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- PDB-8vcx: Human TCR A2.13 in complex with DQ8-InsCpep -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vcx
タイトルHuman TCR A2.13 in complex with DQ8-InsCpep
要素
  • (MHC class II HLA-DQ- ...) x 2
  • (T-CELL-RECEPTOR, ...) x 2
  • Proinsulin C-peptide (InsC8-22)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immune receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion ...antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / Regulation of gene expression in beta cells / alpha-beta T cell activation / regulation of cellular amino acid metabolic process / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of protein secretion / regulation of protein localization to plasma membrane / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of gluconeogenesis / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / transport vesicle / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / neuron projection maintenance / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of brown fat cell differentiation / activation of protein kinase B activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / acute-phase response / Regulation of insulin secretion / negative regulation of protein catabolic process / endosome lumen / positive regulation of glucose import / positive regulation of protein secretion / negative regulation of proteolysis / positive regulation of cell differentiation / regulation of transmembrane transporter activity / insulin receptor binding / wound healing / regulation of synaptic plasticity / vasodilation / hormone activity / cognition / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of protein localization to nucleus / MHC class II protein complex / Golgi lumen / glucose metabolic process / regulation of protein localization / glucose homeostasis / insulin receptor signaling pathway / cell-cell signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of cell growth / protease binding / secretory granule lumen / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome membrane / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / MHC class II HLA-DQ-beta-1 / Insulin / MHC class II HLA-DQ-alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Tran, T.M. / Lim, J.J. / Loh, T.J. / Mannering, I.S. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1123586 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)2008981 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: A structural basis of T cell cross-reactivity to native and spliced self-antigens presented by HLA-DQ8.
著者: Tran, M.T. / Lim, J.J. / Loh, T.J. / Mannering, S.I. / Rossjohn, J. / Reid, H.H.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: T-CELL-RECEPTOR, TCR A2.13 alpha
E: T-CELL-RECEPTOR, A2.13-beta chain
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: MHC class II HLA-DQ-beta-1
C: Proinsulin C-peptide (InsC8-22)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,82914
ポリマ－94,8545
非ポリマー1,9759
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.651, 64.818, 255.896
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
T-CELL-RECEPTOR, ... , 2種, 2分子 DE

#1: タンパク質 T-CELL-RECEPTOR, TCR A2.13 alpha


分子量: 22633.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: human islet-infiltrating CD4+ T cell clone isolated from the residual pancreatic islets from of a deceased organ donor who had T1D
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Islets of Langerhans / Cell: Beta cells / 遺伝子: TRBV5-1*01 / 器官: Pancreas / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Escherichia coli (E.coli)
#2: タンパク質 T-CELL-RECEPTOR, A2.13-beta chain


分子量: 27076.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Islets of Langerhans / Cell: Beta cells / 遺伝子: TRAV26-1*01 / 器官: Pancreas / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Escherichia coli (E.coli)

-
MHC class II HLA-DQ- ... , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-alpha chain / DQA1*03:01 (DQ8-alpha chain)


分子量: 21150.596 Da / 分子数: 1 / Mutation: C75I / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class II histocompatibility antigen, alpha domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Skin, lymphoid, lungs, stomach and intestines / Cell: B Lymphocytes, dendritic cells, macrophages / 遺伝子: HLA-DQA1 / 器官: Parenchyma / プラスミド: pZip3 / Cell (発現宿主): cabbage looper ovarian / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 器官 (発現宿主): ovary / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: Q30069
#4: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-beta-1 / DQB1*03:02 (DQ8-beta chain)


分子量: 22605.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Skin, lymphoid, lungs, stomach and intestines / Cell: B Lymphocytes, dendritic cells, macrophages / 遺伝子: HLA-DQB1 / 器官: Parenchyma / プラスミド: pZip3 / Cell (発現宿主): cabbage looper ovarian / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 器官 (発現宿主): ovary / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: O19707

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#5: タンパク質・ペプチド Proinsulin C-peptide (InsC8-22)


分子量: 1388.461 Da / 分子数: 1 / Mutation: G9E, L11C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Islets of Langerhans / Cell: Beta cells / 遺伝子: INS / 器官: Pancreas / プラスミド: pZip3 / Cell (発現宿主): cabbage looper ovarian / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 器官 (発現宿主): ovary / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P01308

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糖 , 2種, 3分子

#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 84分子

#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate, 24% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→45.53 Å / Num. obs: 34359 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 63.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.59→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 4028 / CC1/2: 0.923 / Rpim(I) all: 0.215

