.634531573148-0.03947325261750.06361896103520.033737687764-0.09563326686550.34128790652424.9283561542-13.076646001625.0120480832
22.90655539167-1.28537076533-1.318685126420.96146245622-0.5594142472963.89395158682-0.06484168056920.177790637349-0.279368331957-0.210007434547-0.01980087878320.2611399188140.0925136201943-0.6566668755440.3097483636030.3623602082830.01888196203080.01209330133520.12920708712-0.08012750512590.27210159901118.0221082488-22.675230589125.130911623
33.26191798301-0.901978058041-0.8083774540664.84336221609-0.2946585437054.7690646365-0.0902768718370.132407312835-0.349550847056-0.215957860965-0.205401279847-0.2993515129240.517712863118-0.0832994768850.3390512062580.4101393939680.01126719248580.1025992661870.139989226925-0.002039163576310.33192256197928.5461689156-27.695441127919.5025616219
44.48178020432-1.19544161294-0.388375867974.26505409561.235844769695.2455714473-0.0923914608936-0.445160936634-0.08561599512680.3677352154310.2677168659190.04386849896990.479475448023-0.651329367614-0.06061656398280.427448888367-0.05009340701530.07026382043490.2694094101720.02017877308750.16958685246116.688523901-23.345750752937.184793685
51.992850044270.304048178279-1.626749020131.693310953-0.4598646463892.984335125880.006883079861960.2074569772760.3023552878520.08325958739810.3382440192930.219834269429-0.295060081809-1.40686533675-0.2491673972130.3052445748990.1061941504470.08164411073331.07523724520.1231108270380.3794674717663.66910533139-12.360599644428.8444314437
62.639993425791.056949706190.3559915634781.96891123782-2.101964916823.304301425090.1438766682320.1270829461110.132049473939-0.3149866879120.32459771216-0.106273875019-0.085200962792-0.0987606966344-0.5130976535830.427889345907-0.110325936084-0.02622352978481.40807266249-0.07429545159240.40649625372816.8350762579-16.2604873073-1.79810556422
70.177368708342-0.221900704306-0.7238594284150.5240791013260.3528035486424.09780114976-0.03032040444990.260637214587-0.117077486866-0.04659817829610.1581207039060.09660006691580.133190983392-0.361016430835-0.1555030125360.3147428270250.0459886322117-0.07040432348371.177158626260.006276145078670.30942760687211.3910953399-19.108520111710.5683244879
89.605171761342.65251917195.098075732399.083321582974.682699559183.99037995070.3002305564270.9839433297180.166131226682-0.00459269172143-0.7194448243170.7551403234081.06607726803-0.8977073279490.5119058544990.446798282535-0.06174512388580.07992618987020.9164900704820.0237136902340.37984280044110.0316700967-28.39420751213.50480304727
93.26121097327-1.28419052643-0.01821271420038.084799213954.239926442432.36559646427-0.1328264864110.6159024580840.4885217364450.777218421031-0.335383793192-0.070821445010.414277548658-0.2106828455390.3788315678580.415904985159-0.05871184039350.003042949340820.3628996977650.1226503092040.34961283286316.5020416899-14.352378928420.3306542596
100.120078698274-0.03723390799390.06935141134942.13407985411-0.1608057795010.0486336363940.1888216200840.162974213965-0.0307461396384-0.685939402152-0.3393814479610.4547610405870.0833882668309-1.19436845767-0.07402417422650.610255740428-0.097088526749-0.1195259959911.51017971566-0.04622098902630.36023101136111.0590679345-22.46071804240.945305830379
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149.61626108169-0.697174030096-6.112427360935.555008703440.5977822182868.03374920159-0.4497348615770.439625545095-0.3699141733450.4598354016540.101881857422-0.1171027484770.47594173968-0.2501366175310.4405891888080.5312751113420.02653499118490.01768199494550.1379579569160.02762638147480.21285181029126.7824555392-22.077788427535.9740295157
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 15 )AA0 - 151 - 16
22chain 'A' and (resid 16 through 27 )AA16 - 2717 - 28
33chain 'A' and (resid 28 through 56 )AA28 - 5629 - 57
44chain 'A' and (resid 57 through 77 )AA57 - 7758 - 78
55chain 'A' and (resid 78 through 88 )AA78 - 8879 - 89
66chain 'A' and (resid 89 through 102 )AA89 - 10290 - 103
77chain 'A' and (resid 103 through 123 )AA103 - 123104 - 124
88chain 'A' and (resid 124 through 135 )AA124 - 135125 - 136
99chain 'A' and (resid 136 through 147 )AA136 - 147137 - 148
1010chain 'A' and (resid 148 through 167 )AA148 - 167149 - 168
1111chain 'A' and (resid 168 through 182 )AA168 - 182169 - 183
1212chain 'B' and (resid 4 through 97 )BC4 - 971 - 94
1313chain 'B' and (resid 98 through 190 )BC98 - 19095 - 177
1414chain 'C' and (resid -2 through 12 )CE-2 - 121 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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