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
autoXDSデータ削減
XDS5.0.32データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→45.53 Å / SU ML: 0.3092 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1979
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 1741 5.08 %
Rwork0.2026 32545 -
obs0.2045 34286 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→45.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6346 0 129 78 6553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47419043
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04221019
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00321168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.01392337
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.660.38691310.31582556X-RAY DIFFRACTION96.55
2.66-2.750.29961100.27972681X-RAY DIFFRACTION98.48
2.75-2.850.32181570.2672678X-RAY DIFFRACTION98.81
2.85-2.960.31551800.27742642X-RAY DIFFRACTION98.95
2.96-3.090.41331410.27742674X-RAY DIFFRACTION99.08
3.09-3.260.28981330.24552696X-RAY DIFFRACTION99.37
3.26-3.460.25161260.22832709X-RAY DIFFRACTION99.47
3.46-3.730.26531370.22332714X-RAY DIFFRACTION99.37
3.73-4.10.25351490.19142725X-RAY DIFFRACTION99.41
4.1-4.70.19031710.15612739X-RAY DIFFRACTION99.69
4.7-5.910.18581430.15722795X-RAY DIFFRACTION99.73
5.92-45.530.1981630.18872936X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.21594337746-1.23640437649-1.131490851274.440500857291.482603680720.825974739461-0.1618511978310.934877860942-0.424040047147-0.119730510285-0.3404221597920.5982060353360.573303059199-0.4072888803610.5441975575650.706851446454-0.258273863102-0.01065263932670.510005607223-0.1022786627310.73885381320964.9493998711196.33676929915.7974040047
23.2791985372-0.533873814644-0.4539323654663.175856707681.514427348199.008878731190.0688107968622-0.0414230600309-0.2354052067750.350930950456-0.196524139110.3812701225910.468749477416-0.760865152410.1405977154680.357680048435-0.09819418708150.003202485574530.3342555388950.01645851559610.52808586188967.6535572808205.25514319223.1299960215
33.583038195250.6346961684460.4672455327371.881667837211.814020736347.511107389440.137157309896-0.0389762055451-0.3922690282610.161703574632-0.2513877531290.2858548346410.785528730414-0.4532656590460.1224396204220.479888293023-0.0834787583311-0.01658067006450.3476769457820.03142780160840.5245627841968.8580660638202.37248167522.023908799
41.78036242932.96599486181.73562330626.305489652474.070333684713.45711991159-0.1730155575451.65577816671-0.490394172682-0.09640828258420.466790121132-0.127545847618-0.2094381415450.538979498143-0.3806957873670.474489994825-0.184309321067-0.04865600012681.21047719046-0.1371577536580.74083451904863.7213848024196.306216052-1.57287461577
54.72555511972-1.198088083760.09280068604785.7128778532-0.09108802499666.56674194303-0.1570384301360.342817192785-0.216926146566-0.2071151405290.4263921173110.02542278835871.35754042025-0.267544233236-0.2115057366480.725799480554-0.198173629738-0.09851216455290.648767125504-0.1555787300630.6287959948774.4708431268192.636923366-9.58745896938
64.54096782476-3.6291504108-0.3053155524193.520768409310.1829532557310.07230278394321.023755981470.911155948682-1.00530529828-0.276830874627-0.5426707041310.1622220861470.893792734246-0.386143088887-0.321449104141.2082112184-0.0849949051117-0.2776061770180.669111103683-0.3127482324560.88101334695375.8841907805188.000139017-10.7404725044
75.702869040750.691907385906-1.237674260037.592670660350.2044370294218.56157719919-0.2410168507760.302233400402-1.54371306135-0.196691573572-0.152731758281-0.407142823419-0.220571564733-0.8524892616550.2924804507831.18426697692-0.52582578679-0.1079929052381.14168877454-0.03541128731540.8417466456866.3936054596184.745894493-13.3690600423
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152.170932954270.259471877938-0.9308149428021.47256101939-0.9032145166357.476769874170.118670159568-0.3428570043010.07689569546580.3301152354830.0877563136387-0.215550502456-0.3035637566390.785182288327-0.1771995320170.4172150648450.002951254696990.005721764149960.476883068188-0.06494476366070.4961210221185.235921891217.69285928760.082942973
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193.562592956470.304056737007-1.082981973551.788641130840.1354466127078.538562352010.0355139849632-0.3229658130950.3554436969890.572858543967-0.03517654568950.242775754324-0.4441595057070.06626236390960.003782897615510.9004283578680.01189231653220.1837765754780.3323622981260.06682636387720.62588191838461.8325873303212.69766694483.5342138967
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'D' and (resid 2 through 18 )DA2 - 181 - 16
22chain 'D' and (resid 19 through 80 )DA19 - 8017 - 63
33chain 'D' and (resid 81 through 120 )DA81 - 12064 - 103
44chain 'D' and (resid 121 through 133 )DA121 - 133104 - 116
55chain 'D' and (resid 134 through 182 )DA134 - 182117 - 163
66chain 'D' and (resid 183 through 204 )DA183 - 204164 - 184
77chain 'D' and (resid 205 through 215 )DA205 - 215185 - 195
88chain 'E' and (resid 3 through 37 )EB3 - 371 - 28
99chain 'E' and (resid 38 through 118 )EB38 - 11829 - 103
1010chain 'E' and (resid 119 through 133 )EB119 - 133104 - 118
1111chain 'E' and (resid 134 through 253 )EB134 - 253119 - 238
1212chain 'A' and (resid 1 through 18 )AD1 - 181 - 19
1313chain 'A' and (resid 19 through 35 )AD19 - 3520 - 36
1414chain 'A' and (resid 36 through 55 )AD36 - 5537 - 56
1515chain 'A' and (resid 56 through 123 )AD56 - 12357 - 124
1616chain 'A' and (resid 124 through 166 )AD124 - 166125 - 167
1717chain 'A' and (resid 167 through 180 )AD167 - 180168 - 181
1818chain 'B' and (resid 3 through 97 )BJ3 - 972 - 96
1919chain 'B' and (resid 98 through 192 )BJ98 - 19297 - 191
2020chain 'C' and (resid -2 through 12 )CN-2 - 121 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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